rnaseq-plot-mcp

MCP для нисходящего анализа / визуализации RNA-seq (ранее назывался rgraph). Оборачивает набор параметризованных R-скриптов (ggplot2 / pheatmap / clusterProfiler / edgeR / limma / WGCNA …) в инструменты MCP, рендеринг выполняется локальным Rscript в форматы png + pdf.

Использует пользовательские таблицы count / FPKM, не привязываясь к геному или матрице экспрессии какого-либо вида.

Почему «R-движок + Python MCP»

• Честность: не перерисовывает графики в Python, а напрямую запускает R.

• Параметризация: без жёстко заданного setwd() — входные/выходные пути, пороги и палитры передаются параметрами.

• Элегантная деградация: если Rscript не найден → возвращает .R-скрипт для ручного запуска; если пакет отсутствует → возвращает имя пакета и команду установки.

• Воспроизводимость: --no-init-file --no-site-file, отключает пользовательский .Rprofile.

R-движок

Приоритет: переменная окружения RGRAPH_RSCRIPT → Rscript из PATH → C:\Program Files\R\... / реестр.

$env:RGRAPH_RSCRIPT = "C:\Program Files\R\R-4.5.1\bin\Rscript.exe"
uv run rgraph-cli

Формат данных

Для отбора дифференциально экспрессируемых генов по умолчанию используется padj (FDR).

Инструменты (34)

Основные: rgraph_env rgraph_normalize rgraph_correlation rgraph_pca rgraph_distribution rgraph_diff rgraph_volcano rgraph_heatmap rgraph_enrich rgraph_go_plot rgraph_kegg_plot rgraph_ppi rgraph_gsea

Продвинутые: диаграммы Венна / квадрантные / вулканические с накоплением, WGCNA, сетевые графики, ssGSEA, циркулярные графики, санкей-диаграммы, интерактивные вулканические графики и др. Если ComplexHeatmap отсутствует — тепловая карта строится через pheatmap; если DESeq2 отсутствует — можно использовать edgeR/limma.

WGCNA → сеть: rgraph_wgcna экспортирует Cytoscape_edges_*.txt, который затем передаётся в rgraph_network(mode="edge").

Регистрация

{
  "mcpServers": {
    "r-analysis": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/rnaseq-plot-mcp", "server.py"],
      "env": { "RGRAPH_RSCRIPT": "/path/to/Rscript" }
    }
  }
}

Синтетические тестовые матрицы находятся в tests/data/ (g1–g10, без реальных экспериментальных данных).

Имена инструментов MCP остаются rgraph_* (например, rgraph_volcano) — совместимо с конфигурацией Cursor.

Лицензия

MIT.