Search PubMed biomedical literature. 检索 PubMed 生物医学文献，returns title/authors/journal/year/PMID/DOI for literature review, grant proposals and evidence-based search. 返回标题/作者/期刊/年份/PMID/DOI，用于文献综述、开题、课题调研、循证检索。Use PubMed query syntax for term (e.g. 'BRCA1 AND breast cancer[Title]').

Download nucleotide/protein sequences (FASTA) from NCBI. 从 NCBI 下载核酸/蛋白序列（FASTA），支持 accession、gene symbol、关键词。DB options: nucleotide/gene/protein. 数据库可选 nucleotide/gene/protein，for getting reference sequences for downstream analysis. 用于获取参考序列做下游分析。

NCBI BLAST homology search for DNA or protein sequences. 对 DNA 或蛋白序列做 NCBI BLAST 同源搜索，返回 top hits（accession/物种/E值/一致性/描述）。For sequence identification, homolog discovery, primer validation. 用于鉴定未知序列、找同源基因、验证引物。

Get protein structure summary from PDB. 按 PDB ID 获取蛋白质结构摘要：title/resolution/method/organism/deposition date and chain sequence. 标题/分辨率/实验方法/物种/沉积日期及指定链序列，for structural biology and drug design. 用于结构生物学、药物设计的结构查询。

Gene ontology / pathway enrichment analysis (Enrichr engine). 对基因列表做 GO/KEGG/Reactome 通路富集分析，返回显著富集项（通路名/p值/校正p值/重叠基因）。For functional interpretation of omics / single-cell DEGs. 用于转录组/蛋白组/单细胞差异基因功能解读。

Query UniProt protein annotations. 查询 UniProt 蛋白注释：protein name/gene/organism/length/function/Gene Ontology. 蛋白名/基因/物种/长度/功能/GO 项，支持 accession（如 P04637）或基因名检索，for protein function interpretation. 用于蛋白功能解读。

Look up gene by symbol in Ensembl. 按基因符号查询 Ensembl 基因信息：Ensembl ID / chromosome location / biotype / description (GRCh38). Ensembl ID、染色体位置、生物型、描述，用于确认官方 ID 与坐标（GRCh38）。

Query homologous genes (orthologs/paralogs) from Ensembl Compara. 查询基因的同源基因（直系同源/旁系同源），返回物种、同源基因 ID、序列一致性，for evolutionary analysis and model organisms. 用于进化分析、模式生物研究。

Query protein interaction network from STRING-db. 查询蛋白互作网络（STRING-db）：给定一个或多个蛋白，返回互作关系及分数（综合分数越高越可信），for protein functional network analysis. 用于蛋白功能网络分析。

Search KEGG pathways by keyword. 按关键字搜索 KEGG 通路（如 'breast cancer'、'apoptosis'），returns pathway IDs and names. 返回通路 ID 与名称，用于找到目标通路编号。

List genes in a KEGG pathway. 查询 KEGG 通路包含的基因列表（如 hsa05224=Breast cancer），returns the genes in the pathway. 返回该通路下的基因，用于了解通路的分子组成。

Annotate human genetic variants (MyVariant.info). 注释人类基因变异：输入 HGVS（如 chr13:g.32911145G>A）或 rsID，returns allele frequency (GnomAD/1000G), functional predictions (SIFT/PolyPhen), gene and clinical significance. 返回人群频率、功能预测、基因与临床意义，for variant interpretation. 用于变异解读。

Query ClinVar clinical variants (via NCBI E-utilities). 查询 ClinVar 临床变异：输入基因名或变异，返回临床意义分类（致病/良性/意义不明），for clinical variant interpretation. 用于变异临床解读。

Query protein structural domains from InterPro. 查询蛋白的 InterPro 结构域/家族/位点注释（输入 UniProt accession），returns domain name/type for functional region analysis. 返回结构域名、类型与位置，用于蛋白功能区域分析。

Query compound/drug basic info (PubChem). 查询化合物/药物基本信息：分子式、分子量、规范 SMILES、IUPAC 名、InChIKey 与 CID，for medicinal chemistry and docking prep. 用于药物化学、分子对接前的化合物确认。

Full-text literature search (Europe PMC, EBI). 全文文献检索：比 PubMed 多了开放获取(OA)全文，returns title/journal/authors/DOI/open-access status. 返回标题、期刊、作者、DOI、是否可获取全文，适合做文献综述。

Query AlphaFold DB AI-predicted protein structures. 查询 AlphaFold DB 的 AI 蛋白结构预测：给定 UniProt accession，returns pLDDT confidence, sequence length, PDB download link. 返回 pLDDT 置信度、序列长度、3D 模型（PDB）下载链接。AlphaFold covers 200M+ proteins. AlphaFold 覆盖 2 亿+ 蛋白。

Query drug/compound bioactivity (ChEMBL, EBI). 查询药物/候选化合物：按名称返回 ChEMBL ID、SMILES、分子式、分子量、临床阶段与作用靶点及活性值（IC50/Ki），for medicinal chemistry & target research. 用于药物化学与靶点调研。

Search CELLxGENE (CZ) single-cell transcriptome datasets. 检索 CELLxGENE 单细胞转录组数据：按疾病/组织/关键词匹配已发布数据集（含类器官、肿瘤、免疫等单细胞图谱），for finding single-cell data. 用于单细胞研究找数据。

Query UCSC Genome Browser. 查询 UCSC 基因组浏览器信息：list available genome assemblies or inspect one (e.g. hg38/GRCh38) and its gene annotation tracks. 列出可用组装，或查看某组装及其基因注释轨道，for genomics research. 用于基因组学研究。

Look up NCBI Taxonomy species classification. 查询 NCBI Taxonomy 物种分类：输入物种名或 taxid（如 9606、human），returns scientific/common name, rank and lineage. 返回学名、常用名、分类层级与谱系，用于确认物种的官方分类。

Search NCBI GEO gene expression datasets. 检索 NCBI GEO 基因表达数据集：按疾病/组织/实验类型（如 breast cancer、RNA-seq），returns GSE accession/title/platform/sample count/summary. 返回 GSE 编号、标题、平台、样本数与摘要，用于表达谱研究找数据。

Search NCBI Assembly genome assemblies (bacteria/virus/eukaryote). 检索 NCBI Assembly 基因组组装（微生物/细菌/病毒/真核）：输入物种或组装名（如 'Escherichia coli[Organism]'、'SARS-CoV-2[Organism]'），returns accession/name/organism/type/status. 返回组装编号、名称、物种、组装类型与状态，用于基因组学研究。

Search NCBI dbSNP genetic variants. 检索 NCBI dbSNP 遗传变异：按基因/位置/rs 编号（如 'BRCA1[Gene Name] AND Homo sapiens[Organism]'、'rs1800057[RS]'），returns rsID/chromosome/position/alleles/clinical significance. 返回 rs 编号、染色体、位置、等位基因与临床意义。

Search NCBI plasmid sequences. 检索 NCBI 质粒序列：按质粒名称或宿主（如 'pET-28a[Title]'、'plasmid[Title] AND Escherichia coli[Organism]'），returns accession/title/organism/length. 返回质粒编号、名称、宿主与长度，用于分子克隆与载体设计。

Search NCBI SRA sequence read archive (raw sequencing data). 检索 NCBI SRA 序列读取档案：按基因/物种/测序策略（如 RNA-seq[Strategy] AND cancer），returns run accession/study/sample/organism/strategy/platform. 返回测序运行编号、研究、样本、物种、策略与平台，用于查找原始测序数据。

Search NCBI BioProject biological projects. 检索 NCBI BioProject 生物项目：按主题/项目编号（如 gut microbiome AND human、PRJNA123456），returns project accession/title/description/organism. 返回项目编号、标题、描述与物种，用于关联大规模测序项目与数据集。

Look up a glycan structure by GlyTouCan accession. 按 GlyTouCan 编号查询糖苷结构：输入编号（如 G00051MO），returns composition/mass/monosaccharide count/sequence info. 返回糖苷组成、质量、单糖数与结构信息，用于糖组学研究。

Look up protein glycosylation and glycan sites. 查询蛋白的糖基化信息：按 UniProt 编号（如 P04637），returns protein names/glycosites/glycan modifications. 返回蛋白名称、糖基化位点与糖修饰信息，用于糖蛋白研究。

Search EBI UniParc protein sequence archive. 检索 UniParc 蛋白序列归档：按物种/基因/蛋白编号，returns UPI IDs/cross-references/organism counts. 返回 UPI 编号、交叉引用数据库与物种信息，覆盖所有公开蛋白序列。

Get UniParc record details by UPI ID. 按 UPI 编号查询 UniParc 记录详情：输入 UPI 编号（如 UPI0000123165），returns sequence length/sequence/cross-references. 返回序列长度、序列本体与全部交叉引用数据库。

Get EBI Metabolights metabolomics study details. 查询 Metabolights 代谢组学研究：按 MTBLS 编号（如 MTBLS1），returns title/description/technology/design/factors. 返回研究标题、描述、检测技术（NMR/质谱）、实验设计与因子。

List latest EBI Metabolights metabolomics studies. 列出 Metabolights 最新的代谢组学研究编号，returns MTBLS accession list for browsing. 返回最新研究编号列表，便于浏览代谢组学数据。

Get Human Protein Atlas tissue expression profile. 查询蛋白组织表达图谱：按 Ensembl 基因号（如 ENSG00000141510），returns tissue-specific RNA/protein expression and localization. 返回组织特异性表达、亚细胞定位、蛋白分类与疾病关联。

Search EBI ENA nucleotide sequences (microbes/viruses/plasmids). 检索 ENA 欧洲核苷酸档案核酸序列（微生物/病毒/质粒）：输入物种或关键词（如 tax_tree(562) 大肠杆菌、tax_tree(2697049) 新冠），returns accession/description/organism/tax_id. 返回序列登录号、描述、物种与分类号，用于微生物与核酸研究。

Search EBI MGnify microbiome metagenomics studies. 检索 MGnify 微生物组研究（细菌/古菌/病毒宏基因组）：输入宿主或栖息地（如 gut microbiome、human、soil），returns study accession/name/samples/bioproject. 返回研究编号、名称、样本数与生物项目，用于微生物组学研究。

Search Reactome biological pathways. 检索 Reactome 生物通路：输入通路名或生物过程（如 apoptosis、glycolysis、DNA repair），returns stId/name/species/summation. 返回通路编号、名称、物种与摘要，用于信号转导与代谢通路研究。

Search OpenAlex scholarly works. 检索 OpenAlex 学术文献：输入主题或关键词（如 CRISPR gene editing、organ-on-chip），returns title/year/citations/authors/venue. 返回标题、年份、被引、作者与期刊，用于文献调研与引用分析。

Look up LIPID MAPS lipid structure by LM ID. 按 LIPID MAPS 编号查询脂质结构：输入 LM 编号（如 LMFA01030001 花生四烯酸、LMGP01010001 磷脂酰胆碱），returns name/formula/SMILES/InChIKey/DB cross-refs. 返回名称、分子式、SMILES 与数据库交叉引用，用于脂质组学研究。

Look up EBI EMDB cryo-EM structure entry. 查询 EMDB 冷冻电镜结构：输入 EMD 编号（如 EMD-1234），returns title/authors/resolution/macromolecules/dates. 返回标题、作者、分辨率、组分与发布信息，用于电镜结构研究。

Search EBI IntAct experimentally-validated molecular interactions. 检索 IntAct 实验分子互作：输入基因或蛋白（如 TP53、P04637），returns interacting partners/detection method/evidence. 返回互作伙伴、检测方法与文献证据，用于验证蛋白互作网络。

Combined multi-database gene analysis (cross-validation). 基因综合分析（多数据库交叉验证）：给定基因符号，一次并发返回Ensembl 定位 + UniProt 蛋白注释 + STRING 互作伙伴 + PubMed 文献数，for project kickoff and functional overview. 适合开题调研、蛋白功能概述。

智能分析生物数据并推荐最佳分析方案，节省token使用。输入：数据字符串，可选分析目标。输出：数据类型识别、推荐工具、预期结果、insights等。

获取常见分析场景的模板方案。输入：场景类型(基因研究/药物发现/疾病分析等)。输出：模板化的分析流程和工具列表。

Search human gene nomenclature by symbol or name. Input: gene symbol (BRCA1) or name keyword. Output: HGNC gene information with approved symbols, names, and aliases.

Get detailed human gene information by HGNC approved symbol. Input: gene symbol (BRCA1, TP53). Output: Complete gene nomenclature data including aliases, chromosomal location, and previous symbols.

Search protein interaction data from BioGRID database. Input: gene name or identifier (BRCA1, TP53). Output: protein-protein interactions with experimental evidence and publication references.

Get protein interactions for a specific gene symbol from BioGRID. Input: gene symbol (TP53), optional organism ID (9606=human). Output: interaction partners with experimental evidence and detection methods.

Get biological sample metadata by sample ID. Input: sample ID (SAMN00000001, SAMEA123456). Output: sample accession, title, organism, status. 按样本ID获取生物样本元数据（通过 NCBI E-utilities）。

Search biological samples by keywords. Input: search term (human[Organism], cancer, tissue:lung). Output: list of matching samples with metadata. 按关键词搜索生物样本（通过 NCBI E-utilities）。

Find Expression Atlas experiments relevant to a gene. Public REST no longer exposes numeric per-gene expression values; this returns experiments whose description/species match the gene (e.g. TP53, ENSG00000141510), where expression can be viewed. 查找与基因相关的表达实验：输入基因 ID 或符号（TP53/ENSG00000141510）与可选物种，返回匹配的表达实验列表。公开 REST 已不提供单基因数值表达量端点，此处诚实返回相关实验供进一步查看。

Search Expression Atlas experiments by keyword. Input: search term (cancer, tissue, disease). Output: matching experiments with conditions, species, and data availability. 按关键词搜索表达实验：输入搜索词（cancer/tissue/TP53），返回匹配实验列表，包含物种、实验类型与样本数，用于数据发现。

Query compound identifier mapping across databases by InChIKey. 按 InChI Key 查询化合物在多个数据库（ChEMBL/PubChem/DrugBank/ChEBI 等）中的标识符映射：输入标准化化学标识符 InChI Key，返回该化合物在各化学数据库中的对应 ID，用于跨数据库化合物查询与整合。

Look up compound cross-references by InChI Key via UniChem. 按 InChI Key 查询化合物的跨库引用详情：返回该化合物在 UniChem 登记的化学数据库及对应标识符（来源/ID 列表），用于结构与标识符验证。

Query ChEBI compound by ChEBI ID. 按 ChEBI ID 查询化合物信息：输入 ChEBI 编号（如 CHEBI:15377 ATP），返回化合物名称、定义、化学属性与交叉引用，用于化学生物学研究。

Search ChEBI compounds by name or keyword. 按化合物名称搜索 ChEBI：输入化合物名称或关键词（如 ATP/glucose），返回匹配的化合物列表，包含 ChEBI ID、名称与定义，用于化合物查询。

Get PRIDE proteomics project by ID. 按项目 ID 获取蛋白质组学项目：输入 PXD 项目编号（如 PXD000001），返回项目标题、摘要、物种、实验类型与数据文件，用于蛋白质组学数据获取。

Search PRIDE proteomics projects by keyword. 按关键词搜索蛋白质组学项目：输入搜索词（如 cancer/human/tissue），返回匹配项目列表，包含项目标题、物种与数据访问链接，用于数据发现。

Get Drosophila gene by FlyBase ID. 按 FlyBase ID 获取果蝇基因信息：输入果蝇基因编号（如 FBgn0000015），返回基因名称、符号、染色体位置、功能注释与别名，用于果蝇遗传学研究。

Search Drosophila genes by keyword. 按关键词搜索果蝇基因：输入搜索词（基因名、功能或符号），返回匹配基因列表，包含基因 ID、符号与名称，用于基因发现。

Get C. elegans gene by WormBase ID. 按 WormBase ID 获取线虫基因信息：输入线虫基因编号（如 WBGene00000001），返回基因名称、符号、染色体位置、功能注释与序列信息，用于线虫生物学研究。

Search C. elegans genes by keyword. 按关键词搜索线虫基因：输入搜索词（基因名、功能或符号），返回匹配基因列表，包含基因 ID、符号与名称，用于基因发现。

Get rat gene by gene symbol. 按基因符号获取大鼠基因信息：输入大鼠基因符号（如 Brca1/Tp53），返回基因名称、符号、染色体位置、功能注释与别名，用于大鼠遗传学研究。

Search rat genes by keyword. 按关键词搜索大鼠基因：输入搜索词（基因名、功能或符号），返回匹配基因列表，包含基因符号、名称与 RGD ID，用于基因发现。

Look up plant gene information via Ensembl Plants. Input: gene symbol (e.g. AT1G01010, AGL1), plant species (e.g. arabidopsis/rice/maize/wheat/soybean). Output: gene ID, description, biotype, genomic location. 植物基因查询：通过 Ensembl Plants 查询植物基因信息（拟南芥/水稻/玉米/小麦/大豆等）。

List supported plant species for BioMCP plant gene lookup. Input: none. Output: common plant species names mapped to Ensembl species IDs. 列出支持的植物物种及其对应 Ensembl 物种名。

Look up a Gene Ontology term by GO ID. 按 GO 编号查询基因本体（GO）术语详情：输入 GO ID（如 GO:0006915），返回术语名称、所属方面（生物学过程/分子功能/细胞组分）、定义与同义词，用于理解基因功能注释含义。

Search Gene Ontology terms by keyword. 按关键词搜索基因本体（GO）术语：输入英文关键词（如 apoptosis / kinase / membrane），返回匹配的 GO 术语列表，含编号、名称与所属方面，用于功能注释与富集分析。

Get GO annotations for a gene product. 按基因产品 ID 查询其基因本体（GO）注释：输入如 UniProtKB:P04637（TP53），返回该基因的 GO 注释列表（GO ID、方面、限定词与证据），用于功能理解与富集分析。

Get GWAS associations for a variant by rsID. 按 rsID 查询变异的全基因组关联（GWAS）关联：输入 dbSNP 编号（如 rs73229090），返回该变体的关联性状、p 值、风险等位基因频率与效应量，用于遗传关联解读与孟德尔随机化（MR）研究。

Get GWAS variants associated with a gene. 按基因查询全基因组关联（GWAS）研究中与该基因关联的变异：输入基因符号（如 TP53），返回关联变异 rsID 列表，用于基因-变异-疾病关联研究。

Check which bioinformatics databases are currently reachable. 检查各生物数据库端点的连通性：对每个数据库做真实 HTTP 请求，如实报告可达/不可达与状态码，不做乐观假设。返回结果用于确认当前环境下哪些数据库可用。

List all BioMCP tools with their data source and verification status. 列出全部 BioMCP 工具及其数据源、验证状态（e2e_verified 已端到端验证 / best_effort 尽力而为未验证），并标注需要额外配置的工具。用于了解每个工具的可信度，避免过度信任未经证实的端点。