Уведомление об архивации

Этот репозиторий находится в архиве.

MCP-сервер метаданных AIND

Сервер MCP (Model Context Protocol), который предоставляет доступ к метаданным и ресурсам данных AIND (Allen Institute for Neural Dynamics) с помощью обширного набора инструментов и ресурсов.

[!WARNING] Этот MCP-сервер устарел. Вы можете продолжать использовать его для доступа к метаданным V1. Для метаданных V2, пожалуйста, обратитесь к aind-data-mcp.

Функции

Этот MCP-сервер предоставляет инструменты для:

• Извлечение данных: Запрос коллекций MongoDB с фильтрами и проекциями

• Агрегация: Выполнение сложных конвейеров агрегации MongoDB

• Исследование схемы: Доступ к подробным примерам схем и документации

• Доступ к файлам NWB: Загрузка и исследование файлов NWB (Neurodata Without Borders)

• Сводки данных: Генерация сводок данных на базе ИИ

Related MCP server: Allen Brain API MCP Server

Установка

Установите uv, если вы еще этого не сделали, следуя этой документации

Установите MCP-сервер с помощью uv:

uv tool install aind-metadata-mcp

Или с помощью pip:

pip install aind-metadata-mcp

Конфигурация

Для Cline (расширение VSCode)

Чтобы убедиться, что MCP-сервер работает в предпочитаемом вами клиенте, вам нужно загрузить пакет aind-metadata-mcp в вашу консоль. Если есть проблемы с местом, пожалуйста, установите UV_CACHE_DIR и UV_TOOL_DIR в места, где есть свободное пространство, прежде чем переходить к следующему шагу.

1. Упрощенная версия установки Выполните uv tool install aind-metadata-mcp в вашем терминале и переходите к настройке ваших MCP-клиентов ниже.

2. Если предыдущий шаг не сработал:

Создайте виртуальное окружение с python 3.11 в IDE

# Instructions for Conda
conda create -n <my_env> python=3.11
conda activate <my_env>

# Instructions for virtual environment
py -3.11 -m venv .venv
# Windows startup
.venv\Scripts\Activate.ps1 
# Mac/ Linux startup
source .venv/bin/activate 

Выполните следующие команды в терминале вашей IDE.

pip install uv
uvx aind-metadata-mcp

Если все пройдет успешно и вы увидите следующее уведомление - Starting MCP server 'aind_data_access' with transport 'stdio'-, вы готовы к настройке в выбранном вами клиенте!

Cursor IDE

1. Установите MCP-сервер:

   uv tool install aind-metadata-mcp

2. Создайте файл конфигурации MCP:

   mkdir -p ~/.cursor

3. Создайте ~/.cursor/mcp.json со следующим содержимым:

   {
     "mcpServers": {
       "aind-data-access": {
         "command": "aind-metadata-mcp",
         "args": [],
         "env": {}
       }
     }
   }

4. Важно: При необходимости замените aind-metadata-mcp на полный путь:

   which aind-metadata-mcp

   Используйте полный путь (например, /Users/username/.local/bin/aind-metadata-mcp) в поле command.

5. Полностью перезапустите Cursor (Cmd+Q, затем откройте снова)

Примечание: Cursor использует другую систему конфигурации MCP, нежели VSCode. Конфигурация должна находиться в ~/.cursor/mcp.json, а не в основном файле settings.json.

Инструкции по использованию в MCP-клиентах

JSON-файлы конфигурации для добавления MCP-серверов в клиенты должны быть структурированы следующим образом

{
    "mcpServers": {

    }
}

Вставьте следующие строки в словарь mcpServers

"aind_data_access": {
      "disabled": false,
      "timeout": 300,
      "type": "stdio",
      "command": "aind-metadata-mcp"
}

Обратите внимание, что после настройки JSON-файлов потребуется несколько минут, чтобы сервер появился в клиенте.

Приложение Claude Desktop

• Нажмите на три линии в левом верхнем углу экрана.

• File > Settings > Developer > Edit config

Cline в VSCode

• Убедитесь, что Cline загружен в VSCode

• Нажмите на три сложенных прямоугольника в правом верхнем углу окна Cline

• Installed > Configure MCP Servers

• Закройте и снова откройте VSCode

Github Copilot в VSCode

• Палитра команд (ctr shift p)

• Поиск MCP: Add server

• Выберите Manual Install / stdio

• При запросе команды введите uvx aind-data-access

• Назовите ваш сервер

• Закройте и снова откройте VSCode

• В чате Copilot -> Выберите режим агента -> Нажмите на три сложенных прямоугольника для настройки инструментов

• Чтобы агент мог отвечать с учетом контекста API AIND, вам придется вручную добавить файлы .txt (в разделе ресурсов) в этом репозитории

Для использования в Code Ocean

• Найдите следующую капсулу, чтобы запустить Cline и Co-pilot с предустановленным aind-metadata-mcp.

• Обратитесь к MCP-серверу code ocean для получения дополнительной поддержки

• Либо закрепите версию 4.2, либо 4.5