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AIND Metadata MCP-Server

Ein MCP-Server (Model Context Protocol), der Zugriff auf AIND-Metadaten (Allen Institute for Neural Dynamics) und Datenbestände über eine umfassende Reihe von Tools und Ressourcen bietet.

[!WARNING] Dieser MCP-Server ist veraltet. Sie können ihn weiterhin verwenden, um auf V1-Metadaten zuzugreifen. Für V2-Metadaten siehe bitte aind-data-mcp.

Funktionen

Dieser MCP-Server bietet Tools für:

• Datenabruf: Abfragen von MongoDB-Sammlungen mit Filtern und Projektionen

• Aggregation: Ausführung komplexer MongoDB-Aggregations-Pipelines

• Schema-Exploration: Zugriff auf detaillierte Schema-Beispiele und Dokumentationen

• NWB-Dateizugriff: Laden und Erkunden von NWB-Dateien (Neurodata Without Borders)

• Datenzusammenfassungen: Generierung KI-gestützter Zusammenfassungen von Datenbeständen

Related MCP server: Allen Brain API MCP Server

Installation

Installieren Sie uv, falls noch nicht geschehen - folgen Sie dieser Dokumentation

Installieren Sie den MCP-Server mit uv:

uv tool install aind-metadata-mcp

Oder mit pip:

pip install aind-metadata-mcp

Konfiguration

Für Cline (VSCode-Erweiterung)

Um sicherzustellen, dass der MCP-Server in Ihrem bevorzugten Client ausgeführt wird, müssen Sie das Paket aind-metadata-mcp auf Ihre Konsole herunterladen. Falls Speicherplatz ein Problem darstellt, setzen Sie bitte UV_CACHE_DIR und UV_TOOL_DIR auf Speicherorte mit ausreichender Kapazität, bevor Sie mit dem nächsten Schritt fortfahren.

1. Einfachere Installationsversion Führen Sie uv tool install aind-metadata-mcp in Ihrem Terminal aus und fahren Sie unten mit der Konfiguration Ihrer MCP-Clients fort.

2. Falls der obige Schritt nicht funktioniert hat:

Erstellen Sie eine virtuelle Umgebung mit Python 3.11 in der IDE

# Instructions for Conda
conda create -n <my_env> python=3.11
conda activate <my_env>

# Instructions for virtual environment
py -3.11 -m venv .venv
# Windows startup
.venv\Scripts\Activate.ps1 
# Mac/ Linux startup
source .venv/bin/activate 

Führen Sie die folgenden Befehle in Ihrem IDE-Terminal aus.

pip install uv
uvx aind-metadata-mcp

Wenn alles gut geht und Sie den folgenden Hinweis sehen - Starting MCP server 'aind_data_access' with transport 'stdio' -, sollten Sie für die Einrichtung in Ihrem Client Ihrer Wahl bereit sein!

Cursor IDE

1. Installieren Sie den MCP-Server:

   uv tool install aind-metadata-mcp

2. Erstellen Sie die MCP-Konfigurationsdatei:

   mkdir -p ~/.cursor

3. Erstellen Sie ~/.cursor/mcp.json mit folgendem Inhalt:

   {
     "mcpServers": {
       "aind-data-access": {
         "command": "aind-metadata-mcp",
         "args": [],
         "env": {}
       }
     }
   }

4. Wichtig: Ersetzen Sie aind-metadata-mcp bei Bedarf durch den vollständigen Pfad:

   which aind-metadata-mcp

   Verwenden Sie den vollständigen Pfad (z. B. /Users/username/.local/bin/aind-metadata-mcp) im Feld command.

5. Starten Sie Cursor vollständig neu (Cmd+Q und dann erneut öffnen)

Hinweis: Cursor verwendet ein anderes MCP-Konfigurationssystem als VSCode. Die Konfiguration muss sich in ~/.cursor/mcp.json befinden, nicht in der Hauptdatei settings.json.

Anweisungen zur Verwendung in MCP-Clients

JSON-Konfigurationsdateien zum Hinzufügen von MCP-Servern in Clients sollten wie folgt strukturiert sein

{
    "mcpServers": {

    }
}

Fügen Sie die folgenden Zeilen in das mcpServers-Wörterbuch ein

"aind_data_access": {
      "disabled": false,
      "timeout": 300,
      "type": "stdio",
      "command": "aind-metadata-mcp"
}

Beachten Sie, dass es nach der Konfiguration der JSON-Dateien einige Minuten dauern kann, bis der Server im Client erscheint.

Claude Desktop App

• Klicken Sie auf die drei Linien oben links auf dem Bildschirm.

• Datei > Einstellungen > Entwickler > Konfiguration bearbeiten

Cline in VSCode

• Stellen Sie sicher, dass Cline in VSCode heruntergeladen ist

• Klicken Sie auf die drei gestapelten Rechtecke oben rechts im Cline-Fenster

• Installiert > MCP-Server konfigurieren

• Schließen Sie VSCode und öffnen Sie es erneut

Github Copilot in VSCode

• Befehlspalette (Strg+Umschalt+P)

• Suchen Sie nach MCP: Server hinzufügen

• Wählen Sie Manuelle Installation / stdio

• Wenn Sie nach einem Befehl gefragt werden, geben Sie uvx aind-data-access ein

• Benennen Sie Ihren Server

• Schließen Sie VSCode und öffnen Sie es erneut

• Im Copilot-Chat -> Agentenmodus auswählen -> Klicken Sie auf die drei gestapelten Rechtecke, um Tools zu konfigurieren

• Damit der Agent mit Kontext der AIND-API antworten kann, müssen Sie die .txt-Dateien (unter Ressourcen) in diesem Repository manuell hinzufügen

Zur Verwendung in Code Ocean

• Suchen Sie die folgende Kapsel, um Cline und Co-pilot mit dem vorinstallierten aind-metadata-mcp zu starten.

• Beziehen Sie sich auf den Code Ocean MCP-Server für zusätzliche Unterstützung

• Pinnen Sie entweder Version 4.2 oder 4.5