nf-core MCP 서버

nf-core 파이프라인 저장소를 관리하고 탐색하기 위한 MCP 서버입니다.

특징

• 로컬 nf-core 저장소(rnaseq, sarek, 모듈, 도구) 나열

• 파이프라인 구성 및 워크플로에 액세스

• 파이프라인 파일 검색

• 파이프라인 모듈 탐색

Related MCP server: GitHub MCP Server

설치

NPM 버전

지엑스피1

도커 버전

# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
  -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
  nf-core-mcp

nf-core 저장소 추가

작업 공간에 새로운 nf-core 파이프라인 저장소를 추가하려면:

1. 저장소를 복제합니다 .

   # Navigate to your workspace directory (example for Windows)
   cd /path/to/your/workspace
   
   # Clone desired nf-core repositories
   git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
   git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
   git clone https://github.com/nf-core/modules.git
   # Add any other nf-core pipeline you want to manage

2. 디렉토리 구조 : 작업 공간은 다음과 같습니다.

   workspace/
   ├── rnaseq/
   ├── sarek/
   ├── modules/
   └── your-new-pipeline/

3. 설치 확인 : MCP 서버를 시작한 후 list-pipelines 명령을 사용하여 새 파이프라인이 감지되었는지 확인합니다.

   list-pipelines

참고: MCP 서버는 작업 공간 디렉토리에 있는 모든 nf-core 파이프라인 저장소를 자동으로 감지하고 관리합니다.

사용 가능한 도구

1. list-pipelines

   • 작업 공간의 모든 nf-core 파이프라인을 나열합니다.

   • 구성 파일 상태를 표시합니다

   • 매개변수가 필요하지 않습니다

2. get-pipeline-modules

   • 파이프라인에서 모듈 정보를 가져옵니다.

   • 매개변수:

     • pipeline : 파이프라인 이름(rnaseq, sarek 또는 모듈)

3. search-pipelines

   • 파이프라인 파일을 검색합니다

   • 매개변수:

     • query : 검색 쿼리

     • pipeline (선택 사항): 검색할 특정 파이프라인

사용 가능한 리소스

1. pipeline-config

   • 파이프라인 구성을 가져옵니다

   • URI 형식: pipeline://{name}/config

   • 매개변수:

     • name : 파이프라인 이름(rnaseq, sarek 또는 모듈)

2. pipeline-workflow

   • 파이프라인 워크플로를 가져옵니다.

   • URI 형식: pipeline://{name}/workflow

   • 매개변수:

     • name : 파이프라인 이름(rnaseq, sarek 또는 모듈)

커서 IDE와 함께 사용

NPX 사용(권장)

mcp.json 에 다음을 추가하세요.

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "nf-core-mcp"]
    }
  }
}

Docker 사용

mcp.json 에 다음을 추가하세요.

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "-v",
        "/path/to/your/workspace:/app/workspace",
        "nf-core-mcp"
      ]
    }
  }
}

사용 예

Cursor에서 MCP 서버 사용:

# List available pipelines
list-pipelines

# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq

# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"

# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq

# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config

# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow

서버 실행

NPM 사용하기

# If installed globally
nf-core-mcp

# If installed locally
npx nf-core-mcp

# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp

Docker 사용

docker run -it --rm \
  -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
  nf-core-mcp

개발

# Install dependencies
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

# Run tests
npm test

# Run linter
npm run lint

특허

MIT