Servidor MCP de PubMed

🔍 Permita que los asistentes de IA busquen, accedan y analicen artículos de PubMed a través de una interfaz MCP sencilla.

El servidor MCP de PubMed conecta los asistentes de IA con el vasto repositorio de literatura biomédica de PubMed mediante el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP). Permite a los modelos de IA buscar artículos científicos, acceder a sus metadatos y realizar análisis exhaustivos de forma programática.

🤝 Contribuir • 📝 Informar error

✨ Características principales

• 🔎 Búsqueda de artículos: consulta artículos de PubMed con palabras clave o búsqueda avanzada ✅

• 🚀 Recuperación eficiente: acceso rápido a metadatos en papel ✅

• 📊 Acceso a metadatos: recupere metadatos detallados para artículos específicos ✅

• 📊 Apoyo a la Investigación: Facilitar la investigación y el análisis de las ciencias biomédicas ✅

• 📄 Acceso al documento: Intenta descargar el contenido PDF de texto completo ✅

• 🧠 Análisis profundo: Realiza un análisis exhaustivo de los artículos ✅

• 📝 Temas de investigación: un conjunto de temas especializados para el análisis de artículos ✅

Related MCP server: pubmed-mcp-server

🚀 Inicio rápido

Prerrequisitos

• Python 3.10+

• Biblioteca FastMCP

Instalación

Instalación mediante herrería

Para instalar pubmed-mcp-server para Claude Desktop automáticamente a través de Smithery :

claudio

npx -y @smithery/cli install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client claude

Cursor

Pegue lo siguiente en Configuración → Configuración del cursor → MCP → Agregar nuevo servidor:

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

Línea C

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"

1. Clonar el repositorio:

   git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server

2. Instale las dependencias necesarias:

   pip install -r requirements.txt

📊 Uso

Inicie el servidor MCP:

python pubmed_server.py

Uso con Claude Desktop

Agregue esta configuración a su claude_desktop_config.json :

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      }
  }
}

(Versión de Windows):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Uso con Cline

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubmed/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubmed-mcp-server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 Herramientas MCP

El servidor PubMed MCP proporciona las siguientes herramientas:

1. search_pubmed_key_words : busca artículos en PubMed utilizando palabras clave.

2. search_pubmed_advanced : realiza una búsqueda avanzada de artículos en PubMed con múltiples parámetros.

3. get_pubmed_article_metadata : obtiene metadatos para un artículo de PubMed usando su PMID.

4. download_pubmed_pdf : intenta descargar el PDF de texto completo de un artículo de PubMed.

5. deep_paper_analysis : realiza un análisis exhaustivo de un artículo de PubMed.

Búsqueda de artículos

Puedes pedirle al asistente de IA que busque artículos mediante consultas como:

Can you search PubMed for recent papers about CRISPR?

Obtener detalles del documento

Una vez que tenga un PMID, puede solicitar más detalles:

Can you show me the metadata for the paper with PMID 12345678?

Análisis de artículos

Puedes solicitar un análisis profundo de un artículo:

Can you perform a deep analysis of the paper with PMID 12345678?

📁 Estructura del proyecto

• pubmed_server.py : La implementación principal del servidor MCP que utiliza FastMCP

• pubmed_web_search.py : contiene la lógica para buscar en PubMed y recuperar información de artículos

🔧 Dependencias

• Python 3.10+

• FastMCP

• asincronía

• explotación florestal

• solicitudes

• beautifulsoup4

🤝 Contribuyendo

¡Agradecemos sus contribuciones! No dude en enviar una solicitud de incorporación de cambios.

📄 Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la licencia MIT.

⚠️ Descargo de responsabilidad

Esta herramienta es solo para fines de investigación. Respete las condiciones de servicio de PubMed y úsela con responsabilidad.