Servidor MCP nf-core

Un servidor MCP para administrar y navegar por los repositorios de canalización de nf-core.

Características

Lista de repositorios locales de nf-core (rnaseq, sarek, módulos, herramientas)
Acceda a configuraciones de canalización y flujos de trabajo
Buscar en archivos de canalización
Explorar los módulos de canalización

Instalación

Versión NPM

cd nf-core_mcp
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Start the server
npm start

Versión de Docker

# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
  -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
  nf-core-mcp

Agregar repositorios nf-core

Para agregar nuevos repositorios de canalización de nf-core al espacio de trabajo:

Clonar los repositorios :
# Navigate to your workspace directory (example for Windows) cd /path/to/your/workspace # Clone desired nf-core repositories git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git git clone https://github.com/nf-core/sarek.git git clone https://github.com/nf-core/modules.git # Add any other nf-core pipeline you want to manage
Estructura del directorio : Su espacio de trabajo debería verse así:
workspace/ ├── rnaseq/ ├── sarek/ ├── modules/ └── your-new-pipeline/
Verificar la instalación : después de iniciar el servidor MCP, utilice el comando list-pipelines para verificar que se detecten sus nuevas canalizaciones:
list-pipelines

Nota: El servidor MCP detectará y administrará automáticamente cualquier repositorio de canalización nf-core en su directorio de espacio de trabajo.

Herramientas disponibles

list-pipelines
- Enumera todas las canalizaciones de nf-core en el espacio de trabajo
- Muestra el estado del archivo de configuración
- No se requieren parámetros
get-pipeline-modules
- Obtiene información del módulo desde una canalización
- Parámetros:
  - pipeline : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)
search-pipelines
- Búsquedas a través de archivos de canalización
- Parámetros:
  - query : Consulta de búsqueda
  - pipeline (opcional): pipeline específico para buscar

Recursos disponibles

pipeline-config
- Obtiene la configuración de la tubería
- Formato de URI: pipeline://{name}/config
- Parámetros:
  - name : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)
pipeline-workflow
- Obtiene el flujo de trabajo de la canalización
- Formato de URI: pipeline://{name}/workflow
- Parámetros:
  - name : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)

Uso con Cursor IDE

Uso de NPX (recomendado)

Agregue lo siguiente a su mcp.json :

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "nf-core-mcp"]
    }
  }
}

Usando Docker

Agregue lo siguiente a su mcp.json :

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "-v",
        "/path/to/your/workspace:/app/workspace",
        "nf-core-mcp"
      ]
    }
  }
}

Ejemplo de uso

Usando el servidor MCP en Cursor:

# List available pipelines
list-pipelines

# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq

# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"

# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq

# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config

# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow

Ejecución del servidor

Uso de NPM

# If installed globally
nf-core-mcp

# If installed locally
npx nf-core-mcp

# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp

Usando Docker

docker run -it --rm \
  -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
  nf-core-mcp

Desarrollo

# Install dependencies
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

# Run tests
npm test

# Run linter
npm run lint

Licencia

Instituto Tecnológico de Massachusetts (MIT)

This server cannot be installed

-

security - not tested

-

license - not tested

-

quality - not tested

Permite a los usuarios administrar y navegar por los repositorios de canalizaciones bioinformáticas de nf-core, lo que permite enumerar, buscar y explorar operaciones en configuraciones de canalizaciones, flujos de trabajo y módulos.

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