Servidor MCP de cristalografía

Inspección de CIF, espaciados d, patrones de polvo y huellas dactilares de polimorfos de triacilglicerol, respaldado por pymatgen.

Construido el 21 de agosto de 2026 para el trabajo de Laurelate bay-nut-fat, pero de dominio general.

Por qué esto y no un MCP de VESTA

VESTA no tiene interfaz de scripting — sin argumentos de línea de comandos documentados, sin modo por lotes, sin macros, sin operación headless. Un MCP sobre él solo podría ejecutar open -a VESTA file.cif y capturar la ventana. pymatgen expone la ciencia real, así que eso es lo que esto envuelve.

Mantén VESTA como visor humano. Es genuinamente bueno en eso.

Related MCP server: mofstructure-mcp

Configuración

Necesita Python ≥3.10 (el pymatgen actual lo requiere) y su propio venv:

python3 -m venv ~/.venvs/crystal
~/.venvs/crystal/bin/python -m pip install -r requirements.txt

Regístralo con Claude Code en el ámbito de usuario, para que se cargue en cada sesión:

claude mcp add -s user crystallography -- \
  "$HOME/.venvs/crystal/bin/python" \
  "$HOME/Documents/crystallography-mcp/server.py"

Comprueba y elimina:

claude mcp list
claude mcp remove -s user crystallography

Funciona con cualquier cliente MCP, no solo con Claude Code — es un servidor stdio simple, así que apunta tu cliente a <venv python> server.py.

Herramientas

La trampa de múltiples bloques de datos

Algunos CIF depositados contienen más de una estructura. vanlangevelde2000_CLC_MPM_bprime.cif contiene ambas CLC (a = 57.368 Å, la plantilla β′ que importa) y MPM (a = 76.21 Å). Tomar el bloque 0 silenciosamente es como terminas analizando la estructura equivocada. list_datablocks existe para hacer eso visible.

Huellas dactilares de polimorfos

Espaciados cortos de subcelda de diagnóstico, Å:

Validado contra ambas plantillas resueltas, que tienen respuestas conocidas:

• vanlangevelde2000_CLC_MPM_bprime.cif bloque 0 → BETA_PRIME ✓

• vanlangevelde1999_PPP_beta.cif → BETA ✓

Y contra patrones sintéticos construidos a partir de cada conjunto de líneas de referencia → veredicto correcto en los tres casos.

Limitaciones conocidas

• Las intensidades no son de grado Rietveld. Factores de forma tabulados, Debye–Waller omitido. Las posiciones de los picos son exactas; las intensidades relativas son suficientes para clasificar líneas, no para refinar ocupaciones.

• La selección de picos es deliberadamente simple — máximos locales con un filtro de prominencia de línea base plana. Para un escaneo débil o ruidoso, baja min_prominence y revisa visualmente la lista seleccionada antes de confiar en el veredicto.

• spglib puede discrepar con el grupo espacial declarado del CIF. Re-deriva la simetría a partir de las coordenadas, y las estructuras de cadena larga publicadas a menudo tienen sitios de extremo de cadena desordenados o divididos. Afloja symprec antes de concluir algo.

• Que compare_structures devuelva False entre diferentes longitudes de cadena es esperado, no un error — una plantilla C16 nunca coincidirá con una grasa C10/C12.

Nota de procedencia

Este servidor encontró un error real en R&D/modeling/baynutfat/structure.py: la traslación de centrado I se estaba aplicando dos veces para β′-CLC (el CIF ya lista los 8 operadores centrados), dejando 4 carbonos duplicados — 284 C donde debería haber 280. Las posiciones de los picos no se vieron afectadas, los factores de estructura estaban ligeramente desviados. Ahora está protegido por la prueba de aceptación T10 y modeling/tests/crosscheck_pymatgen.py.

Ese es el argumento para tener una segunda implementación disponible.

Cómo citar

Si un resultado de esto termina en una publicación, cita a pymatgen — hace el trabajo real:

S.P. Ong et al., Comput. Mater. Sci. 68, 314–319 (2013).

Y si renderizaste algo en VESTA junto a esto, VESTA pide ser citado también:

K. Momma and F. Izumi, J. Appl. Crystallogr. 44, 1272–1276 (2011).

Licencia

MIT — ver LICENSE.