Paper Fetch Skill

Fetch papers as agent-ready markdown — DOI/URL/title in, structured full text out. CLI · MCP · Skill.

Paper Fetch Skill —— 已知论文的 AI 阅读层。 你有 DOI、URL 或标题；它返回结构化元数据 + 干净 Markdown 全文 + 图表资源，直接喂给 Codex / Claude Code / Gemini CLI / 任意 MCP host。 不绕付费墙，只在你本就有访问权限的地方，把 AI 从「只能读摘要」升级到「读全文」。

如果觉得有帮助，欢迎 star⭐ 支持！

🙁 AI agent 读论文的痛点

1. 你有权限获取全文，但 AI 没有权限，AI 只能读到摘要。

2. PDF 无法正确解析文字、图片，agent 理解效果不如 markdown。

3. 文章 html 有很多无关的网页信息，给 agent 造成语义负担。

4. 文章 html 中的图片 agent 读不到。

😍 这个项目做什么

✅这个项目把这些问题收敛到一个工具层：

1. 当你有全文获取权限时，让 AI 也能获取全文，而不仅是摘要。

2. 输入 n 篇已知论文，抓取 AI 更容易理解的 markdown 版本，为后续知识库构建做好干净的数据基础。

✅项目提供三个主要入口：

1. paper-fetch：命令行工具，适合手动大规模快速抓取文献。

2. paper-fetch-mcp：stdio MCP server，适合接入 Codex、Claude Code、Gemini CLI 等支持 MCP 的 host。

3. skills/paper-fetch-skill/：静态 agent skill，告诉 agent 什么时候应该调用论文抓取工具。

核心能力：

• 支持 DOI、URL 和标题查询。

• 输出结构化论文元数据、正文 Markdown、引用信息和本地缓存资源。

• 支持常见 provider 路由，包括 Crossref、arXiv、Elsevier、Springer、Wiley、Science、PNAS、AMS、ACS、IEEE、MDPI 和 Copernicus。

• 在无法取得全文时返回带 warning 的 abstract-only 或 metadata-only 结果。

项目边界：

• 不做主题检索、文献推荐或综述生成。

• 不绕过付费墙或访问授权；可用性取决于 provider、凭据和本机运行环境。

• Wiley、Science、PNAS、AMS、ACS、MDPI 的浏览器路径统一使用 CloakBrowser；IEEE 路线不需要额外 API key，但全文可用性取决于 IEEE Xplore 对当前环境的合法访问上下文。

• Provider onboarding 的 AI/coordinator 自动化入口见 onboarding/README.md，其中的 runner 仍不能代替 access approval、challenge 决策或最终语义审查判断；最终签字由用户确认后通过项目脚本机械写入。

效果展示

agent 安装 skill 后，可以识别 paper-fetch-skill 的适用边界，并在抓取前确认是否保存全文和图表资源。

以下示例来自 figures/ 中的真实开放抓取产物。

Nature 示例

• 论文：Towards end-to-end automation of AI research

• DOI：10.1038/s41586-026-10265-5

• 来源：Springer/Nature HTML full text

• 许可：CC BY 4.0

• Markdown 全文：towards-end-to-end-automation-of-ai-research.md

Science Advances 示例

• 论文：Deforestation-induced runoff changes dominated by forest-climate feedbacks

• DOI：10.1126/sciadv.adp3964

• 来源：Science Advances / Science provider

• Markdown 全文：deforestation-induced-runoff-changes-dominated-by-forest-climate-feedbacks.md

快速安装

离线安装（推荐）

离线 release asset 包含 4 个 Linux ABI 自解压 .sh 安装器、4 个 macOS ABI tarball 和 1 个 Windows x86_64 安装器。macOS tarball 使用同一构建脚本在 macos-latest 上按 runner 架构和 CPython 3.11、3.12、3.13、3.14 生成，并由 macOS CI 验证安装、headful preset 和 CloakBrowser 浏览器启动 smoke。

paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp311.sh
paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp312.sh
paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp313.sh
paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp314.sh
paper-fetch-skill-offline-macos-<arch>-cp311.tar.gz
paper-fetch-skill-offline-macos-<arch>-cp312.tar.gz
paper-fetch-skill-offline-macos-<arch>-cp313.tar.gz
paper-fetch-skill-offline-macos-<arch>-cp314.tar.gz
paper-fetch-skill-windows-x86_64-setup.exe

I. Windows x86_64：

1. 下载安装包

在 Releases 中下载

paper-fetch-skill-windows-x86_64-setup.exe

2. 双击安装或者在本地终端运行安装程序

.\paper-fetch-skill-windows-x86_64-setup.exe

安装器默认安装到 %LOCALAPPDATA%\PaperFetchSkill，不要求管理员权限。会自动安装 paper-fetch CLI 工具、注册 MCP 并安装 Skill。若用户级 PATH / Skill / MCP 集成或 smoke check 在本机失败，runtime 仍会保留在安装目录，详细警告见 %LOCALAPPDATA%\PaperFetchSkill\install-helper.log。

3. 验证安装

安装后新开一个 PowerShell

paper-fetch --help

如果有输出usage: cli.py [-h] -（后略）则安装成功

4. 开启 Wiley / Science / PNAS / AMS / ACS / MDPI 浏览器路径

安装器会注册 CloakBrowser 默认 headless 环境，并在 offline.env 默认启用普通 Chrome browser UA，降低 AGU/Wiley 页面进入 Cloudflare challenge 的概率。受限环境可在 offline.env 中设置 CLOAKBROWSER_BINARY_PATH 指向预装浏览器；如果 GUI/WSLg 环境下仍被 challenge，再把 CLOAKBROWSER_HEADLESS=false，安装 Linux .sh 时使用 --preset=wslg，或在 macOS 离线 bundle 中使用 --preset=headful。 Windows 安装器还会设置 MATHML_TO_LATEX_NODE_BIN 指向包内 Playwright Node，避免 Codex Desktop 的 WindowsApps/MSIX 内部 node.exe 被公式转换 fallback 误用。

5. 开启 Elsevier 获取权限

Elsevier 官方 XML/API 和 PDF fallback 需要从 https://dev.elsevier.com/ 申请 key，并写入安装目录下的 offline.env：

notepad "$env:LOCALAPPDATA\PaperFetchSkill\offline.env"

6. 刷新 agent skill

修改 Codex / Claude Code / Gemini CLI skill、MCP 配置或 offline.env 后需要重启对应 host；已经启动的 MCP 服务不会自动继承新环境变量。

7. 常见问题

Windows 安装器和离线安装细节见 docs/deployment.md。

II. Linux

1. 下载安装包

检查python版本

python3 --version

在 Releases 中选择与目标机 Python 版本的包下载。

paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp311.sh
paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp312.sh
paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp313.sh
paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp314.sh

Linux .sh 是自解压安装器，内部 payload 是预安装 runtime 包，不再是源码快照。默认安装到 ~/.local/share/paper-fetch-skill，也可以用 --install-dir <path> 指定固定目录。

Ubuntu 24.04 系统默认 Python 版本 3.12，Ubuntu 26.04 为 3.14。

直接执行安装器：

chmod +x paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp312.sh
./paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp312.sh --preset=headless --no-user-config
source ~/.local/share/paper-fetch-skill/activate-offline.sh

WSLg 或桌面显示环境可改用：

./paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp312.sh --preset=wslg --no-user-config

如需固定到自定义目录：

./paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp312.sh --install-dir "$HOME/tools/paper-fetch-skill" --preset=headless --no-user-config
source "$HOME/tools/paper-fetch-skill/activate-offline.sh"

Linux / macOS 离线安装会优先把 MATHML_TO_LATEX_NODE_BIN 指向包内 Playwright Node，避免依赖系统 PATH 上的 node；生成的 activate-offline.sh 可在 bash 或 zsh 中 source。

macOS 离线 release asset 按 CPython ABI 提供 tarball；下载与目标机架构和 Python 版本匹配的 paper-fetch-skill-offline-macos-*-cp*.tar.gz 后解压运行。macOS 可见浏览器调试使用：

tar -xzf paper-fetch-skill-offline-macos-arm64-cp312.tar.gz
cd paper-fetch-skill-offline-macos-arm64-cp312
./install-offline.sh --preset=headful --no-user-config
source ~/.local/share/paper-fetch-skill/activate-offline.sh

III. 更新和卸载

更新

Windows 下载新版 paper-fetch-skill-windows-x86_64-setup.exe 后直接运行。安装器会先备份 %LOCALAPPDATA%\PaperFetchSkill\offline.env，清理旧安装 payload，再安装新版运行时并写回用户配置，只刷新受管理的运行时配置、PATH、Skill 和 MCP 注册。

Linux 下载与目标机 Python 版本匹配的新版 .sh 后直接运行。默认安装目录固定为 ~/.local/share/paper-fetch-skill，升级时会清理旧 runtime payload、移除旧源码/构建残留，并保留安装目录内的 offline.env。若希望复用外部 env 文件且不修改它，使用 --reuse-env-file：

./paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp312.sh --preset=headless --no-user-config
./paper-fetch-skill-offline-linux-x86_64-cp312.sh --preset=headless --no-user-config --reuse-env-file /path/to/shared/offline.env
source ~/.local/share/paper-fetch-skill/activate-offline.sh

--reuse-env-file 会让 shell / Skill / MCP 指向新版 runtime，但不会修改被复用的 offline.env。更新后重启 Codex / Claude Code / Gemini CLI。

卸载

Windows 在“设置 > 应用 > 已安装的应用”中卸载 Paper Fetch Skill，或运行：

& "$env:LOCALAPPDATA\PaperFetchSkill\unins000.exe"

如需保留 offline.env 中的 API key，卸载前先备份该文件。

Linux 默认安装目录运行：

~/.local/share/paper-fetch-skill/install-offline.sh --uninstall

该命令只清理用户级 PATH / Skill / MCP 集成，不删除固定安装目录、bin/、runtime/、offline.env 或 downloads/；确认不再需要后运行 ~/.local/share/paper-fetch-skill/install-offline.sh --purge 删除安装目录。

在线安装（不推荐，开发使用）

在仓库根目录执行：

./install.sh

默认会创建仓库内 .venv，安装 Python 包，并准备 CloakBrowser 依赖和公式后端等运行组件。

如果只想安装 Python 包和基础配置：

./install.sh --lite

arXiv 路径细节见 docs/providers.md。

如果只想装进当前 Python 环境：

python3 -m pip install .

安装后可用命令：

paper-fetch --query "10.1186/1471-2105-11-421"
paper-fetch-mcp

CLI 行为速查

paper-fetch 的输出与本地 artifact 参数分工如下：

• --format markdown|json|both 指定 stdout、--output 或 --output-dir 默认主输出文件的序列化格式，默认是 markdown。

• --query-file <path> 启用批量抓取，每行一个 DOI、URL 或标题；空行和以 # 开头的注释行会被忽略。批量模式不向 stdout 输出正文，而是把每篇主输出写到输出目录，并生成 JSONL 汇总。

• --output <path> 把这份格式化结果写到指定文件；显式 --output - 表示打印到终端。

• --output-dir <dir> 是默认主输出、Markdown、PDF fallback 来源文件和本地资产的保存目录；CLI 会在抓取前自动创建该目录，未显式传 --output 时，主输出会写到 <doi>.md、<doi>.json 或 <doi>.both.json，不再把正文打印到终端。

• --batch-concurrency <1..8> 控制批量并发，默认 1；--batch-results <path> 可覆盖默认的 <output-dir>/batch-results.jsonl。

• --artifact-mode markdown-assets|all|none 控制中间产物保留，CLI 默认是 markdown-assets：保存 Markdown、按 --asset-profile 保存资产，不保留 provider 原始 HTML/XML、fetch-envelope/cache JSON 或 HTTP textual cache；如果正文来自 PDF fallback，仍会保存 PDF 源文件便于溯源。

• --artifact-mode all 保留旧行为：provider HTML/PDF、辅助 artifact、HTTP textual cache 等调试 artifact 都可落盘。

• --artifact-mode none 不保存 provider artifact 或资产；显式 --output <path>、--save-markdown，以及未显式 --output 时由 --output-dir 承接的主输出仍可写文件。--no-download 保留兼容，但已弃用，等价于 --artifact-mode none。

• --asset-profile none|body|all 控制本地内容资产下载范围，CLI 默认是 body：none 不下载本地资产但保留 Markdown 中可解析的远程图片链接，body 保存正文图片/图表/公式图片，all 额外保存补充材料。

完整命令组合、主输出与 artifact 的区别、错误输出和 exit code 见 docs/cli.md。

例如：

paper-fetch --query "https://www.nature.com/articles/s41559-026-03039-9" \
  --output-dir ./papers

这会把 Markdown 写到 ./papers/<doi>.md，不打印正文到终端，并按默认 --asset-profile body 保存正文图片等资产；默认不会保存 provider 原始 HTML/XML 或 JSON/cache sidecar。需要完整调试 artifact 时显式使用 --artifact-mode all。如果需要强制打印到终端，显式传 --output -。

批量抓取时先准备 query 文件：

# 每行一个 DOI、URL 或标题
10.1186/1471-2105-11-421
https://www.nature.com/articles/s41559-026-03039-9

然后运行：

paper-fetch --query-file ./queries.txt \
  --output-dir ./papers \
  --batch-concurrency 4

这会把每篇 Markdown 和正文资产写到 ./papers，并生成 ./papers/batch-results.jsonl。单篇失败会记录到 JSONL 并继续处理后续条目。

如果只想控制格式化结果的文件路径，显式使用 --output：

paper-fetch --query "10.1186/1471-2105-11-421" \
  --format markdown \
  --output ./papers/article.md \
  --output-dir ./papers

显式 --output <path> 只控制主输出文件路径，不会自动创建该文件的父目录。

安装脚本结束时会提示 Elsevier 官方 API 配置入口。抓取 Elsevier 全文前，需要从 https://dev.elsevier.com/ 申请 key，并在配置文件中填写 ELSEVIER_API_KEY。

配置文件

默认配置文件位置：

~/.config/paper-fetch/.env

需要 API key、自定义下载目录或 User-Agent 时，可以先创建配置文件：

mkdir -p ~/.config/paper-fetch
cp .env.example ~/.config/paper-fetch/.env

其中 Elsevier 官方 XML/API 和 PDF fallback 至少需要从 https://dev.elsevier.com/ 申请并配置：

ELSEVIER_API_KEY="..."

也可以通过环境变量显式指定：

export PAPER_FETCH_ENV_FILE=/path/to/.env

完整环境变量说明见 docs/providers.md。

接入 Codex

安装 skill 并注册 MCP server：

./scripts/install-codex-skill.sh --register-mcp

带配置文件注册：

./scripts/install-codex-skill.sh --register-mcp --env-file ~/.config/paper-fetch/.env

只安装到当前项目：

./scripts/install-codex-skill.sh --project --register-mcp

安装后重启 Codex，让它重新扫描 skills 和 MCP 配置。

接入 Claude Code

./scripts/install-claude-skill.sh --register-mcp

常用参数包括：

./scripts/install-claude-skill.sh --project --register-mcp
./scripts/install-claude-skill.sh --register-mcp --env-file ~/.config/paper-fetch/.env

接入 Gemini CLI

安装 skill 并注册 MCP server：

./scripts/install-gemini-skill.sh --register-mcp

带配置文件注册：

./scripts/install-gemini-skill.sh --register-mcp --env-file ~/.config/paper-fetch/.env

只安装到当前项目：

./scripts/install-gemini-skill.sh --project --register-mcp

如果本机没有 gemini CLI，脚本会安装 skill 并跳过自动 MCP 注册；安装 Gemini CLI 后可重跑同一命令。

手动注册 MCP

任何支持 stdio MCP 的 host 都可以直接运行：

paper-fetch-mcp

或：

python3 -m paper_fetch.mcp.server

Gemini CLI 可手动注册同一个 stdio server：

gemini mcp add -s user paper-fetch python3 -m paper_fetch.mcp.server

WSL 下给 Codex 挂 MCP 时，推荐使用仓库包装脚本：

./scripts/run-codex-paper-fetch-mcp.sh

常用抓取参数

MCP 默认模式、artifact_mode、prefer_cache、no_download 和 save_markdown 的完整语义见 docs/providers.md。MCP artifact_mode 默认是 markdown-assets；strategy.asset_profile 支持 none、body、all，MCP/Python API 未显式设置时默认由 provider 决定。

更新

更新仓库后重新安装包和 agent 集成：

python3 -m pip install .
./scripts/install-codex-skill.sh --register-mcp

Claude Code 用户对应执行：

./scripts/install-claude-skill.sh --register-mcp

Gemini CLI 用户对应执行：

./scripts/install-gemini-skill.sh --register-mcp

文档

• docs/deployment.md：安装、配置、MCP 注册和更新。

• docs/providers.md：provider 能力、环境变量和运行时配置。

• docs/README.md：完整文档导航。

• docs/architecture/overview.md：架构边界和维护者视角。

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社区

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