bioRxiv MCP サーバー

🔍 AI アシスタントがシンプルな MCP インターフェースを通じて bioRxiv 論文を検索しアクセスできるようにします。

bioRxiv MCPサーバーは、モデルコンテキストプロトコル（MCP）を介してAIアシスタントとbioRxivのプレプリントリポジトリ間の橋渡しを提供します。これにより、AIモデルはプログラム的に生物学プレプリントを検索し、そのメタデータにアクセスできるようになります。

🤝 貢献する • 📝 バグを報告する

✨ コア機能

• 🔎 論文検索: キーワードまたは詳細検索でbioRxiv論文を検索 ✅

• 🚀 効率的な検索: 論文のメタデータへの高速アクセス ✅

• 📊 メタデータアクセス: 特定の論文の詳細なメタデータを取得します ✅

• 📊 研究支援：生物科学の研究と分析を促進する ✅

• 📄 論文アクセス: 論文コンテンツをダウンロードして読む 📝

• 📋 論文リスト: ダウンロードしたすべての論文を表示 📝

• 🗃️ ローカルストレージ: 論文はローカルに保存され、より高速にアクセスできるようになります 📝

• 📝 研究プロンプト: 論文分析のための専門的なプロンプトのセット 📝

Related MCP server: mcp-simple-arxiv

🚀 クイックスタート

前提条件

• Python 3.10以上

• FastMCPライブラリ

インストール

1. リポジトリをクローンします。

   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
   cd bioRxiv-MCP-Server

2. 必要な依存関係をインストールします。

   pip install -r requirements.txt

Smithery経由でインストール

Smithery経由で Claude Desktop 用の bioRxiv Server を自動的にインストールするには:

クロード

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

カーソル

次の内容を「設定」→「カーソル設定」→「MCP」→「新しいサーバーの追加」に貼り付けます。

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

ウィンドサーフィン

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

Cライン

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

Claude Desktopでの使用

この設定をclaude_desktop_config.jsonに追加します。

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows版）:

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Clineと併用

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 使用方法

MCP サーバーを起動します。

python biorxiv_server.py

🛠 MCP ツール

bioRxiv MCP サーバーは次のツールを提供します。

1. search_biorxiv_key_words : キーワードを使用して bioRxiv の記事を検索します。

2. search_biorxiv_advanced : 複数のパラメータを使用して bioRxiv の記事の詳細検索を実行します。

3. get_biorxiv_metadata : DOI を使用して bioRxiv 記事のメタデータを取得します。

論文の検索

次のようなクエリを使用して、AI アシスタントに論文の検索を依頼できます。

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

論文の詳細を取得する

DOI を取得したら、さらに詳しい情報を問い合わせることができます。

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 プロジェクト構造

• biorxiv_server.py : FastMCP を使用したメイン MCP サーバーの実装

• biorxiv_web_search.py : bioRxivを検索するためのWebスクレイピングロジックが含まれています

🔧 依存関係

• Python 3.10以上

• ファストMCP

• 非同期

• 伐採

🤝 貢献する

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています。

⚠️免責事項

このツールは研究目的のみにご使用ください。bioRxivの利用規約を遵守し、責任を持ってご利用ください。