chemdraw-mcp

Чат → химическая структура. MCP-сервер для Claude Desktop: вы описываете молекулу, реакцию или результат лабораторной работы простыми словами, а он рисует изображение — готовый к печати PNG/SVG, отрисованный локально с помощью RDKit, плюс интерактивный предпросмотр прямо в чате. «Нарисуй аспирин» — уже полноценная команда.

Создан для студентов фармацевтических и химических специальностей, которые тратят слишком много времени на клики по шестиугольникам. 20 инструментов покрывают то, что реально нужно для отчёта или слайда: структуры, схемы реакций, пошаговые механизмы, рисунки субстратного охвата, пластины ТСХ, кривые титрования, схематические спектры, листы данных о веществах, расчёты по методикам Ph.Eur. и колоды Anki.

Что это вам стоит: одна команда установки. Apache-2.0, без API-ключа, без регистрации для сервера, без лицензии ChemDraw — вам нужны Claude Desktop и uv, всё остальное загружается один раз. Отрисовка полностью выполняется на вашей машине; только разрешение имён и обращения к базам данных выходят в интернет. ChemDraw CDXML — это дополнительный формат для тех, кто хочет продолжать редактирование там, но он никогда не является обязательным.

Пример вывода

«Нарисуй кофеин» — готовый к печати PNG, созданный generate_molecule:

«Покажи этерификацию Фишера этанола с уксусной кислотой» — generate_reaction отображает схему с условиями над стрелкой, прямо в панели чата:

«Покажи механизм этерификации Фишера по шагам» — generate_mechanism отображает изогнутые стрелки движения электронов в интерактивной панели:

«Сделай рисунок субстратного охвата моих реакций Сузуки: 3a 92%, 3b 88% после 12 ч, 3c 64% с ee 94% и dr 10:1, 3d 71%» — generate_scope_table задаёт общее уравнение с условиями сверху и продукты под ним, на общей длине связи и общей базовой линии подписей:

«Нарисуй ИК-спектр этилацетата» — generate_spectrum (рисует заданные пики, с осевыми соглашениями для каждого типа):

«ТСХ моей этерификации: исходное вещество на 0.30, продукт на 0.65, совместная точка показывает оба, немного исходного осталось» — generate_tlc рисует пластину, которую требует лабораторный отчёт, с подвижной фазой и детектированием в подписи:

«Покажи кофеин в 3D» — generate_3d встраивает молекулу (ETKDG + силовое поле) и открывает в панели чата просмотрщик «шарики и палочки» с вращением перетаскиванием:

«Чем ибупрофен отличается от напроксена и кетопрофена?» — compare_molecules сохраняет общий каркас (MCS) нейтральным и выделяет всё, что отличается:

«Кривая титрования фосфорной кислоты NaOH, фенолфталеин в качестве индикатора» — generate_titration_curve вычисляет pH из точного зарядового баланса, с точками эквивалентности, буферными точками (pH = pKa) и полосой индикатора; его родственный инструмент generate_species_distribution показывает, какая протонированная форма доминирует при каждом pH:

«Создай колоду Anki с важными молекулами и открой её в Anki» — export_anki_deck создаёт готовый к импорту .apkg со встроенными отрисованными структурами; с дополнительным аддоном AnkiConnect карточки попадают прямо в запущенный Anki, без кликов:

Related MCP server: ChemCP

Возможности

Все 20 инструментов, которые предоставляет сервер. Файлы записываются в ~/ChemDraw-Output/; каждый инструмент рисования также возвращает живой предпросмотр для панели в чате.

Структуры и схемы

• generate_molecule — имя/SMILES → 2D-структура в формате PNG + SVG (опционально CDXML), со свойствами, определением функциональных групп и проверкой правила Липински

• batch_generate — целый список структур одним вызовом

• generate_reaction — реагенты + продукты + условия → схема реакции с условиями над стрелкой

• generate_mechanism — механизмы с изогнутыми стрелками (SN1, SN2, этерификация Фишера) по шагам

• generate_scope_table — рисунок субстратного охвата из литературы по методологии: общее уравнение с условиями сверху, под ним сетка продуктов, каждый с идентификатором («1a») и выходом («78%»), плюс опционально ee/dr/время. Все структуры используют одну длину связи, все подписи — одну базовую линию; запись, которую не удалось разрешить, сообщается, но не является фатальной

• compare_molecules — 2–4 структуры рядом, различия выделены, общий каркас (MCS) нейтрален

• generate_3d — вращаемый 3D-конформер «шарики и палочки» в панели чата (ETKDGv3 + силовое поле) плюс экспорт в SDF

Лабораторные результаты и анализ

• generate_spectrum — схематические спектры из списков пиков (ИК, БИК, КР, УФ/Вид, флуоресценция, ОРД, КД, ¹H/¹³C ЯМР, МС) с осевыми соглашениями для каждого типа — рисует заданные пики, не предсказывает спектры

• generate_tlc — эскиз пластины ТСХ по значениям Rf: линия старта внизу, фронт растворителя вверху, по одной подписанной дорожке на точку нанесения (исходное / реакция / совместная точка), Rf указан у каждого пятна, подвижная фаза и детектирование напечатаны в подписи — эскиз, который требует лабораторный отчёт

• generate_titration_curve — pH в зависимости от объёма титранта из точного зарядового баланса, с точками эквивалентности, буферными точками (pH = pKa) и полосой перехода индикатора

• generate_species_distribution — доли протонированных форм в зависимости от pH (Хендерсон–Хассельбальх) с отмеченными пересечениями pKa

• generate_calibration_curve — линия наименьших квадратов через ваши стандарты, и неизвестные считываются с неё так же, как вы бы сделали линейкой. Образец за пределами калибровочного диапазона помечается как экстраполированный, а не тихо сообщается; пределы обнаружения и количественного определения (DIN 32645) прилагаются для вопроса валидации

Расчёты на столе (число и расчёт — лабораторный отчёт требует и того, и другого)

• calculate_solution — что взвесить (m = c · V · M), что вы фактически получили, разведения (C₁V₁ = C₂V₂ с указанным объёмом растворителя), правило креста и молярные массы, включая гидраты, такие как CuSO₄·5H₂O. Предупреждает, когда рассчитанная навеска ниже того, что разрешает аналитические весы — тогда разведение большей навески — правильный ход

• calculate_content — определение содержания так, как этого хочет протокол: одно содержание на измерение → тест Граббса на выбросы → среднее, s, RSD → t-тест против заявленного содержания. Титрование (с определением титра по референсным титрованиям) и фотометрия, плюс характеристики жиров (кислотное, омыления, эфирное и йодное числа) и содержание воды по Карлу Фишеру как дополнительные methodы

• calculate_ph — слабые и сильные кислоты и основания, буферы, и рецепты буферов вплоть до взвешиваемых масс. Решается через точный зарядовый баланс с приближением из учебника рядом: где они расходятся, приближение потеряло свои допущения и говорит об этом. 10⁻⁸ M HCl даёт pH 6.98, а не 8

Данные о веществах (онлайн-запросы)

• lookup — факты в виде текста, один topic на вопрос: properties (формула, масса, CAS, InChIKey — по умолчанию), safety (GHS формулировки опасности, пиктограммы, сигнальное слово), physical (температура плавления/кипения, растворимость, плотность), biochem (классификация ChEBI плюс связанные записи UniProt), pathway (метаболические пути из KEGG)

• lookup_molecule_data — PubChem + GHS, объединённые в один лист данных для панели в чате, включая структуру

• predict_spectrum — какие ИК-полосы должна показывать структура (с интенсивностью и формой полосы), чему может соответствовать измеренное волновое число, и сколько сигналов ¹H ожидать с их интегральным соотношением. Детерминированный, поэтому он говорит, чего не может: нет химических сдвигов в ppm, и диастереотопные протоны считаются одним сигналом

Подготовка к экзаменам

• export_anki_deck — карточки в виде готового к импорту Anki .apkg: упражнения структура↔название (опционально в обе стороны: одна заметка, оба направления), карточки с пропусками/заполнением, реакции идентификации/обнаружения, назначение полос спектра — со встроенными отрисованными изображениями, тегами на каждую карточку, подколодами Parent::Child; повторный экспорт колоды обновляет карточки вместо их дублирования. Опциональная доставка прямо в запущенный Anki через аддон AnkiConnect. Передайте curated_deck_id вместо своих карточек для небольшой, проверенной по формулам стартовой колоды (классические анальгетики, реакции идентификации Ph.Eur.)

Каждый инструмент относится к одной из пяти областей — рисование, лабораторная графика, поиск, расчёт, Anki — и каждый говорит, для чего он не предназначен, в обе стороны, так что «нарисуй аспирин» не может попасть в сетку субстратного охвата, а «какой pH у моего буфера?» не может попасть в инструмент построения графиков. Один инструмент стоит вне них: save_png — это серверная половина кнопки экспорта панели, вызывается при клике по ней, никогда сам по себе.

Два дополнительных инструмента для хранилища (search_vault, read_vault_entry) появляются только когда задан CHEMDRAW_VAULT_PATH; без него сервер предоставляет ровно 20 инструментов, перечисленных выше.

Опции инструментов рисования

• formats — по умолчанию ["png","svg"]; для generate_molecule, generate_reaction и batch_generate дополнительно "cdxml". Инструменты для работы с рисунками (generate_scope_table, generate_tlc, generate_spectrum) отклоняют CDXML с понятной ошибкой, вместо того чтобы записать что-то бессмысленное.

• abbreviate_groups=True — рисует распространённые заместители так, как их записывают химики: Ph, Bn, OMe, OAc, tBu, CO₂H, Boc, Ts, TBS. Это оправдано, когда ячейки становятся маленькими — таблица субстратов остаётся читаемой, потому что полностью прописано только то, чем субстраты различаются. Доступно в generate_molecule, generate_reaction, generate_scope_table, batch_generate.

• render_style — именованный вид вместо набора параметров отрисовки, в тех же четырёх инструментах. "compact" (тонкие связи, ограниченный размер подписей, узкие поля) для небольшого рисунка в двухколоночной вёрстке, "presentation" (двойная толщина связей, минимальный размер шрифта, больше отступов) для слайда лекции, "grayscale" для чёрно-белой печати, где красный и синий иначе стали бы двумя неразличимыми оттенками серого. Пустое значение — стандартный вид, без изменений.

• annotate_stereo=True — выводит CIP-дескрипторы (R/S, E/Z) на двумерном рисунке (generate_molecule, batch_generate).

Установка

Три способа; выберите один. Варианты 1 и 2 идемпотентно вливаются в конфиг — сначала сделайте его резервную копию, остальные настроенные MCP-серверы они не трогают. После этого перезапустите Claude Desktop и спросите: «нарисуй кофеин».

Вариант 1 — клонировать репозиторий (рекомендуется, если вы хотите читать или менять код; при необходимости устанавливает uv, синхронизирует зависимости, регистрирует сервер):

git clone https://github.com/jurimaxam-dotcom/chemdraw-mcp.git
cd chemdraw-mcp && ./install.sh

Вариант 2 — из PyPI, без клонирования (нужен uv):

uv tool install chemdraw-mcp
chemdraw-install

chemdraw-install сам вписывает запись для Claude Desktop, используя абсолютный путь установленного лаунчера, и печатает команду запуска, которую зарегистрировал.

Вариант 3 — править конфиг вручную. Добавьте это в claude_desktop_config.json в раздел mcpServers (macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json):

"chemdraw-tool": {
  "command": "/opt/homebrew/bin/uvx",
  "args": ["chemdraw-mcp"]
}

Единственная ловушка, из-за которой ломается любая ручная установка: Claude Desktop не запускает MCP-серверы из login-оболочки — он использует минимальный GUI PATH. Голый "uvx" или "uv" там не разрешается, и сервер не запускается, ничем об этом не сообщая. Всегда подставляйте в command абсолютный путь, который which uvx печатает на вашей машине. Варианты 1 и 2 делают это за вас.

Дополнительные возможности

• Java-рантайм (например, brew install openjdk) позволяет OPSIN разбирать систематические названия IUPAC офлайн — в том числе те, которых нет ни в одной базе. Без Java резолвер просто продолжает онлайн-поиском по PubChem/NCI.

• Аддон AnkiConnect позволяет export_anki_deck отправлять карточки прямо в запущенный Anki. Без него вы получаете файл .apkg и импортируете его сами.

• ChemDraw (macOS) никогда не требуется: запросите formats=["cdxml"] и откройте файл сами, если хотите продолжить редактирование там.

Что-то не работает? Запустите доктор

chemdraw-doctor                            # after "uv tool install chemdraw-mcp"
uv run chemdraw-doctor                     # in the cloned repo
uvx --from chemdraw-mcp chemdraw-doctor    # without installing anything

Это первое, что стоит попробовать — он превращает «сервер ничего не делает» в названную причину. Он проверяет шесть вещей, из-за которых сервер выглядит мёртвым в чате (рендеринг RDKit, рантайм Java/OPSIN, путь к uv, запись в Claude Desktop, базы названий, выходную директорию) и для каждой проблемы печатает точную команду, которая её исправляет. Различаются три уровня: [OK], [LIMITED] (работает, но с ограничениями) и [FAIL] (сломано); [NOTE] отмечает проверки, которые просто неприменимы, например, если Claude Desktop не установлен. Код выхода остаётся 0, пока сервер пригоден к использованию, так что его можно запускать в скриптах. (При установке из PyPI проверки uv и Claude Desktop сообщают [NOTE] — они относятся к установщику из репозитория.)

Ограничения

Заявлены заранее, чтобы в отчёте вас ничто не удивило:

• Java необязательна, и у этого есть цена. Без JRE OPSIN пропускается, и названия резолвятся онлайн через PubChem/NCI — значит, поиск по названиям требует интернет-соединения и работает только для названий, которые есть в этих базах. Ввод SMILES никогда не обращается к сети.

• Спектры схематичны. generate_spectrum рисует те пики, которые ему передали, с правильными осевыми соглашениями для типа спектра. Он ничего не измеряет и ничего не предсказывает — если значения пиков пришли из чата, а не с вашего прибора, проверьте их, прежде чем они попадут в отчёт.

• Интенсивность на ТСХ — это подсказка для рисунка. Необязательный параметр intensity (0…1) делает пятно бледнее на схеме. Это не денситометрия и не несёт количественного смысла.

• CDXML — побочный путь. Он записывается из молекулы RDKit и проходит сквозную валидацию, но PNG/SVG — основные выходные форматы, и именно их покрывают пиксельные тесты. CDXML по умолчанию выключен и ограничен структурами и схемами реакций — пластины ТСХ, таблицы субстратов и спектры его отклоняют.

• 3D — это один конформер. generate_3d встраивает геометрию через ETKDGv3 и оптимизирует MMFF (с запасным вариантом UFF). Это правдоподобная геометрия для просмотра, а не конформационный поиск и не утверждение об энергии.

• Мост к ChemDraw работает только на macOS и требует локально установленного ChemDraw. Всё остальное работает без него.

Как это работает

name / SMILES
   │
   ▼
resolver ──► OPSIN (systematic IUPAC names, offline) ──► PubChem / NCI (names)  ·  direct parse (SMILES)
   │
   ▼
RDKit 2D coordinates ──► validation (sanity, round-trip)
   │
   ├──► image_export   → PNG + SVG files          (primary, offline)
   ├──► svg_renderer   → interactive chat preview (MCP App resource)
   └──► cdxml_writer   → ChemDraw CDXML           (optional, on request)

Разработка

Python 3.11+, пакетный менеджер uv.

uv sync                      # backend deps
cd chemdraw_tool/ui && npm install && npx playwright install chromium  # frontend, once
./test.sh                    # the gate: pytest + JS unit + headless-Chromium e2e

Более 600 тестов, написанных в стиле test-first. E2E-тест растеризует настоящий SVG от RDKit в headless-браузере Chromium и сравнивает его с точным пиксельным снимком — путь экспорта и предпросмотр в чате придерживаются одних и тех же констант отрисовки.

Лицензия

Apache-2.0 — см. LICENSE. Copyright 2026 jurimaxam-dotcom.

Дисклеймер: Это неофициальный независимый проект, не аффилированный с Revvity и не одобренный ею. ChemDraw — товарный знак Revvity Signals Software, Inc. Этот инструмент не включает ChemDraw и не требует его; он может опционально экспортировать файлы в открытом формате CDXML.