Servidor MCP nf-core
Un servidor MCP para administrar y navegar por los repositorios de canalización de nf-core.
Características
- Lista de repositorios locales de nf-core (rnaseq, sarek, módulos, herramientas)
- Acceda a configuraciones de canalización y flujos de trabajo
- Buscar en archivos de canalización
- Explorar los módulos de canalización
Instalación
Versión NPM
cd nf-core_mcp
npm install
# Build TypeScript
npm run build
# Start the server
npm start
Versión de Docker
# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
-v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
nf-core-mcp
Agregar repositorios nf-core
Para agregar nuevos repositorios de canalización de nf-core al espacio de trabajo:
- Clonar los repositorios :
# Navigate to your workspace directory (example for Windows)
cd /path/to/your/workspace
# Clone desired nf-core repositories
git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
git clone https://github.com/nf-core/modules.git
# Add any other nf-core pipeline you want to manage
- Estructura del directorio : Su espacio de trabajo debería verse así:
workspace/
├── rnaseq/
├── sarek/
├── modules/
└── your-new-pipeline/
- Verificar la instalación : después de iniciar el servidor MCP, utilice el comando
list-pipelines para verificar que se detecten sus nuevas canalizaciones:
Nota: El servidor MCP detectará y administrará automáticamente cualquier repositorio de canalización nf-core en su directorio de espacio de trabajo.
Herramientas disponibles
list-pipelines- Enumera todas las canalizaciones de nf-core en el espacio de trabajo
- Muestra el estado del archivo de configuración
- No se requieren parámetros
get-pipeline-modules- Obtiene información del módulo desde una canalización
- Parámetros:
pipeline : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)
search-pipelines- Búsquedas a través de archivos de canalización
- Parámetros:
query : Consulta de búsquedapipeline (opcional): pipeline específico para buscar
Recursos disponibles
pipeline-config- Obtiene la configuración de la tubería
- Formato de URI:
pipeline://{name}/config - Parámetros:
name : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)
pipeline-workflow- Obtiene el flujo de trabajo de la canalización
- Formato de URI:
pipeline://{name}/workflow - Parámetros:
name : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)
Uso con Cursor IDE
Uso de NPX (recomendado)
Agregue lo siguiente a su mcp.json :
{
"mcpServers": {
"nf-core": {
"command": "npx",
"args": ["-y", "nf-core-mcp"]
}
}
}
Usando Docker
Agregue lo siguiente a su mcp.json :
{
"mcpServers": {
"nf-core": {
"command": "docker",
"args": [
"run",
"-i",
"--rm",
"-v",
"/path/to/your/workspace:/app/workspace",
"nf-core-mcp"
]
}
}
}
Ejemplo de uso
Usando el servidor MCP en Cursor:
# List available pipelines
list-pipelines
# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq
# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"
# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq
# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config
# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow
Ejecución del servidor
Uso de NPM
# If installed globally
nf-core-mcp
# If installed locally
npx nf-core-mcp
# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp
Usando Docker
docker run -it --rm \
-v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
nf-core-mcp
Desarrollo
# Install dependencies
npm install
# Build TypeScript
npm run build
# Run in development mode
npm run dev
# Run tests
npm test
# Run linter
npm run lint
Licencia
Instituto Tecnológico de Massachusetts (MIT)