Сервер MCP PubMed

🔍 Предоставьте помощникам на основе искусственного интеллекта возможность искать, получать доступ и анализировать статьи PubMed с помощью простого интерфейса MCP.

Сервер PubMed MCP обеспечивает мост между помощниками ИИ и обширным хранилищем биомедицинской литературы PubMed через протокол контекста модели (MCP). Он позволяет моделям ИИ искать научные статьи, получать доступ к их метаданным и выполнять глубокий анализ программным способом.

🤝 Внести свой вклад • 📝 Сообщить об ошибке

✨ Основные характеристики

• 🔎 Поиск статей: поиск статей PubMed по ключевым словам или расширенный поиск ✅

• 🚀 Эффективный поиск: быстрый доступ к метаданным на бумаге ✅

• 📊 Доступ к метаданным: получение подробных метаданных для определенных статей ✅

• 📊 Поддержка исследований: содействие исследованиям и анализу в области биомедицинских наук ✅

• 📄 Доступ к бумажным документам: попытка загрузить полный текст PDF-контента ✅

• 🧠 Глубокий анализ: выполните комплексный анализ документов ✅

• 📝 Подсказки для исследования: набор специализированных подсказок для анализа статей ✅

Related MCP server: pubmed-mcp-server

🚀 Быстрый старт

Предпосылки

• Питон 3.10+

• Библиотека FastMCP

Установка

Установка через Smithery

Чтобы автоматически установить pubmed-mcp-server для Claude Desktop через Smithery :

Клод

npx -y @smithery/cli install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client claude

Курсор

Вставьте следующее в Настройки → Настройки курсора → MCP → Добавить новый сервер:

• Мак/Линукс

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Виндсерфинг

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CЛиния

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"

1. Клонируйте репозиторий:

   git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server

2. Установите необходимые зависимости:

   pip install -r requirements.txt

📊 Использование

Запустите MCP-сервер:

python pubmed_server.py

Использование с Claude Desktop

Добавьте эту конфигурацию в ваш claude_desktop_config.json :

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      }
  }
}

(Версия для Windows):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Использование с Клайном

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubmed/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubmed-mcp-server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 Инструменты MCP

Сервер PubMed MCP предоставляет следующие инструменты:

1. search_pubmed_key_words : Поиск статей на PubMed по ключевым словам.

2. search_pubmed_advanced : Выполнить расширенный поиск статей в PubMed по нескольким параметрам.

3. get_pubmed_article_metadata : извлечение метаданных для статьи PubMed с использованием ее PMID.

4. download_pubmed_pdf : попытка загрузить полный текст статьи PubMed в формате PDF.

5. deep_paper_analysis : выполнить комплексный анализ статьи PubMed.

Поиск статей

Вы можете попросить ИИ-помощника поискать документы, используя такие запросы:

Can you search PubMed for recent papers about CRISPR?

Получение бумажных данных

Получив PMID, вы можете запросить более подробную информацию:

Can you show me the metadata for the paper with PMID 12345678?

Анализ документов

Вы можете запросить глубокий анализ статьи:

Can you perform a deep analysis of the paper with PMID 12345678?

📁 Структура проекта

• pubmed_server.py : Основная реализация сервера MCP с использованием FastMCP

• pubmed_web_search.py : Содержит логику поиска PubMed и получения информации о статьях.

🔧 Зависимости

• Питон 3.10+

• FastMCP

• асинк

• ведение журнала

• запросы

• beautifulsoup4

🤝 Вклад

Вклады приветствуются! Пожалуйста, не стесняйтесь отправлять запрос на включение.

📄 Лицензия

Данный проект лицензирован по лицензии MIT.

⚠️ Отказ от ответственности

Этот инструмент предназначен только для исследовательских целей. Пожалуйста, уважайте условия обслуживания PubMed и используйте этот инструмент ответственно.