Servidor MCP bioRxiv

🔍 Permita que los asistentes de IA busquen y accedan a artículos de bioRxiv a través de una interfaz MCP sencilla.

El servidor MCP de bioRxiv conecta los asistentes de IA con el repositorio de preprints de bioRxiv mediante el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP). Permite a los modelos de IA buscar preprints de biología y acceder a sus metadatos de forma programática.

🤝 Contribuir • 📝 Informar error

✨ Características principales

• Búsqueda de artículos: consulta artículos de bioRxiv con palabras clave o búsqueda avanzada ✅

• 🚀 Recuperación eficiente: acceso rápido a metadatos en papel ✅

• 📊 Acceso a metadatos: recupere metadatos detallados para artículos específicos ✅

• 📊 Apoyo a la investigación: Facilitar la investigación y el análisis de las ciencias biológicas ✅

• 📄 Acceso al artículo: Descarga y lee el contenido del artículo 📝

• 📋 Listado de artículos: Ver todos los artículos descargados 📝

• 🗃️ Almacenamiento local: Los documentos se guardan localmente para un acceso más rápido 📝

• 📝 Temas de investigación: un conjunto de temas especializados para el análisis de artículos 📝

Related MCP server: paper-fetch-mcp

🚀 Inicio rápido

Prerrequisitos

• Python 3.10+

• Biblioteca FastMCP

Instalación

1. Clonar el repositorio:

   git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git
   cd bioRxiv-MCP-Server

2. Instale las dependencias necesarias:

   pip install -r requirements.txt

Instalación mediante herrería

Para instalar bioRxiv Server para Claude Desktop automáticamente a través de Smithery :

claudio

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

Cursor

Pegue lo siguiente en Configuración → Configuración del cursor → MCP → Agregar nuevo servidor:

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

Línea C

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

Uso con Claude Desktop

Agregue esta configuración a su claude_desktop_config.json :

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

(Versión de Windows):

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Uso con Cline

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 Uso

Inicie el servidor MCP:

python biorxiv_server.py

🛠 Herramientas MCP

El servidor bioRxiv MCP proporciona las siguientes herramientas:

1. search_biorxiv_key_words : Busque artículos en bioRxiv usando palabras clave.

2. search_biorxiv_advanced : Realiza una búsqueda avanzada de artículos en bioRxiv con múltiples parámetros.

3. get_biorxiv_metadata : obtiene metadatos para un artículo de bioRxiv utilizando su DOI.

Búsqueda de artículos

Puedes pedirle al asistente de IA que busque artículos mediante consultas como:

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

Obtener detalles del documento

Una vez que tenga un DOI, puede solicitar más detalles:

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 Estructura del proyecto

• biorxiv_server.py : La implementación principal del servidor MCP que utiliza FastMCP

• biorxiv_web_search.py : Contiene la lógica de raspado web para buscar bioRxiv

🔧 Dependencias

• Python 3.10+

• FastMCP

• asincronía

• explotación florestal

🤝 Contribuyendo

¡Agradecemos sus contribuciones! No dude en enviar una solicitud de incorporación de cambios.

📄 Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la licencia MIT.

⚠️ Descargo de responsabilidad

Esta herramienta es solo para fines de investigación. Respete las condiciones de servicio de bioRxiv y úsela con responsabilidad.