rnaseq-plot-mcp

RNA-seq Downstream-Plotting / Analyse MCP (früher rgraph). Kapselt eine Reihe parametrisierter R-Plot-Skripte (ggplot2 / pheatmap / clusterProfiler / edgeR / limma / WGCNA …) als MCP-Tools, die lokal mit Rscript png + pdf rendern.

Verarbeitet die eigenen count / FPKM-Tabellen des Nutzers, ohne an ein bestimmtes Genom oder eine Expressionsmatrix gebunden zu sein.

Warum „R-Engine + Python MCP"

• Treu: Zeichnet nicht in Python neu, sondern steuert direkt R.

• Parametrisiert: Kein hartkodiertes setwd(); Eingabe/Ausgabe/Schwellenwerte/Farben laufen über Parameter.

• Elegante Degradierung: Kein Rscript gefunden → gibt ein manuell ausführbares .R zurück; fehlende Pakete → gibt Paketnamen und Installationsbefehl zurück.

• Reproduzierbar: --no-init-file --no-site-file, unterdrückt den Banner der Benutzer-.Rprofile.

R-Engine

Priorität: Umgebungsvariable RGRAPH_RSCRIPT → Rscript im PATH → C:\Program Files\R\... / Registrierung.

$env:RGRAPH_RSCRIPT = "C:\Program Files\R\R-4.5.1\bin\Rscript.exe"
uv run rgraph-cli

Datenformat

Die Bestimmung differentiell exprimierter Gene erfolgt standardmäßig über padj (FDR).

Tools (34)

Kern: rgraph_env rgraph_normalize rgraph_correlation rgraph_pca rgraph_distribution rgraph_diff rgraph_volcano rgraph_heatmap rgraph_enrich rgraph_go_plot rgraph_kegg_plot rgraph_ppi rgraph_gsea

Erweitert: Venn/Quadrant/gestapelter Vulkan, WGCNA, Netzwerkdiagramme, ssGSEA, Zirkusdiagramm, Sankey, interaktiver Vulkan usw. Fehlt ComplexHeatmap, fällt die Heatmap auf pheatmap zurück; fehlt DESeq2, können edgeR/limma verwendet werden.

WGCNA → Netzwerk: rgraph_wgcna exportiert Cytoscape_edges_*.txt, das dann an rgraph_network(mode="edge") übergeben wird.

Registrierung

{
  "mcpServers": {
    "r-analysis": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/rnaseq-plot-mcp", "server.py"],
      "env": { "RGRAPH_RSCRIPT": "/path/to/Rscript" }
    }
  }
}

Synthetische Testmatrizen liegen in tests/data/ (g1–g10, ohne echte experimentelle Daten).

Die MCP-Toolnamen sind weiterhin rgraph_* (z. B. rgraph_volcano) und kompatibel mit der lokalen Cursor-Konfiguration.

Lizenz

MIT.