Servidor MCP nf-core

Un servidor MCP para administrar y navegar por los repositorios de canalización de nf-core.

Características

• Lista de repositorios locales de nf-core (rnaseq, sarek, módulos, herramientas)

• Acceda a configuraciones de canalización y flujos de trabajo

• Buscar en archivos de canalización

• Explorar los módulos de canalización

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Instalación

Versión NPM

cd nf-core_mcp
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Start the server
npm start

Versión de Docker

# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
  -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
  nf-core-mcp

Agregar repositorios nf-core

Para agregar nuevos repositorios de canalización de nf-core al espacio de trabajo:

1. Clonar los repositorios :

   # Navigate to your workspace directory (example for Windows)
   cd /path/to/your/workspace
   
   # Clone desired nf-core repositories
   git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
   git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
   git clone https://github.com/nf-core/modules.git
   # Add any other nf-core pipeline you want to manage

2. Estructura del directorio : Su espacio de trabajo debería verse así:

   workspace/
   ├── rnaseq/
   ├── sarek/
   ├── modules/
   └── your-new-pipeline/

3. Verificar la instalación : después de iniciar el servidor MCP, utilice el comando list-pipelines para verificar que se detecten sus nuevas canalizaciones:

   list-pipelines

Nota: El servidor MCP detectará y administrará automáticamente cualquier repositorio de canalización nf-core en su directorio de espacio de trabajo.

Herramientas disponibles

1. list-pipelines

   • Enumera todas las canalizaciones de nf-core en el espacio de trabajo

   • Muestra el estado del archivo de configuración

   • No se requieren parámetros

2. get-pipeline-modules

   • Obtiene información del módulo desde una canalización

   • Parámetros:

     • pipeline : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)

3. search-pipelines

   • Búsquedas a través de archivos de canalización

   • Parámetros:

     • query : Consulta de búsqueda

     • pipeline (opcional): pipeline específico para buscar

Recursos disponibles

1. pipeline-config

   • Obtiene la configuración de la tubería

   • Formato de URI: pipeline://{name}/config

   • Parámetros:

     • name : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)

2. pipeline-workflow

   • Obtiene el flujo de trabajo de la canalización

   • Formato de URI: pipeline://{name}/workflow

   • Parámetros:

     • name : nombre de la tubería (rnaseq, sarek o módulos)

Uso con Cursor IDE

Uso de NPX (recomendado)

Agregue lo siguiente a su mcp.json :

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "nf-core-mcp"]
    }
  }
}

Usando Docker

Agregue lo siguiente a su mcp.json :

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "-v",
        "/path/to/your/workspace:/app/workspace",
        "nf-core-mcp"
      ]
    }
  }
}

Ejemplo de uso

Usando el servidor MCP en Cursor:

# List available pipelines
list-pipelines

# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq

# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"

# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq

# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config

# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow

Ejecución del servidor

Uso de NPM

# If installed globally
nf-core-mcp

# If installed locally
npx nf-core-mcp

# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp

Usando Docker

docker run -it --rm \
  -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
  nf-core-mcp

Desarrollo

# Install dependencies
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

# Run tests
npm test

# Run linter
npm run lint

Licencia

Instituto Tecnológico de Massachusetts (MIT)