nf-core MCP サーバー
nf-core パイプライン リポジトリを管理およびナビゲートするための MCP サーバー。
特徴
- ローカル nf-core リポジトリ (rnaseq、sarek、モジュール、ツール) を一覧表示します
- パイプライン構成とワークフローにアクセスする
- パイプラインファイルを検索する
- パイプラインモジュールを探索する
インストール
NPMバージョン
cd nf-core_mcp
npm install
# Build TypeScript
npm run build
# Start the server
npm start
Dockerバージョン
# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
-v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
nf-core-mcp
nf-coreリポジトリの追加
新しい nf-core パイプライン リポジトリをワークスペースに追加するには:
- リポジトリをクローンします:
# Navigate to your workspace directory (example for Windows)
cd /path/to/your/workspace
# Clone desired nf-core repositories
git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
git clone https://github.com/nf-core/modules.git
# Add any other nf-core pipeline you want to manage
- ディレクトリ構造: ワークスペースは次のようになります。
workspace/
├── rnaseq/
├── sarek/
├── modules/
└── your-new-pipeline/
- インストールの確認: MCP サーバーを起動した後、
list-pipelinesコマンドを使用して、新しいパイプラインが検出されていることを確認します。
注: MCP サーバーは、ワークスペース ディレクトリ内のすべての nf-core パイプライン リポジトリを自動的に検出して管理します。
利用可能なツール
list-pipelines- ワークスペース内のすべての nf-core パイプラインを一覧表示します
- 設定ファイルのステータスを表示します
- パラメータは必要ありません
get-pipeline-modules- パイプラインからモジュール情報を取得します
- パラメータ:
pipeline : パイプライン名 (rnaseq、sarek、または modules)
search-pipelines- パイプラインファイルを検索する
- パラメータ:
query : 検索クエリpipeline （オプション）: 検索する特定のパイプライン
利用可能なリソース
pipeline-config- パイプライン構成を取得する
- URI 形式:
pipeline://{name}/config - パラメータ:
name : パイプライン名 (rnaseq、sarek、または modules)
pipeline-workflow- パイプラインワークフローを取得する
- URI 形式:
pipeline://{name}/workflow - パラメータ:
name : パイプライン名 (rnaseq、sarek、または modules)
カーソルIDEでの使用
NPXの使用（推奨）
mcp.jsonに次のコードを追加します。
{
"mcpServers": {
"nf-core": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "nf-core-mcp"]
}
}
}
Dockerの使用
mcp.jsonに次のコードを追加します。
{
"mcpServers": {
"nf-core": {
"command": "docker",
"args": [
"run",
"-i",
"--rm",
"-v",
"/path/to/your/workspace:/app/workspace",
"nf-core-mcp"
]
}
}
}
使用例
カーソルで MCP サーバーを使用する:
# List available pipelines
list-pipelines
# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq
# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"
# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq
# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config
# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow
サーバーの実行
NPMの使用
# If installed globally
nf-core-mcp
# If installed locally
npx nf-core-mcp
# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp
Dockerの使用
docker run -it --rm \
-v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
nf-core-mcp
発達
# Install dependencies
npm install
# Build TypeScript
npm run build
# Run in development mode
npm run dev
# Run tests
npm test
# Run linter
npm run lint
ライセンス
マサチューセッツ工科大学