Servidor MCP nf-core

Un servidor MCP para administrar y navegar por los repositorios de canalización de nf-core.

Características

Lista de repositorios locales de nf-core (rnaseq, sarek, módulos, herramientas)
Acceda a configuraciones de canalización y flujos de trabajo
Buscar en archivos de canalización
Explorar los módulos de canalización

Instalación

Versión NPM

cd nf-core_mcp npm install # Build TypeScript npm run build # Start the server npm start

Versión de Docker

# Build the Docker image cd nf-core_mcp docker build -t nf-core-mcp . # Run the container docker run -i --rm \ -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \ nf-core-mcp

Agregar repositorios nf-core

Para agregar nuevos repositorios de canalización de nf-core al espacio de trabajo:

Clonar los repositorios :
# Navigate to your workspace directory (example for Windows) cd /path/to/your/workspace # Clone desired nf-core repositories git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git git clone https://github.com/nf-core/sarek.git git clone https://github.com/nf-core/modules.git # Add any other nf-core pipeline you want to manage
Estructura del directorio : Su espacio de trabajo debería verse así:
workspace/ ├── rnaseq/ ├── sarek/ ├── modules/ └── your-new-pipeline/
Verificar la instalación : después de iniciar el servidor MCP, utilice el comando list-pipelines para verificar que se detecten sus nuevas canalizaciones:
list-pipelines

Nota: El servidor MCP detectará y administrará automáticamente cualquier repositorio de canalización nf-core en su directorio de espacio de trabajo.

Herramientas disponibles

list-pipelines
- Enumera todas las canalizaciones de nf-core en el espacio de trabajo
- Muestra el estado del archivo de configuración
- No se requieren parámetros
get-pipeline-modules
- Obtiene información del módulo desde una canalización
- Parámetros:
  - pipeline : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)
search-pipelines
- Búsquedas a través de archivos de canalización
- Parámetros:
  - query : Consulta de búsqueda
  - pipeline (opcional): pipeline específico para buscar

Recursos disponibles

pipeline-config
- Obtiene la configuración de la tubería
- Formato de URI: pipeline://{name}/config
- Parámetros:
  - name : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)
pipeline-workflow
- Obtiene el flujo de trabajo de la canalización
- Formato de URI: pipeline://{name}/workflow
- Parámetros:
  - name : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)

Uso con Cursor IDE

Uso de NPX (recomendado)

Agregue lo siguiente a su mcp.json :

{ "mcpServers": { "nf-core": { "command": "npx", "args": ["-y", "nf-core-mcp"] } } }

Usando Docker

Agregue lo siguiente a su mcp.json :

{ "mcpServers": { "nf-core": { "command": "docker", "args": [ "run", "-i", "--rm", "-v", "/path/to/your/workspace:/app/workspace", "nf-core-mcp" ] } } }

Ejemplo de uso

Usando el servidor MCP en Cursor:

# List available pipelines list-pipelines # Get modules from rnaseq pipeline get-pipeline-modules pipeline=rnaseq # Search in all pipelines search-pipelines query="fastqc" # Search in specific pipeline search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq # Access pipeline configuration pipeline://rnaseq/config # Access workflow pipeline://rnaseq/workflow

Ejecución del servidor

Uso de NPM

# If installed globally nf-core-mcp # If installed locally npx nf-core-mcp # Using npx without installation npx -y nf-core-mcp

Usando Docker

docker run -it --rm \ -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \ nf-core-mcp

Desarrollo

# Install dependencies npm install # Build TypeScript npm run build # Run in development mode npm run dev # Run tests npm test # Run linter npm run lint