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Servidor MCP de metadatos de AIND

Un servidor MCP (Model Context Protocol) que proporciona acceso a los metadatos y activos de datos de AIND (Allen Institute for Neural Dynamics) a través de un conjunto completo de herramientas y recursos.

[!WARNING] Este servidor MCP está obsoleto. Puede seguir utilizándolo para acceder a los metadatos V1. Para los metadatos V2, consulte aind-data-mcp.

Características

Este servidor MCP proporciona herramientas para:

• Recuperación de datos: Consultar colecciones de MongoDB con filtros y proyecciones

• Agregación: Ejecutar tuberías de agregación complejas de MongoDB

• Exploración de esquemas: Acceder a ejemplos detallados de esquemas y documentación

• Acceso a archivos NWB: Cargar y explorar archivos NWB (Neurodata Without Borders)

• Resúmenes de datos: Generar resúmenes de activos de datos basados en IA

Related MCP server: Allen Brain API MCP Server

Instalación

Instale uv si aún no lo ha hecho, siguiendo esta documentación

Instale el servidor MCP usando uv:

uv tool install aind-metadata-mcp

O usando pip:

pip install aind-metadata-mcp

Configuración

Para Cline (Extensión de VSCode)

Para asegurarse de que el servidor MCP se ejecute en su cliente preferido, deberá descargar el paquete aind-metadata-mcp en su consola. Si el espacio es un problema, establezca UV_CACHE_DIR y UV_TOOL_DIR en ubicaciones que tengan capacidad antes de continuar con el siguiente paso.

1. Versión más sencilla de instalación Ejecute uv tool install aind-metadata-mcp en su terminal y proceda a continuación a configurar sus clientes MCP.

2. Si el paso anterior no funcionó:

Cree un entorno virtual con python 3.11 en el IDE

# Instructions for Conda
conda create -n <my_env> python=3.11
conda activate <my_env>

# Instructions for virtual environment
py -3.11 -m venv .venv
# Windows startup
.venv\Scripts\Activate.ps1 
# Mac/ Linux startup
source .venv/bin/activate 

Ejecute los siguientes comandos en la terminal de su IDE.

pip install uv
uvx aind-metadata-mcp

Si todo va bien y ve el siguiente aviso: Starting MCP server 'aind_data_access' with transport 'stdio'-, ¡debería estar listo para la configuración en el cliente de su elección!

Cursor IDE

1. Instale el servidor MCP:

   uv tool install aind-metadata-mcp

2. Cree el archivo de configuración de MCP:

   mkdir -p ~/.cursor

3. Cree ~/.cursor/mcp.json con el siguiente contenido:

   {
     "mcpServers": {
       "aind-data-access": {
         "command": "aind-metadata-mcp",
         "args": [],
         "env": {}
       }
     }
   }

4. Importante: Reemplace aind-metadata-mcp con la ruta completa si es necesario:

   which aind-metadata-mcp

   Utilice la ruta completa (p. ej., /Users/username/.local/bin/aind-metadata-mcp) en el campo command.

5. Reinicie Cursor por completo (Cmd+Q y luego vuelva a abrir)

Nota: Cursor utiliza un sistema de configuración MCP diferente al de VSCode. La configuración debe estar en ~/.cursor/mcp.json, no en el archivo settings.json principal.

Instrucciones de uso en clientes MCP

Los archivos de configuración JSON para añadir servidores MCP en los clientes deben estructurarse de esta manera

{
    "mcpServers": {

    }
}

Inserte las siguientes líneas en el diccionario mcpServers

"aind_data_access": {
      "disabled": false,
      "timeout": 300,
      "type": "stdio",
      "command": "aind-metadata-mcp"
}

Tenga en cuenta que después de configurar los archivos JSON, el servidor tardará unos minutos en aparecer en el cliente.

Aplicación de escritorio Claude

• Haga clic en las tres líneas en la parte superior izquierda de la pantalla.

• Archivo > Configuración > Desarrollador > Editar configuración

Cline en VSCode

• Asegúrese de que Cline esté descargado en VSCode

• Haga clic en los tres rectángulos apilados en la parte superior derecha de la ventana de Cline

• Instalado > Configurar servidores MCP

• Cierre y vuelva a abrir VSCode

Github Copilot en VSCode

• Paleta de comandos (ctr shift p)

• Busque MCP: Añadir servidor

• Seleccione Manual Install / stdio

• Cuando se le solicite un comando, introduzca uvx aind-data-access

• Nombre su servidor

• Cierre y vuelva a abrir VSCode

• En el chat de Copilot -> Seleccione el modo agente -> Haga clic en los tres rectángulos apilados para configurar las herramientas

• Para permitir que el agente responda con el contexto de la API de AIND, deberá añadir manualmente los archivos .txt (en recursos) de este repositorio

Para su uso en Code Ocean

• Localice la siguiente cápsula, para iniciar Cline y Co-pilot con aind-metadata-mcp preinstalado.

• Consulte el servidor MCP de code ocean para obtener asistencia adicional

• Fije la versión 4.2 o 4.5