chemdraw-mcp

채팅 → 화학 구조. Claude Desktop용 MCP 서버: 분자, 반응 또는 실험 결과를 평범한 말로 설명하면, 서버가 그림을 그려 줍니다 — RDKit으로 로컬에서 렌더링한 인쇄용 PNG/SVG와 채팅 안의 대화형 미리보기까지. "아스피린 그려 줘" 는 그 자체로 완전한 명령입니다.

육각형을 클릭하는 데 너무 많은 시간을 쓰는 약학·화학 전공 학생들을 위해 만들어졌습니다. 리포트나 슬라이드에 실제로 필요한 것을 20개의 도구가 담당합니다: 구조, 반응식, 단계별 메커니즘, 기질 범위 그림, TLC 플레이트, 적정 곡선, 개략적 스펙트럼, 물질 데이터 시트, Ph.Eur. 함량 계산, Anki 덱.

비용은 설치 명령 하나뿐입니다. Apache-2.0, API 키 없음, 서버 가입 없음, ChemDraw 라이선스 불필요 — Claude Desktop과 uv만 있으면 나머지는 한 번에 가져옵니다. 렌더링은 전적으로 사용자 컴퓨터에서 실행되며, 이름 해석과 데이터베이스 조회만 인터넷에 접속합니다. ChemDraw CDXML은 그곳에서 계속 편집하고 싶은 사람들을 위한 선택적 추가 형식일 뿐, 필수 조건이 아닙니다.

출력 예시

"카페인 그려 줘" — generate_molecule이 생성한 인쇄용 PNG:

"에탄올과 아세트산의 Fischer 에스터화 반응 보여 줘" — generate_reaction이 화살표 위에 조건을 표시한 반응식을 채팅 패널에 실시간으로 렌더링합니다:

"Fischer 에스터화 메커니즘을 단계별로 보여 줘" — generate_mechanism이 대화형 패널에 곡선 전자 흐름 화살표를 렌더링합니다:

"내 Suzuki 커플링 범위 그림을 만들어 줘: 3a 92%, 3b 88% (12시간 후), 3c 64% (ee 94%, dr 10:1), 3d 71%" — generate_scope_table이 일반 반응식을 조건과 함께 위에, 생성물들을 그 아래에 배치하며, 공통 결합 길이와 공통 캡션 기준선을 사용합니다:

"에틸 아세테이트의 IR 스펙트럼을 스케치해 줘" — generate_spectrum(주어진 피크를 유형별 축 규칙에 따라 그립니다):

"내 에스터화 반응의 TLC: 출발물질 0.30, 생성물 0.65, co-spot은 둘 다 보이고, 출발물질이 일부 남아 있음" — generate_tlc가 실험 보고서가 요구하는 플레이트를 이동상과 검출법을 캡션으로 넣어 그립니다:

"카페인을 3D로 보여 줘" — generate_3d가 분자(ETKDG + 포스 필드)를 임베드하고 채팅 패널에 드래그로 회전 가능한 ball-and-stick 뷰어를 엽니다:

"이부프로펜과 나프록센, 케토프로펜의 차이는 무엇인가요?" — compare_molecules가 공통 스캐폴드(MCS)는 중립으로 유지하고 다른 모든 부분을 강조합니다:

"인산을 NaOH로 적정하는 곡선, 지시약은 페놀프탈레인" — generate_titration_curve가 정확한 전하 균형에서 pH를 계산하며, 당량점, 완충점(pH = pKa), 지시약 변색 범위를 표시합니다. 그 자매 도구인 generate_species_distribution은 각 pH에서 어떤 양성자화 종이 우세한지 보여 줍니다:

"중요한 분자들로 Anki 덱을 만들고 Anki에서 열어 줘" — export_anki_deck이 렌더링된 구조가 포함된 가져오기 준비 완료 .apkg를 만듭니다. 선택적 AnkiConnect 애드온을 사용하면 카드가 실행 중인 Anki에 바로 들어가며 클릭이 필요 없습니다:

Related MCP server: ChemCP

기능

서버가 제공하는 20개 도구 전체. 파일은 ~/ChemDraw-Output/에 작성되며, 모든 그리기 도구는 채팅 패널용 실시간 미리보기도 반환합니다.

구조 및 반응식

• generate_molecule — 이름/SMILES → PNG + SVG 2D 구조(선택적으로 CDXML), 물성, 작용기 검출, Lipinski 5의 법칙 검사 포함

• batch_generate — 한 번의 호출로 구조 목록 전체

• generate_reaction — 출발물질 + 생성물 + 조건 → 화살표 위에 조건이 표시된 반응식

• generate_mechanism — 곡선 화살표 메커니즘(SN1, SN2, Fischer 에스터화)을 단계별로

• generate_scope_table — 방법론 문헌의 기질 범위 그림: 조건이 위에 있는 일반 반응식, 그 아래에 생성물 그리드, 각각 식별자("1a")와 수율("78%") 및 선택적 ee/dr/시간 표시. 모든 구조는 하나의 결합 길이를 공유하고 모든 캡션은 하나의 기준선을 사용합니다. 해석할 수 없는 항목은 치명적 오류가 아닌 보고로 처리됩니다

• compare_molecules — 2~4개 구조를 나란히 비교, 차이점 강조, 공통 스캐폴드(MCS)는 중립

• generate_3d — 채팅 패널에서 회전 가능한 3D ball-and-stick 컨포머(ETKDGv3 + 포스 필드) 및 SDF 내보내기

실험 결과 및 분석

• generate_spectrum — 피크 목록에서 개략적 스펙트럼 생성(IR, NIR, Raman, UV/Vis, 형광, ORD, CD, ¹H/¹³C NMR, MS) — 유형별 축 규칙 적용, 주어진 피크를 그릴 뿐 스펙트럼을 예측하지는 않습니다

• generate_tlc — Rf 값에서 TLC 플레이트 스케치: 아래쪽 시작선, 위쪽 용매 전면, 적용 지점별 캡션 레인(출발물질 / 반응 / co-spot), 각 스팟에 Rf 주석, 이동상과 검출법을 캡션으로 표시 — 실험 보고서가 요구하는 스케치

• generate_titration_curve — 정확한 전하 균형에서 계산한 pH 대 적정제 부피 곡선, 당량점, 완충점(pH = pKa), 지시약 변색 범위 포함

• generate_species_distribution — pH에 따른 양성자화 종 분율(Henderson–Hasselbalch), pKa 교차점 표시

• generate_calibration_curve — 표준물질을 통한 최소제곱 회귀선과, 자로 재듯 그 선에서 읽어낸 미지 시료 값. 검량 범위 밖의 시료는 조용히 보고하지 않고 외삽으로 표시합니다. 검출 한계와 정량 한계(DIN 32645)도 검증 문제에 함께 제공됩니다

벤치 계산 (숫자 그리고 풀이 과정 — 실험 보고서는 둘 다 요구합니다)

• calculate_solution — 칭량할 양(m = c · V · M), 실제로 얻은 값, 희석(C₁V₁ = C₂V₂, 용매 부피 명시), 혼합 십자법, CuSO₄·5H₂O 같은 수화물을 포함한 몰 질량. 계산된 분취량이 분석 저울의 분해능보다 낮으면 경고합니다 — 그럴 때는 더 큰 분취량을 희석하는 것이 올바른 방법입니다

• calculate_content — 프로토콜이 요구하는 방식의 함량 측정: 측정값별 함량 → Grubbs 이상치 검정 → 평균, s, RSD → 표시 함량에 대한 t-검정. 적정(기준 적정에서 역가 결정 포함)과 광도법, 그리고 산가, 검화가, 에스터가, 요오드가 같은 지방 특성과 Karl Fischer 수분 함량을 추가 method로 제공

• calculate_ph — 약산·강산, 약염기·강염기, 완충액, 칭량 가능한 질량까지 내려가는 완충액 조제법. 정확한 전하 균형으로 풀고 교과서 근사식을 옆에 함께 표시합니다: 둘이 어긋날 때는 근사식의 가정이 무너졌다는 뜻이며 그렇게 알려 줍니다. 10⁻⁸ M HCl은 pH 8이 아니라 6.98로 나옵니다

물질 데이터 (온라인 조회)

• lookup — 질문당 하나의 topic으로 텍스트 형태의 사실 정보: properties(분자식, 질량, CAS, InChIKey — 기본값), safety(GHS 유해·위험 문구, 픽토그램, 신호어), physical(녹는점/끓는점, 용해도, 밀도), biochem(ChEBI 분류 및 관련 UniProt 항목), pathway(KEGG의 대사 경로)

• lookup_molecule_data — PubChem + GHS를 하나의 데이터 시트로 결합하여 채팅 패널에 표시, 구조 포함

• predict_spectrum — 구조가 보여야 할 IR 밴드(강도와 밴드 모양 포함), 측정된 파수(wavenumber)가 무엇에 해당할 수 있는지, 예상되는 ¹H 신호 수와 적분비. 결정론적이므로 할 수 없는 일도 명확히 말합니다: ppm 단위의 화학적 이동은 제공하지 않으며, diastereotopic 양성자는 하나의 신호로 계산합니다

시험 준비

• export_anki_deck — 가져오기 준비 완료 Anki .apkg 형태의 플래시카드: 구조↔이름 암기(선택적으로 양방향: 하나의 노트로 두 방향 모두), cloze/빈칸 채우기 카드, 확인/검출 반응, 스펙트럼 밴드 배정 — 렌더링된 이미지 임베드, 카드별 태그, Parent::Child 하위 덱 포함. 덱을 다시 내보내면 카드가 중복되지 않고 업데이트됩니다. 선택적으로 AnkiConnect 애드온을 통해 실행 중인 Anki로 직접 전달. 직접 만든 카드 대신 curated_deck_id를 전달하면 검증된 소규모 스타터 덱(고전 진통제, Ph.Eur. 확인 반응)을 받을 수 있습니다

모든 도구는 다섯 영역 중 하나에 속합니다 — 그리기, 실험 그래픽, 조회, 계산, Anki — 그리고 각 도구는 자신이 무엇을 위한 것이 아닌지 양방향으로 명시하므로, "아스피린 그려 줘"가 기질 범위 그리드에 들어갈 수 없고 "내 완충액의 pH는 얼마지?"가 플로팅 도구에 들어갈 수 없습니다. 이 영역 밖에 있는 도구가 하나 있습니다: save_png는 패널의 내보내기 버튼의 서버 측으로, 버튼을 클릭할 때 호출되며 단독으로는 호출되지 않습니다.

두 개의 선택적 볼트 도구(search_vault, read_vault_entry)는 CHEMDRAW_VAULT_PATH가 설정된 경우에만 나타나며, 설정이 없으면 서버는 정확히 위의 20개 도구만 제공합니다.

그리기 도구의 옵션

• formats — 기본값은 ["png","svg"]이며, generate_molecule, generate_reaction, batch_generate에는 여기에 "cdxml"이 추가됩니다. 그림 도구(generate_scope_table, generate_tlc, generate_spectrum)는 의미 없는 파일을 쓰는 대신 명확한 오류와 함께 CDXML을 거부합니다.

• abbreviate_groups=True — 흔한 치환기를 화학자들이 실제로 쓰는 라벨(Ph, Bn, OMe, OAc, tBu, CO₂H, Boc, Ts, TBS)로 그립니다. 셀이 작아질 때 유용합니다. 기질 간에 다른 부분만 풀어서 표기되므로 스코프 그림이 계속 읽기 쉽게 유지됩니다. generate_molecule, generate_reaction, generate_scope_table, batch_generate에서 사용할 수 있습니다.

• render_style — 렌더링 파라미터 묶음 대신 이름이 붙은 스타일로, 동일한 네 가지 도구에서 사용합니다. "compact"(가는 결합, 제한된 라벨 크기, 좁은 여백)는 2단 레이아웃의 작은 그림용, "presentation"(두 배 결합 폭, 최소 글꼴 크기, 더 넉넉한 패딩)은 강의 슬라이드용, "grayscale"은 흑백 인쇄용으로, 이 경우 빨간색과 파란색이 구분할 수 없는 두 회색으로 보이는 문제를 방지합니다. 비어 있으면 기본 모양을 그대로 사용합니다.

• annotate_stereo=True — 2D 그림(generate_molecule, batch_generate)에 CIP 입체 설명자(R/S, E/Z)를 표시합니다.

설치

세 가지 방법이 있습니다. 하나를 선택하세요. 옵션 1과 2는 설정에 멱등적으로 병합되며, 먼저 백업해 두고 다른 MCP 서버 설정은 건드리지 않습니다. 그 후 Claude Desktop을 재시작하고 *"caffeine 그려줘"*라고 물어보세요.

옵션 1 — 저장소 클론 (코드를 읽거나 수정하려면 권장; uv가 없으면 설치하고, 의존성을 동기화하고, 서버를 등록합니다):

git clone https://github.com/jurimaxam-dotcom/chemdraw-mcp.git
cd chemdraw-mcp && ./install.sh

옵션 2 — PyPI에서, 클론 없이 (uv 필요):

uv tool install chemdraw-mcp
chemdraw-install

chemdraw-install은 설치된 런처의 절대 경로를 사용하여 Claude Desktop 항목을 작성하고, 등록한 시작 명령을 출력합니다.

옵션 3 — 설정을 직접 편집. claude_desktop_config.json의 mcpServers 아래에 다음을 추가하세요 (macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json):

"chemdraw-tool": {
  "command": "/opt/homebrew/bin/uvx",
  "args": ["chemdraw-mcp"]
}

수동 설치를 망가뜨리는 유일한 함정: Claude Desktop은 로그인 셸에서 MCP 서버를 시작하지 않습니다. 최소 GUI PATH를 사용합니다. 따라서 "uvx"나 "uv"만 적어서는 해석되지 않고, 서버는 아무 말 없이 시작에 실패합니다. 항상 여러분 머신에서 which uvx가 출력하는 절대 경로를 command에 넣으세요. 옵션 1과 2는 이 작업을 대신 해줍니다.

선택적 추가 기능

• Java 런타임 (예: brew install openjdk)이 있으면 OPSIN이 체계적 IUPAC 이름을 오프라인으로 해석할 수 있습니다. 데이터베이스에 없는 이름도 포함됩니다. Java가 없으면 리졸버는 단순히 PubChem/NCI 온라인 조회로 넘어갑니다.

• AnkiConnect 애드온이 있으면 export_anki_deck이 실행 중인 Anki로 카드를 직접 푸시할 수 있습니다. 없으면 .apkg 파일을 받아 직접 가져오면 됩니다.

• ChemDraw (macOS)는 절대 필요하지 않습니다. formats=["cdxml"]을 요청하고 계속 편집하려면 파일을 직접 여세요.

뭔가 작동하지 않나요? doctor를 실행하세요

chemdraw-doctor                            # after "uv tool install chemdraw-mcp"
uv run chemdraw-doctor                     # in the cloned repo
uvx --from chemdraw-mcp chemdraw-doctor    # without installing anything

이것이 가장 먼저 시도할 방법입니다. "서버가 아무것도 안 함"을 원인 이름으로 바꿔줍니다. 채팅에서 서버가 죽은 것처럼 보이게 만드는 여섯 가지(RDKit 렌더링, Java/OPSIN 런타임, uv 경로, Claude Desktop 항목, 이름 데이터베이스, 출력 디렉터리)를 확인하고, 각 문제에 대해 정확한 해결 명령을 출력합니다. 세 가지 수준으로 구분됩니다: [OK], [LIMITED](작동하지만 제한됨), [FAIL](고장); [NOTE]는 해당하지 않는 검사(예: Claude Desktop이 설치되지 않은 경우)를 표시합니다. 서버가 사용 가능한 한 종료 코드는 0으로 유지되므로 스크립트에서 실행할 수 있습니다. (PyPI 설치에서는 uv 및 Claude Desktop 검사가 [NOTE]로 보고됩니다. 이는 저장소 설치 프로그램과 관련된 항목입니다.)

제한 사항

보고서에서 놀라운 일이 없도록 미리 밝힙니다:

• Java는 선택 사항이며, 그 대가가 있습니다. JRE가 없으면 OPSIN을 건너뛰고 이름은 PubChem/NCI를 통해 온라인으로 해석됩니다. 따라서 이름 조회는 인터넷 연결이 필요하고 해당 데이터베이스가 색인한 이름에 대해서만 작동합니다. SMILES 입력은 네트워크에 접촉하지 않습니다.

• 스펙트럼은 개략적입니다. generate_spectrum은 전달받은 피크를 스펙트럼 유형에 맞는 축 규칙으로 그립니다. 측정하거나 예측하지 않습니다. 피크 값이 계측기가 아니라 채팅에서 온 것이라면 보고서에 넣기 전에 검증하세요.

• TLC 강도는 그리기 힌트입니다. 선택적 intensity(0…1)는 스케치에서 반점을 더 흐리게 만듭니다. 농도 측정이 아니며 정량적 의미를 갖지 않습니다.

• CDXML은 보조 경로입니다. RDKit 분자에서 작성되고 왕복 검증되지만, PNG/SVG가 기본 출력이며 픽셀 테스트가 다루는 대상입니다. CDXML은 기본적으로 꺼져 있고 구조와 반응식으로 제한됩니다. TLC 플레이트, 스코프 그림, 스펙트럼은 이를 거부합니다.

• 3D는 단일 컨포머입니다. generate_3d는 ETKDGv3로 임베딩하고 MMFF로 최적화합니다(UFF가 대체). 이는 보기 위한 그럴듯한 기하 구조이지, 컨포메이션 탐색도 에너지 진술도 아닙니다.

• ChemDraw 브리지는 macOS 전용이며 로컬에 설치된 ChemDraw가 필요합니다. 그 외 모든 것은 그것 없이 작동합니다.

작동 방식

name / SMILES
   │
   ▼
resolver ──► OPSIN (systematic IUPAC names, offline) ──► PubChem / NCI (names)  ·  direct parse (SMILES)
   │
   ▼
RDKit 2D coordinates ──► validation (sanity, round-trip)
   │
   ├──► image_export   → PNG + SVG files          (primary, offline)
   ├──► svg_renderer   → interactive chat preview (MCP App resource)
   └──► cdxml_writer   → ChemDraw CDXML           (optional, on request)

개발

Python 3.11+, 패키지 관리자 uv.

uv sync                      # backend deps
cd chemdraw_tool/ui && npm install && npx playwright install chromium  # frontend, once
./test.sh                    # the gate: pytest + JS unit + headless-Chromium e2e

테스트 우선 방식으로 작성된 600개 이상의 테스트. e2e 테스트는 실제 RDKit SVG를 헤드리스 Chromium에서 래스터화하고 정확한 픽셀 스냅샷과 비교합니다. 내보내기 경로와 채팅 내 미리보기는 동일한 그리기 상수로 유지됩니다.

라이선스

Apache-2.0 — LICENSE 참조. 저작권 2026 jurimaxam-dotcom.

고지: 이는 비공식적이고 독립적인 프로젝트로, Revvity와 제휴하거나 보증하지 않습니다. ChemDraw는 Revvity Signals Software, Inc.의 상표입니다. 이 도구는 ChemDraw를 포함하거나 요구하지 않습니다. 선택적으로 개방형 CDXML 형식으로 파일을 내보낼 수 있습니다.