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AIND メタデータ MCP サーバー

AIND (Allen Institute for Neural Dynamics) のメタデータおよびデータ資産へ、包括的なツールとリソースを通じてアクセスを提供する MCP (Model Context Protocol) サーバーです。

[!WARNING] この MCP サーバーは非推奨です。引き続き V1 メタデータへのアクセスには使用できます。 V2 メタデータについては、aind-data-mcp を参照してください。

機能

この MCP サーバーは、以下のためのツールを提供します：

• データ取得: フィルターとプロジェクションを使用して MongoDB コレクションをクエリする

• 集計: 複雑な MongoDB 集計パイプラインを実行する

• スキーマ探索: 詳細なスキーマ例とドキュメントにアクセスする

• NWB ファイルアクセス: NWB (Neurodata Without Borders) ファイルを読み込み、探索する

• データ要約: データ資産の AI による要約を生成する

Related MCP server: Allen Brain API MCP Server

インストール

まだインストールしていない場合は、こちらのドキュメント に従って uv をインストールしてください。

uv を使用して MCP サーバーをインストールします：

uv tool install aind-metadata-mcp

または pip を使用します：

pip install aind-metadata-mcp

設定

Cline (VSCode 拡張機能) の場合

MCP サーバーが希望するクライアントで確実に実行されるようにするには、aind-metadata-mcp パッケージをコンソールにダウンロードする必要があります。容量が不足している場合は、次のステップに進む前に UV_CACHE_DIR と UV_TOOL_DIR を容量のある場所に設定してください。

1. シンプルなインストール方法 ターミナルで uv tool install aind-metadata-mcp を実行し、以下の MCP クライアントの設定に進みます。

2. 上記の手順がうまくいかない場合：

IDE で Python 3.11 の仮想環境を作成します

# Instructions for Conda
conda create -n <my_env> python=3.11
conda activate <my_env>

# Instructions for virtual environment
py -3.11 -m venv .venv
# Windows startup
.venv\Scripts\Activate.ps1 
# Mac/ Linux startup
source .venv/bin/activate 

IDE のターミナルで以下のコマンドを実行します。

pip install uv
uvx aind-metadata-mcp

すべてが順調に進み、Starting MCP server 'aind_data_access' with transport 'stdio' という通知が表示されれば、選択したクライアントでのセットアップは完了です！

Cursor IDE

1. MCP サーバーをインストールします：

   uv tool install aind-metadata-mcp

2. MCP 設定ファイルを作成します：

   mkdir -p ~/.cursor

3. ~/.cursor/mcp.json を作成し、以下の内容を記述します：

   {
     "mcpServers": {
       "aind-data-access": {
         "command": "aind-metadata-mcp",
         "args": [],
         "env": {}
       }
     }
   }

4. 重要: 必要に応じて aind-metadata-mcp をフルパスに置き換えてください：

   which aind-metadata-mcp

   command フィールドにはフルパス (例: /Users/username/.local/bin/aind-metadata-mcp) を使用してください。

5. Cursor を完全に再起動します (Cmd+Q で終了してから再起動)

注: Cursor は VSCode とは異なる MCP 設定システムを使用しています。設定はメインの settings.json ファイルではなく、~/.cursor/mcp.json に記述する必要があります。

MCP クライアントでの使用手順

クライアントに MCP サーバーを追加するための JSON 設定ファイルは、以下のように構成する必要があります

{
    "mcpServers": {

    }
}

mcpServers 辞書に以下の行を挿入します

"aind_data_access": {
      "disabled": false,
      "timeout": 300,
      "type": "stdio",
      "command": "aind-metadata-mcp"
}

JSON ファイルを設定した後、クライアントにサーバーが反映されるまで数分かかることに注意してください。

Claude デスクトップアプリ

• 画面左上の3本線をクリックします。

• File > Settings > Developer > Edit config

VSCode の Cline

• Cline が VSCode にダウンロードされていることを確認します

• Cline ウィンドウ右上の3つの重なった長方形をクリックします

• Installed > Configure MCP Servers

• VSCode を閉じて再起動します

VSCode の Github Copilot

• コマンドパレット (ctr shift p)

• 「MCP: Add server」を検索

• 「Manual Install」/「stdio」を選択

• コマンドの入力を求められたら、uvx aind-data-access と入力

• サーバーに名前を付けます

• VSCode を閉じて再起動します

• Copilot チャットで -> エージェントモードを選択 -> 3つの重なった長方形をクリックしてツールを設定

• エージェントが AIND API のコンテキストで応答できるようにするには、このリポジトリ内の .txt ファイル (リソース配下) を手動で追加する必要があります

Code Ocean での使用

• こちらのカプセル を見つけて、aind-metadata-mcp がプリインストールされた Cline と Co-pilot を起動します。

• 追加のサポートについては code ocean MCP サーバー を参照してください

• バージョン 4.2 または 4.5 をピン留めしてください