BioMCP：基于代理的生物医学研发

概述

BioMCP 是一个模型上下文协议(MCP)服务器，旨在增强大型语言模型的蛋白质结构分析能力。它通过与现有的蛋白质数据库对接，提供分析蛋白质活性位点和搜索疾病相关蛋白质的工具。

未来的工作将围绕使代理商能够利用 BioMCP 展开。

Related MCP server: UniProt MCP Server

特征

• 活性位点分析：使用 PDB ID 检查蛋白质的结合位点和功能残基

• 疾病蛋白质搜索：查找与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质结构

• 集成数据访问：与 RCSB 蛋白质数据库(PDB)无缝连接

技术细节

BioMCP 实现了模型上下文协议 (MCP)，允许语言模型访问专门的蛋白质结构知识，而无需将这些信息作为训练数据的一部分。该服务器负责处理 API 连接、数据格式化和错误处理，以提供可靠的蛋白质结构洞察。

API 端点

BioMCP 提供两种主要工具：

1. analyze-active-site ：使用 PDB ID 提供有关蛋白质结合位点的详细信息

2. search-disease-proteins ：返回与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质

入门

通过 Smithery 安装

要通过Smithery自动为 Claude Desktop 安装 BioMCP：

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手动安装

# Clone the repository
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# Install dependencies
npm install

# Start the server
npm start

设置说明

运行 MCP 检查器

1. 启动 BioMCP 服务器：

   npm start

2. 在单独的终端中，全局安装 MCP Inspector（如果尚未安装）：

   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector

3. 启动 MCP Inspector 并连接到本地 BioMCP 服务器：

   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js

4. 使用检查器界面测试工具并查看响应。

与 Claude Desktop 一起使用

1. 构建 BioMCP 服务器：

   npm run build

2. 配置 Claude Desktop 以启动 MCP 服务器：

   a. 找到你的 Claude Desktop config.json 文件（通常在你的用户目录中）

   b. 编辑 config.json 文件，添加 BioMCP 服务器构建路径。示例配置：

   {
     "globalShortcut": "",
     "mcpServers": {
       "bio-mcp": {
         "command": "node",
         "args": [
           "/path/to/your/build/index.js"
         ]
       }
     }
   }

   c. 将/path/to/your/build替换为项目目录的实际路径。

3. 重新启动 Claude Desktop 以使更改生效。

4. 您现在可以向 Claude 询问使用 BioMCP 工具的问题：

   • “PDB 结构 6LU7 的活性位点中的关键残基是什么？”

   • “寻找与阿尔茨海默病相关的蛋白质”

示例用法

当与兼容的语言模型集成时，Bio-MCP 支持以下查询：

• “PDB 结构 6LU7 的活性位点中的关键残基是什么？”

• “寻找与阿尔茨海默病相关的蛋白质”

要求

• Node.js 20.0.0 或更高版本

• TypeScript 5.0+

• 兼容 MCP 客户端实现

测试

BioMCP 包括一个全面的测试套件，其中包含单元、集成和端到端测试。

运行测试

运行所有测试：

npm test

运行特定的测试套件：

# Unit tests only
npm run test:unit

# Integration tests only (API interactions)
npm run test:integration

# End-to-end tests only
npm run test:e2e

代码检查

检查代码质量：

npm run lint

自动修复 linting 问题：

npm run lint:fix

路线图

• 扩展活动站点描述的详细程度

• 利用三维坐标

• 与文献交互的工具

• 与计算生物学模型接口的工具：

  • 射频扩散

  • 蛋白质MPNN

  • ColabFold

  • 额外的蛋白质设计和结构预测工具

• 基于代理的研究流程

• 向客户介绍蛋白质可视化工具