nf-core MCP サーバー

nf-core パイプラインリポジトリを管理およびナビゲートするための MCP サーバー。

特徴

ローカル nf-core リポジトリ (rnaseq、sarek、モジュール、ツール) を一覧表示します
パイプライン構成とワークフローにアクセスする
パイプラインファイルを検索する
パイプラインモジュールを探索する

インストール

NPMバージョン

cd nf-core_mcp npm install # Build TypeScript npm run build # Start the server npm start

Dockerバージョン

# Build the Docker image cd nf-core_mcp docker build -t nf-core-mcp . # Run the container docker run -i --rm \ -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \ nf-core-mcp

nf-coreリポジトリの追加

新しい nf-core パイプラインリポジトリをワークスペースに追加するには:

リポジトリをクローンします:
# Navigate to your workspace directory (example for Windows) cd /path/to/your/workspace # Clone desired nf-core repositories git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git git clone https://github.com/nf-core/sarek.git git clone https://github.com/nf-core/modules.git # Add any other nf-core pipeline you want to manage
ディレクトリ構造: ワークスペースは次のようになります。
workspace/ ├── rnaseq/ ├── sarek/ ├── modules/ └── your-new-pipeline/
インストールの確認: MCP サーバーを起動した後、 list-pipelinesコマンドを使用して、新しいパイプラインが検出されていることを確認します。
list-pipelines

注: MCP サーバーは、ワークスペースディレクトリ内のすべての nf-core パイプラインリポジトリを自動的に検出して管理します。

利用可能なツール

list-pipelines
- ワークスペース内のすべての nf-core パイプラインを一覧表示します
- 設定ファイルのステータスを表示します
- パラメータは必要ありません
get-pipeline-modules
- パイプラインからモジュール情報を取得します
- パラメータ:
  - pipeline : パイプライン名 (rnaseq、sarek、または modules)
search-pipelines
- パイプラインファイルを検索する
- パラメータ:
  - query : 検索クエリ
  - pipeline （オプション）: 検索する特定のパイプライン

利用可能なリソース

pipeline-config
- パイプライン構成を取得する
- URI 形式: pipeline://{name}/config
- パラメータ:
  - name : パイプライン名 (rnaseq、sarek、または modules)
pipeline-workflow
- パイプラインワークフローを取得する
- URI 形式: pipeline://{name}/workflow
- パラメータ:
  - name : パイプライン名 (rnaseq、sarek、または modules)

カーソルIDEでの使用

NPXの使用（推奨）

mcp.jsonに次のコードを追加します。

{ "mcpServers": { "nf-core": { "command": "npx", "args": ["-y", "nf-core-mcp"] } } }

Dockerの使用

mcp.jsonに次のコードを追加します。

{ "mcpServers": { "nf-core": { "command": "docker", "args": [ "run", "-i", "--rm", "-v", "/path/to/your/workspace:/app/workspace", "nf-core-mcp" ] } } }

使用例

カーソルで MCP サーバーを使用する:

# List available pipelines list-pipelines # Get modules from rnaseq pipeline get-pipeline-modules pipeline=rnaseq # Search in all pipelines search-pipelines query="fastqc" # Search in specific pipeline search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq # Access pipeline configuration pipeline://rnaseq/config # Access workflow pipeline://rnaseq/workflow

サーバーの実行

NPMの使用

# If installed globally nf-core-mcp # If installed locally npx nf-core-mcp # Using npx without installation npx -y nf-core-mcp

Dockerの使用

docker run -it --rm \ -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \ nf-core-mcp

発達

# Install dependencies npm install # Build TypeScript npm run build # Run in development mode npm run dev # Run tests npm test # Run linter npm run lint