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BioMCP

by qgeng1465
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Python
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🧬 BioMCP — 生物信息孊 MCP 服务噚 / Bioinformatics MCP Server

BioMCP is an open-source MCP server that connects any AI assistant directly to 15 open bioinformatics databases — zero config, no API keys. Literature, sequences, BLAST, structures, enrichment, annotations, genomes, interactions, variants, domains, compounds, single-cell and more.

BioMCP 是䞀䞪匀源的 MCP 服务噚让任意 AI 助手零配眮盎连 15 䞪公匀生物数据库——文献、序列、比对、结构、富集、泚释、基因组、互䜜、变匂、结构域、化合物、单细胞等党流皋。

MCP Tools Databases Python License Platform

✹ 特性 / Features

  • 🔌 标准 MCP 协议 / Standard MCP protocol — 基于官方 MCP SDKstdio 䌠蟓兌容所有 MCP 客户端

  • 🧬 23 䞪工具 · 15 䞪数据库 / 23 tools · 15 databases — 芆盖文献→序列→结构→功胜→互䜜→变匂→药物→单细胞党流皋

  • ⚡ 零配眮䜿甚 / Zero-config — pip install bio-mcp 䞀条呜什无需数据库、无需密钥

  • 🌐 数据公匀权嚁 / Authoritative public data — 党郚来自 NCBI / RCSB / UniProt / Ensembl / EBI / STRING / KEGG 等官方 API

  • 🐌 智胜限速 / Smart rate-limiting — 内眮 NCBI 3 秒/请求限速䞎重试退避遵守孊术 API 规范

  • 🔄 跚库亀叉验证 / Cross-database validation — gene_full_profile 䞀次并发查询 4 䞪数据库

  • 🏷 䞭英双语 / Bilingual — 呜什描述䞎文档双语囜内眑络可蟟已适配 Enrichr 替代 g:Profiler

Related MCP server: BioContextAI Knowledgebase MCP

📊 安装 / Install

# 1. 安装需芁 Python 3.10+/ Install (Python 3.10+)
pip install bio-mcp

# 2. 启劚stdio 暡匏䟛 MCP 客户端调甚/ Run in stdio mode
bio-mcp

手劚安装源码/ Install from source

git clone https://github.com/qgeng1465/bio-mcp.git
cd bio-mcp
pip install .
# 或匀发暡匏 / or dev mode
pip install -e ".[test]"

🚀 快速匀始 / Quick Start

圚任䜕支持 MCP 的 AI 助手 / IDE 䞭泚册 BioMCPClaude Code / Cursor / VS Code 等

{
  "mcpServers": {
    "bio-mcp": {
      "command": "bio-mcp"
    }
  }
}

然后圚对话䞭盎接䜿甚 / Then just ask:

🧬 垮我查䞀䞋 BRCA1 盞关的最新文献
🧬 䞋蜜 CYP2D6 的蛋癜序列
🧬 对这段 DNA 做 BLASTATGC...
🧬 查 PDB 1CRN 的结构 / AlphaFold 预测 P04637
🧬 分析基因列衚 BRCA1,TP53,EGFR,ATM,RAD51 的富集
🧬 查 imatinib 的靶点 / 查 aspilin 的分子匏
🧬 对 BRCA1 做䞀䞪倚库绌合分析报告

🔧 工具 / Tools23

📚 文献 / Literature

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

pubmed_search

PubMed 文献检玢标题/䜜者/期刊/PMID/DOI/ literature search

NCBI E-utilities

europepmc_search

党文文献检玢含 OA 党文/ full-text + open-access

Europe PMC (EBI)

🧬 序列䞎比对 / Sequence & Alignment

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

ncbi_fetch_sequence

䞋蜜栞酞/蛋癜序列FASTA/GenBank/ fetch sequences

NCBI E-utilities

blast_search

DNA/蛋癜同源 BLAST返回 top hits / homology search

NCBI BLAST

taxonomy_lookup

物种分类查询孊名/谱系/ species taxonomy

NCBI Taxonomy

geo_dataset_search

基因衚蟟数据集检玢 / expression dataset search

NCBI GEO

🏗 结构 / Structure

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

pdb_structure_summary

实验结构查询分蟚率/方法/铟序列/ experimental structures

RCSB PDB

alphafold_structure

AI 预测结构pLDDT 眮信床/ AI-predicted structures

AlphaFold DB (EBI)

🧫 蛋癜功胜 / Protein Function

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

uniprot_annotate

蛋癜泚释名称/基因/功胜/GO/ protein annotations

UniProt

protein_domains

蛋癜结构域/家族/䜍点 / structural domains

InterPro (EBI)

🕞 通路䞎互䜜 / Pathways & Interactions

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

gene_enrichment

GO/KEGG/Reactome 富集分析 / enrichment analysis

Enrichr

kegg_pathway_search

KEGG 通路搜玢 / pathway search

KEGG

kegg_pathway_genes

通路包含的基因列衚 / genes in a pathway

KEGG

string_interactions

蛋癜互䜜眑络 / protein interaction network

STRING-db

ensembl_gene_lookup

基因定䜍GRCh38 坐标/ gene lookup

Ensembl

ensembl_homologs

同源基因盎系/旁系/ homologous genes

Ensembl Compara

🧬 基因组 / Genome

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

ucsc_genome_info

基因组组装䞎泚释蜚道 / genome assemblies

UCSC Genome Browser

🩺 变匂䞎䞎床 / Variants & Clinical

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

variant_annotate

变匂泚释频率/功胜预测/䞎床意义/ variant annotation

MyVariant.info

clinvar_query

ClinVar 䞎床变匂分类 / clinical variant classification

NCBI ClinVar

💊 化合物䞎药物 / Compounds & Drugs

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

compound_info

化合物信息SMILES/分子匏/InChIKey/ compound info

PubChem

chembl_drug_search

药物掻性䞎靶点IC50/Ki/ drug bioactivity & targets

ChEMBL (EBI)

🊠 单细胞 / Single-Cell

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

cellxgene_search

单细胞数据集检玢含类噚官/肿瘀囟谱/ single-cell datasets

CELLxGENE (CZ)

🧠 组合分析 / Combined

工具

功胜 / Function

数据源 / Source

gene_full_profile

倚库亀叉验证䞀次并发查 Ensembl+UniProt+STRING+PubMed / combined report

4 䞪数据库

💬 瀺䟋蟓出 / Example Output

gene_full_profile组合工具 / combined tool

# 基因绌合分析TP53 (homo_sapiens)

- **Ensembl ENSG00000141510** · chr17:7668402-7687550 · protein_coding · tumor protein p53
- **UniProt P04637** · Cellular tumor antigen p53 · Homo sapiens · 393 aa · Multifunctional transcription factor...
- **STRING 互䜜䌙䌎**: MDM2(0.999), TP53BP1(0.996), EP300(0.986), ...
- **PubMed 文献**: 74,021 篇

绌合来自 Ensembl / UniProt / STRING / PubMed 的亀叉验证。

🏗 架构 / Architecture

┌──────────────────────────────────────────────┐
│                 MCP Client                   │
│   (任意支持 MCP 的 AI 助手 / IDE)             │
└──────────────────────┬───────────────────────┘
                       │  stdio (JSON-RPC 2.0)
┌──────────────────────▌───────────────────────┐
│              bio-mcp server                   │
│  ┌────────────────────────────────────────┐  │
│  │  tools/  (23 䞪 MCP 工具 / 23 tools)     │  │
│  │  pubmed · ncbi · blast · pdb · uniprot  │  │
│  │  enrichment · ensembl · string · kegg   │  │
│  │  variant · interpro · pubchem · chembl  │  │
│  │  europepmc · alphafold · cellxgene ·    │  │
│  │  ucsc · taxonomy · geo · crosscheck     │  │
│  └────────────────────┬───────────────────┘  │
│  ┌────────────────────▌───────────────────┐  │
│  │  core/  (15 䞪数据库客户端 / clients)    │  │
│  │  BioHTTP: 重试/退避/限速/超时/并发       │  │
│  │  LRUCache: 线皋安党猓存层               │  │
│  └────────────────────┬───────────────────┘  │
└───────────────────────┌──────────────────────┘
        ┌───────┬───────┌───────┬───────┬────────────┐
     ┌──▌──┐ ┌──▌──┐ ┌──▌──┐ ┌──▌──┐ ┌──▌──┐ ┌─────▌─────┐
     │NCBI │ │RCSB │ │Uni  │ │Ens  │ │STRING│ │Enrichr   │
     │     │ │PDB  │ │Prot │ │embl │ │     │ │... 共15库 │
     └─────┘ └─────┘ └─────┘ └─────┘ └─────┘ └───────────┘

䞺什么甚 Enrichr 而䞍是 g:Profiler

g:Profiler爱沙尌亚圚囜内眑络䞋垞䞍可蟟EnrichrMa'ayan Lab囜内可蟟䞔提䟛 GO/KEGG/Reactome/WikiPathways 等数癟䞪基因集库。BioMCP 默讀采甚 Enrichr保证匀箱即甚。

䞺什么 OpenGWAS 被移陀

OpenGWAS 从 2024-05 起区制芁求 API token无法零配眮盎连故䞍包含。所有收圕的 15 䞪数据库均䞺匀攟免密钥 API。

📁 目圕结构 / Project Structure

bio-mcp/
├── src/bio_mcp/
│   ├── server.py            # MCP server 入口装配 23 䞪工具
│   ├── core/                # 15 䞪数据源客户端
│   │   ├── http.py          #   BioHTTP重试/退避/限速/超时
│   │   ├── cache.py         #   LRUCache线皋安党猓存层
│   │   ├── ncbi.py          #   NCBI E-utilities + BLAST + Taxonomy + GEO
│   │   ├── rcsb.py          #   RCSB PDB
│   │   ├── uniprot.py       #   UniProt REST
│   │   ├── enrichr.py       #   Enrichr 富集
│   │   ├── ensembl.py       #   Ensembl 基因/同源
│   │   ├── stringdb.py      #   STRING 互䜜
│   │   ├── kegg.py          #   KEGG 通路
│   │   ├── myvariant.py     #   MyVariant 变匂
│   │   ├── interpro.py      #   InterPro 结构域
│   │   ├── pubchem.py       #   PubChem 化合物
│   │   ├── europepmc.py     #   Europe PMC 文献
│   │   ├── alphafold.py     #   AlphaFold 结构
│   │   ├── chembl.py        #   ChEMBL 药物
│   │   ├── cellxgene.py     #   CELLxGENE 单细胞
│   │   └── ucsc.py          #   UCSC 基因组
│   └── tools/               # 23 䞪 MCP 工具定义
│       ├── pubmed.py · ncbi.py · blast.py · pdb.py
│       ├── uniprot.py · enrichment.py · ensembl.py
│       ├── stringdb.py · kegg.py · variant.py
│       ├── interpro.py · pubchem.py · europepmc.py
│       ├── alphafold.py · chembl.py · cellxgene.py
│       ├── ucsc.py · ncbi_extra.py · crosscheck.py
├── tests/                   # 单元测试䞍䟝赖眑络
├── examples/                # 客户端配眮䞎快速匀始
├── .github/workflows/       # CIGitHub Actions
└── pyproject.toml

🧪 测试 / Testing

# 单元测试犻线䞍䟝赖眑络/ offline unit tests
python -m pytest tests/ -v

党郚 23 䞪工具均已圚匀发期对真实公匀数据库做端到端验证23/23 通过。 All 23 tools were end-to-end validated against the real public databases (23/23 passed).

🗺 Roadmap / 路线囟

  • 埮生物 / 病毒 / 细菌数据库NCBI Assembly、Virus、病原基因组

  • 基因组 / 栞酞结构数据库ENA、BioSample、莚粒数据库

  • 糖组孊 / 脂莚组孊数据库

  • 批量对比分析倚条序列/倚基因批量富集

⚠ 免莣声明 / Disclaimer

本工具仅甚于孊习研究及䞪人合理䜿甚 / For educational research and personal reasonable use only.

  • 查询结果来自公匀数据库原始数据䞍保证完党准确请结合䞓䞚工具䞎原始数据倍栞。

  • 请遵守各数据库䜿甚条欟NCBI 芁求 ≥3 秒/请求并提䟛联系方匏本项目已内眮。

  • 涉及䞎床/药物/医疗决策时请咚询䞓䞚人士。䜿甚本工具产生的任䜕风险䞎法埋莣任由䜿甚者自行承担。

☕ 支持䜜者 / Support

劂果 BioMCP 垮到了䜠欢迎扫码赞赏支持让我有劚力持续曎新

📄 License

MIT © 2026 qgeng1465

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A
license - permissive license
-
quality - not tested
B
maintenance

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Maintenance

–Maintainers
–Response time
–Release cycle
–Releases (12mo)
Commit activity

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