PubMed MCP 서버

🔍 AI 보조원이 간단한 MCP 인터페이스를 통해 PubMed 기사를 검색, 액세스, 분석할 수 있도록 합니다.

PubMed MCP 서버는 모델 컨텍스트 프로토콜(MCP)을 통해 AI 어시스턴트와 PubMed의 방대한 생의학 문헌 저장소를 연결합니다. AI 모델은 MCP를 통해 과학 논문을 검색하고, 메타데이터에 접근하고, 프로그래밍 방식으로 심층 분석을 수행할 수 있습니다.

🤝 기여 • 📝 버그 신고

✨ 핵심 기능

• 🔎 논문 검색: 키워드 또는 고급 검색을 사용하여 PubMed 논문을 쿼리하세요 ✅

• 🚀 효율적인 검색: 종이 메타데이터에 대한 빠른 액세스 ✅

• 📊 메타데이터 액세스: 특정 논문에 대한 자세한 메타데이터 검색 ✅

• 📊 연구 지원: 생물의학 연구 및 분석을 용이하게 합니다 ✅

• 📄 논문 접근: 전체 텍스트 PDF 콘텐츠 다운로드 시도 ✅

• 🧠 심층 분석: 논문에 대한 포괄적인 분석을 수행합니다. ✅

• 📝 연구 주제: 논문 분석을 위한 전문화된 주제 모음 ✅

Related MCP server: pubmed-mcp-server

🚀 빠른 시작

필수 조건

• 파이썬 3.10+

• FastMCP 라이브러리

설치

Smithery를 통해 설치

Smithery를 통해 Claude Desktop에 pubmed-mcp-server를 자동으로 설치하려면:

클로드

지엑스피1

커서

설정 → 커서 설정 → MCP → 새 서버 추가에 다음을 붙여넣습니다.

• 맥/리눅스

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}" 

윈드서핑

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

C라인

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"

1. 저장소를 복제합니다.

   git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server

2. 필요한 종속성을 설치하세요:

   pip install -r requirements.txt

📊 사용법

MCP 서버를 시작합니다.

python pubmed_server.py

Claude Desktop과 함께 사용

claude_desktop_config.json 에 다음 구성을 추가하세요.

(맥 OS)

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      }
  }
}

(Windows 버전):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Cline과 함께 사용

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubmed/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubmed-mcp-server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 MCP 도구

PubMed MCP 서버는 다음과 같은 도구를 제공합니다.

1. search_pubmed_key_words : 키워드를 사용하여 PubMed에서 기사를 검색합니다.

2. search_pubmed_advanced : 여러 매개변수를 사용하여 PubMed의 기사에 대한 고급 검색을 수행합니다.

3. get_pubmed_article_metadata : PMID를 사용하여 PubMed 기사의 메타데이터를 가져옵니다.

4. download_pubmed_pdf : PubMed 기사의 전체 텍스트 PDF를 다운로드해 보세요.

5. deep_paper_analysis : PubMed 기사에 대한 포괄적인 분석을 수행합니다.

논문 검색

다음과 같은 쿼리를 사용하여 AI 비서에게 논문을 검색하도록 요청할 수 있습니다.

Can you search PubMed for recent papers about CRISPR?

논문 세부 정보 얻기

PMID가 있으면 자세한 내용을 문의할 수 있습니다.

Can you show me the metadata for the paper with PMID 12345678?

논문 분석

논문에 대한 심층 분석을 요청할 수 있습니다.

Can you perform a deep analysis of the paper with PMID 12345678?

📁 프로젝트 구조

• pubmed_server.py : FastMCP를 사용한 주요 MCP 서버 구현

• pubmed_web_search.py : PubMed 검색 및 기사 정보 검색을 위한 논리를 포함합니다.

🔧 종속성

• 파이썬 3.10+

• 패스트MCP

• 비동기

• 벌채 반출

• 요청

• 아름다운수프4

🤝 기여하기

기여를 환영합니다! 풀 리퀘스트를 제출해 주세요.

📄 라이센스

이 프로젝트는 MIT 라이선스에 따라 라이선스가 부여되었습니다.

⚠️ 면책 조항

이 도구는 연구 목적으로만 사용됩니다. PubMed의 서비스 약관을 준수하고 책임감 있게 사용해 주시기 바랍니다.