chemdraw-mcp

聊天 → 化学结构。 一个用于 Claude Desktop 的 MCP 服务器：你用自然语言描述一个分子、一个反应或一个实验结果，它就会绘制出图形——用 RDKit 在本地渲染的、可直接打印的 PNG/SVG，外加聊天内的交互式预览。"画阿司匹林" 已经是一个完整的命令。

专为那些花太多时间点击六边形的药学与化学学生而建。20 个工具覆盖了报告或幻灯片真正需要的内容：结构、反应方案、逐步机理、底物范围图、TLC 板、滴定曲线、示意光谱、物质数据表、Ph.Eur. 含量测定计算和 Anki 牌组。

你需要付出的成本：一条安装命令。Apache-2.0，无需 API 密钥，服务器无需注册，无需 ChemDraw 许可证——你只需要 Claude Desktop 和 uv，其他一切只需获取一次。渲染完全在你的机器上运行；只有名称解析和数据库查询会访问互联网。ChemDraw CDXML 是一个可选的额外格式，供希望在那里继续编辑的人使用，绝不是必需项。

示例输出

"画咖啡因" — 可直接打印的 PNG，由 generate_molecule 生成：

"展示乙醇与乙酸发生费歇尔酯化反应" — generate_reaction 渲染反应方案，条件位于箭头上方，实时显示在聊天面板中：

"逐步展示费歇尔酯化反应机理" — generate_mechanism 在交互式面板中渲染弯曲的电子流动箭头：

"制作我的 Suzuki 偶联的底物范围图：3a 92%，3b 88%（12 小时后），3c 64%（ee 94%，dr 10:1），3d 71%" — generate_scope_table 将通式及其条件置于顶部，产物置于其下，共享相同的键长和相同的标题基线：

"绘制乙酸乙酯的 IR 光谱" — generate_spectrum（绘制给定的峰，并遵循各类型的轴约定）：

"我的酯化反应的 TLC：原料在 0.30，产物在 0.65，共点样显示两者，还有一些原料剩余" — generate_tlc 绘制实验报告所需的板，以流动相和检测方式作为标题：

"以 3D 形式展示咖啡因" — generate_3d 嵌入分子（ETKDG + 力场），并在聊天面板中打开一个可拖拽旋转的球棍模型查看器：

"布洛芬、萘普生和酮洛芬有什么区别？" — compare_molecules 保持共享骨架（MCS）中性，并突出显示所有不同之处：

"磷酸与 NaOH 的滴定曲线，以酚酞为指示剂" — generate_titration_curve 根据精确电荷平衡计算 pH，包含等当点、缓冲点（pH = pKa）和指示剂变色范围；其姊妹工具 generate_species_distribution 显示在每个 pH 下哪种质子化物种占主导：

"创建一个包含重要分子的 Anki 牌组并在 Anki 中打开" — export_anki_deck 构建一个可直接导入的 .apkg 文件，其中嵌入了渲染的结构；借助可选的 AnkiConnect 插件，卡片会直接进入正在运行的 Anki，无需点击：

Related MCP server: ChemCP

功能

服务器暴露的全部 20 个工具。文件写入 ~/ChemDraw-Output/；每个绘图工具还会返回一个实时预览，用于聊天内面板。

结构与方案

• generate_molecule — 名称/SMILES → 2D 结构，输出 PNG + SVG（可选 CDXML），包含性质、官能团检测和 Lipinski 五规则检查

• batch_generate — 一次调用生成整个结构列表

• generate_reaction — 反应物 + 产物 + 条件 → 反应方案，条件置于箭头上方

• generate_mechanism — 逐步的弯曲箭头机理（SN1、SN2、费歇尔酯化）

• generate_scope_table — 方法学文献中的底物范围图：通式及其条件位于顶部，其下是产物网格，每个产物带有标识符（"1a"）和产率（"78%"），以及可选的 ee/dr/时间。所有结构共享一个键长，所有标题共享一条基线；无法解析的条目会被报告，而不是致命错误

• compare_molecules — 2–4 个结构并排比较，突出差异，共享骨架（MCS）保持中性

• generate_3d — 聊天面板中可旋转的 3D 球棍模型构象（ETKDGv3 + 力场），并支持 SDF 导出

实验结果与分析

• generate_spectrum — 根据峰列表绘制示意光谱（IR、NIR、Raman、UV/Vis、荧光、ORD、CD、¹H/¹³C NMR、MS），遵循各类型的轴约定——绘制给定的峰，不预测光谱

• generate_tlc — 根据 Rf 值绘制 TLC 板草图：底部为起始线，顶部为溶剂前沿，每个点样点（原料 / 反应 / 共点样）对应一条带标题的泳道，每个斑点标注 Rf 值，流动相和检测方式作为标题打印——实验报告所需的草图

• generate_titration_curve — 根据精确电荷平衡计算 pH 与滴定剂体积的关系，包含等当点、缓冲点（pH = pKa）和指示剂变色范围

• generate_species_distribution — 质子化物种分数随 pH 的变化（Henderson–Hasselbalch），并标记 pKa 交叉点

• generate_calibration_curve — 通过你的标准品拟合最小二乘直线，并像用尺子一样从线上读出未知物。超出校准范围的样品会被标记为外推，而不是静默报告；检测限和定量限（DIN 32645）也一并提供，用于验证问题

实验台数学（数字 和 计算过程——实验报告两者都需要）

• calculate_solution — 需要称量多少（m = c · V · M）、实际得到了什么、稀释（C₁V₁ = C₂V₂，并明确溶剂体积）、交叉混合法，以及包含水合物（如 CuSO₄·5H₂O）的摩尔质量。当计算出的称样量低于分析天平的分辨率时发出警告——此时稀释更大称样量才是正确做法

• calculate_content — 按方案要求的含量测定：每次测量一个含量 → Grubbs 离群值检验 → 平均值、s、RSD → 与标示含量的 t 检验。滴定法（包括从参比滴定确定滴定度）和光度法，以及脂肪特性（酸值、皂化值、酯值和碘值）和卡尔·费休水分含量作为更多 method 选项

• calculate_ph — 弱酸和强酸、弱碱和强碱、缓冲液，以及可称量质量的缓冲液配方。通过精确电荷平衡求解，并附上教科书近似值：当两者不一致时，近似值已失去其假设条件并会明确说明。10⁻⁸ M HCl 的 pH 为 6.98，而不是 8

物质数据（在线查询）

• lookup — 以文本形式提供事实，每个问题一个 topic：properties（分子式、质量、CAS、InChIKey——默认）、safety（GHS 危险说明、象形图、信号词）、physical（熔点/沸点、溶解度、密度）、biochem（ChEBI 分类及相关的 UniProt 条目）、pathway（来自 KEGG 的代谢途径）

• lookup_molecule_data — 将 PubChem + GHS 合并为一张数据表，用于聊天内面板，包含结构

• predict_spectrum — 结构应显示哪些 IR 谱带（含强度和峰形）、测得的波数可能属于什么，以及预期有多少个 ¹H 信号及其积分比。确定性方法，因此它会说明自己不能做什么：不提供 ppm 化学位移，非对映异构质子计为一个信号

考试准备

• export_anki_deck — 将闪卡制作为可直接导入的 Anki .apkg：结构↔名称练习（可选反向：一张笔记，两个方向）、填空/完形卡片、鉴别/检测反应、光谱谱带归属——嵌入渲染图像、每张卡片标签、Parent::Child 子牌组；重新导出牌组会更新卡片而不是重复。可选通过 AnkiConnect 插件直接送入正在运行的 Anki。传入 curated_deck_id 而不是你自己的卡片，可获得一个小型、经公式验证的入门牌组（经典镇痛药、Ph.Eur. 鉴别反应）

每个工具都属于五个领域之一——绘图、实验图形、查询、计算、Anki——并且每个工具都双向说明它 不 用于什么，因此"画阿司匹林"不会进入底物范围网格，"我的缓冲液 pH 是多少？"不会进入绘图工具。有一个工具位于它们之外：save_png 是面板导出按钮的服务器端，在你点击时被调用，绝不会单独调用。

两个可选的保险库工具（search_vault、read_vault_entry）仅在设置了 CHEMDRAW_VAULT_PATH 时出现；没有它，服务器恰好暴露上述 20 个工具。

绘图工具上的选项

• formats — 默认为 ["png","svg"]；对于 generate_molecule、generate_reaction 和 batch_generate，在此基础上增加 "cdxml"。图形工具（generate_scope_table、generate_tlc、generate_spectrum）会以明确的错误信息拒绝 CDXML，而不是写出无意义的内容。

• abbreviate_groups=True — 将常见取代基绘制为化学家实际书写的标签：Ph、Bn、OMe、OAc、tBu、CO₂H、Boc、Ts、TBS。当单元格变小时非常值得使用——底物范围图保持可读，因为只有底物之间的差异部分才会被完整拼写出来。适用于 generate_molecule、generate_reaction、generate_scope_table、batch_generate。

• render_style — 用命名外观取代一堆渲染参数，同样适用于上述四个工具。"compact"（细键、限制标签大小、紧凑边距）用于双栏布局中的小图；"presentation"（双倍键宽、最小字号、更多留白）用于讲座幻灯片；"grayscale" 用于黑白打印，否则红色和蓝色会变成两种无法区分的灰色。空值表示默认外观，不做任何改动。

• annotate_stereo=True — 在 2D 绘图中标注 CIP 描述符（R/S、E/Z）（generate_molecule、batch_generate）。

安装

有三种安装方式，任选其一。方式 1 和 2 会以幂等方式合并到配置中，请先备份配置，并且不会改动你已配置的其他任何 MCP 服务器。完成后重启 Claude Desktop 并询问："draw caffeine"。

方式 1 — 克隆仓库（如果你想阅读或修改代码，推荐此方式；如缺少 uv 会自动安装，同步依赖，注册服务器）：

git clone https://github.com/jurimaxam-dotcom/chemdraw-mcp.git
cd chemdraw-mcp && ./install.sh

方式 2 — 从 PyPI 安装，无需克隆（需要 uv）：

uv tool install chemdraw-mcp
chemdraw-install

chemdraw-install 会为你写入 Claude Desktop 配置项，使用已安装启动器的绝对路径，并打印它注册的启动命令。

方式 3 — 手动编辑配置。 将以下内容添加到 claude_desktop_config.json 的 mcpServers 下（macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json）：

"chemdraw-tool": {
  "command": "/opt/homebrew/bin/uvx",
  "args": ["chemdraw-mcp"]
}

导致所有手动安装失败的一个陷阱： Claude Desktop 不会从登录 shell 启动 MCP 服务器——它使用最小的 GUI PATH。裸写的 "uvx" 或 "uv" 在那里无法被解析，服务器会静默启动失败。务必把 which uvx 在你的机器上打印出的绝对路径填入 command。方式 1 和 2 会自动完成这一步。

可选附加组件

• Java 运行时（例如 brew install openjdk）可让 OPSIN 离线解析系统 IUPAC 名称——包括那些任何数据库都未收录的名称。没有 Java 时，解析器会直接继续使用 PubChem/NCI 在线查询。

• AnkiConnect 插件可让 export_anki_deck 将卡片直接推送到正在运行的 Anki 中。没有它，你会得到 .apkg 文件并自行导入。

• ChemDraw（macOS）从来不是必需的：请求 formats=["cdxml"] 并自行打开文件，如果你想在那里继续编辑的话。

有问题？运行诊断工具

chemdraw-doctor                            # after "uv tool install chemdraw-mcp"
uv run chemdraw-doctor                     # in the cloned repo
uvx --from chemdraw-mcp chemdraw-doctor    # without installing anything

这是首先应该尝试的方法——它能把"服务器毫无反应"变成具体的病因。它检查六项会让服务器在聊天中看起来"死掉"的内容（RDKit 渲染、Java/OPSIN 运行时、uv 路径、Claude Desktop 配置项、名称数据库、输出目录），并为每个问题打印出确切的修复命令。区分三个级别：[OK]、[LIMITED]（可用但受限）和 [FAIL]（已损坏）；[NOTE] 标记不适用的情况，例如未安装 Claude Desktop。只要服务器可用，退出码就保持为 0，因此可以在脚本中运行。（从 PyPI 安装时，uv 和 Claude Desktop 检查会报告 [NOTE]——它们与仓库安装器相关。）

局限性

事先说明，以免报告中出现意外：

• Java 是可选的，但这有代价。 没有 JRE 时，OPSIN 会被跳过，名称通过 PubChem/NCI 在线解析——因此名称查询需要互联网连接，且仅适用于这些数据库收录的名称。SMILES 输入从不接触网络。

• 谱图是示意性的。 generate_spectrum 绘制交给它的峰，并采用与谱图类型匹配的正确坐标轴约定。它不测量任何东西，也不预测任何东西——如果峰值的来源是聊天对话而非你的仪器，在写入报告之前请先验证。

• TLC 强度只是绘图提示。 可选的 intensity（0…1）使点在草图上变得更淡。它不是光密度测定，不携带任何定量含义。

• CDXML 是旁路。 它从 RDKit 分子写出并通过往返验证，但 PNG/SVG 是主要输出，也是像素测试覆盖的对象。CDXML 默认关闭，且仅限于结构和反应方案——TLC 板、底物范围图和谱图会拒绝它。

• 3D 只是一个构象。 generate_3d 使用 ETKDGv3 嵌入，并用 MMFF 优化（UFF 作为回退）。这是用于观察的合理几何结构，不是构象搜索，也不是能量声明。

• ChemDraw 桥接仅限 macOS，且需要本地安装 ChemDraw。其他一切功能都不依赖它。

工作原理

name / SMILES
   │
   ▼
resolver ──► OPSIN (systematic IUPAC names, offline) ──► PubChem / NCI (names)  ·  direct parse (SMILES)
   │
   ▼
RDKit 2D coordinates ──► validation (sanity, round-trip)
   │
   ├──► image_export   → PNG + SVG files          (primary, offline)
   ├──► svg_renderer   → interactive chat preview (MCP App resource)
   └──► cdxml_writer   → ChemDraw CDXML           (optional, on request)

开发

Python 3.11+，包管理器 uv。

uv sync                      # backend deps
cd chemdraw_tool/ui && npm install && npx playwright install chromium  # frontend, once
./test.sh                    # the gate: pytest + JS unit + headless-Chromium e2e

600+ 个测试，采用测试先行编写。端到端测试在无头 Chromium 中栅格化真实的 RDKit SVG，并与精确的像素快照进行比较——导出路径和聊天内预览遵循相同的绘图常量。

许可证

Apache-2.0 — 参见 LICENSE。版权所有 2026 jurimaxam-dotcom。

免责声明： 这是一个非官方的独立项目，与 Revvity 无关联，也未获得其认可。ChemDraw 是 Revvity Signals Software, Inc. 的商标。本工具不包含也不要求 ChemDraw；它可以可选地导出开放 CDXML 格式的文件。