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AIND 元数据 MCP 服务器

一个 MCP (模型上下文协议) 服务器，通过一套全面的工具和资源提供对 AIND (艾伦神经动力学研究所) 元数据和数据资产的访问。

[!WARNING] 此 MCP 服务器已弃用。您可以继续使用它来访问 V1 元数据。 有关 V2 元数据，请参阅 aind-data-mcp。

功能

此 MCP 服务器提供的工具可用于：

• 数据检索：使用过滤器和投影查询 MongoDB 集合

• 聚合：执行复杂的 MongoDB 聚合管道

• 模式探索：访问详细的模式示例和文档

• NWB 文件访问：加载并探索 NWB (Neurodata Without Borders) 文件

• 数据摘要：生成 AI 驱动的数据资产摘要

Related MCP server: Allen Brain API MCP Server

安装

如果尚未安装 uv，请按照此文档进行安装

使用 uv 安装 MCP 服务器：

uv tool install aind-metadata-mcp

或使用 pip：

pip install aind-metadata-mcp

配置

针对 Cline (VSCode 扩展)

为了确保 MCP 服务器在您首选的客户端中运行，您需要将 aind-metadata-mcp 包下载到您的控制台。如果空间不足，请在进行下一步之前将 UV_CACHE_DIR 和 UV_TOOL_DIR 设置为有容量的位置。

1. 简易安装版本 在终端运行 uv tool install aind-metadata-mcp，然后继续执行下方配置 MCP 客户端的步骤。

2. 如果上述步骤无效：

在 IDE 中使用 python 3.11 创建虚拟环境

# Instructions for Conda
conda create -n <my_env> python=3.11
conda activate <my_env>

# Instructions for virtual environment
py -3.11 -m venv .venv
# Windows startup
.venv\Scripts\Activate.ps1 
# Mac/ Linux startup
source .venv/bin/activate 

在您的 IDE 终端中运行以下命令。

pip install uv
uvx aind-metadata-mcp

如果一切顺利，并且您看到以下通知 - Starting MCP server 'aind_data_access' with transport 'stdio' -，那么您就可以在所选客户端中进行设置了！

Cursor IDE

1. 安装 MCP 服务器：

   uv tool install aind-metadata-mcp

2. 创建 MCP 配置文件：

   mkdir -p ~/.cursor

3. 创建 ~/.cursor/mcp.json 并填入以下内容：

   {
     "mcpServers": {
       "aind-data-access": {
         "command": "aind-metadata-mcp",
         "args": [],
         "env": {}
       }
     }
   }

4. 重要：如果需要，请将 aind-metadata-mcp 替换为完整路径：

   which aind-metadata-mcp

   在 command 字段中使用完整路径（例如 /Users/username/.local/bin/aind-metadata-mcp）。

5. 完全重启 Cursor (Cmd+Q 然后重新打开)

注意：Cursor 使用的 MCP 配置系统与 VSCode 不同。配置必须位于 ~/.cursor/mcp.json 中，而不是主 settings.json 文件中。

在 MCP 客户端中的使用说明

用于在客户端中添加 MCP 服务器的 JSON 配置文件应按如下结构组织

{
    "mcpServers": {

    }
}

将以下行插入到 mcpServers 字典中

"aind_data_access": {
      "disabled": false,
      "timeout": 300,
      "type": "stdio",
      "command": "aind-metadata-mcp"
}

请注意，配置 JSON 文件后，服务器在客户端中填充需要几分钟时间。

Claude 桌面应用

• 点击屏幕左上角的三条横线。

• 文件 > 设置 > 开发者 > 编辑配置

VSCode 中的 Cline

• 确保 Cline 已下载到 VSCode

• 点击 Cline 窗口右上角三个堆叠的矩形

• 已安装 > 配置 MCP 服务器

• 关闭并重新打开 VSCode

VSCode 中的 Github Copilot

• 命令面板 (ctr shift p)

• 搜索 MCP: Add server

• 选择 Manual Install / stdio

• 当提示输入命令时，输入 uvx aind-data-access

• 为您的服务器命名

• 关闭并重新打开 VSCode

• 在 Copilot 聊天中 -> 选择代理模式 -> 点击三个堆叠的矩形以配置工具

• 为了使代理能够回复 AIND API 的上下文，您必须手动添加此仓库中（资源下）的 .txt 文件

在 Code Ocean 中使用

• 找到以下胶囊 (capsule)，以启动预装了 aind-metadata-mcp 的 Cline 和 Co-pilot。

• 有关更多支持，请参考 code ocean MCP 服务器

• 固定版本 4.2 或 4.5