nf-core MCP 服务器

用于管理和导航 nf-core 管道存储库的 MCP 服务器。

特征

列出本地 nf-core 存储库（rnaseq、sarek、模块、工具）
访问管道配置和工作流程
搜索管道文件
探索管道模块

安装

NPM 版本

cd nf-core_mcp npm install # Build TypeScript npm run build # Start the server npm start

Docker 版本

# Build the Docker image cd nf-core_mcp docker build -t nf-core-mcp . # Run the container docker run -i --rm \ -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \ nf-core-mcp

添加 nf-core 存储库

要将新的 nf-core 管道存储库添加到工作区：

克隆存储库：
# Navigate to your workspace directory (example for Windows) cd /path/to/your/workspace # Clone desired nf-core repositories git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git git clone https://github.com/nf-core/sarek.git git clone https://github.com/nf-core/modules.git # Add any other nf-core pipeline you want to manage
目录结构：您的工作区应如下所示：
workspace/ ├── rnaseq/ ├── sarek/ ├── modules/ └── your-new-pipeline/
验证安装：启动 MCP 服务器后，使用list-pipelines命令验证是否检测到新管道：
list-pipelines

注意：MCP 服务器将自动检测并管理工作区目录中的任何 nf-core 管道存储库。

可用工具

list-pipelines
- 列出工作区中的所有 nf-core 管道
- 显示配置文件状态
- 无需参数
get-pipeline-modules
- 从管道获取模块信息
- 参数：
  - pipeline ：管道名称（rnaseq、sarek 或模块）
search-pipelines
- 搜索管道文件
- 参数：
  - query ：搜索查询
  - pipeline （可选）：要搜索的特定管道

可用资源

pipeline-config
- 获取管道配置
- URI 格式： pipeline://{name}/config
- 参数：
  - name ：管道名称（rnaseq、sarek 或模块）
pipeline-workflow
- 获取管道工作流程
- URI 格式： pipeline://{name}/workflow
- 参数：
  - name ：管道名称（rnaseq、sarek 或模块）

与 Cursor IDE 一起使用

使用 NPX（推荐）

将以下内容添加到您的mcp.json中：

{ "mcpServers": { "nf-core": { "command": "npx", "args": ["-y", "nf-core-mcp"] } } }

使用 Docker

将以下内容添加到您的mcp.json中：

{ "mcpServers": { "nf-core": { "command": "docker", "args": [ "run", "-i", "--rm", "-v", "/path/to/your/workspace:/app/workspace", "nf-core-mcp" ] } } }

示例用法

在 Cursor 中使用 MCP 服务器：

# List available pipelines list-pipelines # Get modules from rnaseq pipeline get-pipeline-modules pipeline=rnaseq # Search in all pipelines search-pipelines query="fastqc" # Search in specific pipeline search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq # Access pipeline configuration pipeline://rnaseq/config # Access workflow pipeline://rnaseq/workflow

运行服务器

使用 NPM

# If installed globally nf-core-mcp # If installed locally npx nf-core-mcp # Using npx without installation npx -y nf-core-mcp

使用 Docker

docker run -it --rm \ -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \ nf-core-mcp

发展

# Install dependencies npm install # Build TypeScript npm run build # Run in development mode npm run dev # Run tests npm test # Run linter npm run lint