nf-core MCP サーバー

nf-core パイプライン リポジトリを管理およびナビゲートするための MCP サーバー。

特徴

• ローカル nf-core リポジトリ (rnaseq、sarek、モジュール、ツール) を一覧表示します

• パイプライン構成とワークフローにアクセスする

• パイプラインファイルを検索する

• パイプラインモジュールを探索する

Related MCP server: Bio-OS MCP Server

インストール

NPMバージョン

cd nf-core_mcp
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Start the server
npm start

Dockerバージョン

# Build the Docker image
cd nf-core_mcp
docker build -t nf-core-mcp .
# Run the container
docker run -i --rm \
  -v "/path/to/your/workspace:/app/workspace" \
  nf-core-mcp

nf-coreリポジトリの追加

新しい nf-core パイプライン リポジトリをワークスペースに追加するには:

1. リポジトリをクローンします:

   # Navigate to your workspace directory (example for Windows)
   cd /path/to/your/workspace
   
   # Clone desired nf-core repositories
   git clone https://github.com/nf-core/rnaseq.git
   git clone https://github.com/nf-core/sarek.git
   git clone https://github.com/nf-core/modules.git
   # Add any other nf-core pipeline you want to manage

2. ディレクトリ構造: ワークスペースは次のようになります。

   workspace/
   ├── rnaseq/
   ├── sarek/
   ├── modules/
   └── your-new-pipeline/

3. インストールの確認: MCP サーバーを起動した後、 list-pipelinesコマンドを使用して、新しいパイプラインが検出されていることを確認します。

   list-pipelines

注: MCP サーバーは、ワークスペース ディレクトリ内のすべての nf-core パイプライン リポジトリを自動的に検出して管理します。

利用可能なツール

1. list-pipelines

   • ワークスペース内のすべての nf-core パイプラインを一覧表示します

   • 設定ファイルのステータスを表示します

   • パラメータは必要ありません

2. get-pipeline-modules

   • パイプラインからモジュール情報を取得します

   • パラメータ:

     • pipeline : パイプライン名 (rnaseq、sarek、または modules)

3. search-pipelines

   • パイプラインファイルを検索する

   • パラメータ:

     • query : 検索クエリ

     • pipeline （オプション）: 検索する特定のパイプライン

利用可能なリソース

1. pipeline-config

   • パイプライン構成を取得する

   • URI 形式: pipeline://{name}/config

   • パラメータ:

     • name : パイプライン名 (rnaseq、sarek、または modules)

2. pipeline-workflow

   • パイプラインワークフローを取得する

   • URI 形式: pipeline://{name}/workflow

   • パラメータ:

     • name : パイプライン名 (rnaseq、sarek、または modules)

カーソルIDEでの使用

NPXの使用（推奨）

mcp.jsonに次のコードを追加します。

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "nf-core-mcp"]
    }
  }
}

Dockerの使用

mcp.jsonに次のコードを追加します。

{
  "mcpServers": {
    "nf-core": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "-i",
        "--rm",
        "-v",
        "/path/to/your/workspace:/app/workspace",
        "nf-core-mcp"
      ]
    }
  }
}

使用例

カーソルで MCP サーバーを使用する:

# List available pipelines
list-pipelines

# Get modules from rnaseq pipeline
get-pipeline-modules pipeline=rnaseq

# Search in all pipelines
search-pipelines query="fastqc"

# Search in specific pipeline
search-pipelines query="fastqc" pipeline=rnaseq

# Access pipeline configuration
pipeline://rnaseq/config

# Access workflow
pipeline://rnaseq/workflow

サーバーの実行

NPMの使用

# If installed globally
nf-core-mcp

# If installed locally
npx nf-core-mcp

# Using npx without installation
npx -y nf-core-mcp

Dockerの使用

docker run -it --rm \
  -v /path/to/your/workspace:/app/workspace \
  nf-core-mcp

発達

# Install dependencies
npm install

# Build TypeScript
npm run build

# Run in development mode
npm run dev

# Run tests
npm test

# Run linter
npm run lint

ライセンス

マサチューセッツ工科大学