有机化学结构 MCP 服务器 🧪

一个生产级 模型上下文协议（MCP） 服务器，旨在让 AI 助手（ChatGPT、Gemini、Claude、Cursor、MCP Inspector）能够直接在 AI 对话中，使用原生 MCP 图像内容，确定性地渲染、解析并显示准确的二维有机化学结构、反应、机理、共振贡献体和立体化学。

主要特性

• 对话内直接二维描绘：返回原生 MCP 图像内容项（image/png base64），使兼容的 AI 客户端无需外部图像托管或扩散模型即可直接渲染结构。

• 确定性化学渲染：由 RDKit 和 Cairo 驱动，以 CPK 标准颜色和清晰的骨架键生成出版级教科书式描绘。

• 多层解析：

  1. 精选 JEE 预设：本地加载 200+ 个 11/12 年级 JEE Main 和 Advanced 化合物及试剂，实现即时（<10ms）响应。

  2. SQLite 持久缓存：自动缓存已解析的化合物和预渲染的描绘。

  3. PubChem PUG REST API：为数千种已知有机分子提供回退查找。

  4. 歧义引擎：绝不猜测异构体。标记歧义名称（例如 甲酚、丁醇、二甲苯）并提示消歧。

• 7 个 MCP 工具：

  • show_structure：带分子式、分子量、SMILES 和来源元数据的可视化二维描绘。

  • resolve_compound：以结构化 JSON 形式提供完整的分子元数据。

  • show_reaction：带条件和箭头的出版级对齐反应方程式。

  • show_mechanism：带中间体面板、形式电荷和弯箭头的多步机理（SN1、SN2、EAS、烯烃水合、Aldol）。

  • compare_structures：并排分子比较网格。

  • show_resonance：用括号括起并以 $\leftrightarrow$ 箭头连接的共振规范贡献体。

  • show_stereochemistry：带 R/S 和 E/Z 标注的显式三维楔形-虚线投影。

• 双传输：

  • Streamable HTTP：用于远程 AI 连接的现代 /mcp 端点。

  • Stdio：用于本地 AI 工具和 MCP Inspector CLI 的标准输入/输出传输。

• 测试与管理 Web 工作室：使用 React + Vite + Tailwind CSS 构建，用于实时测试、检查 MCP 调用、浏览预设和监控服务器健康状态。

Related MCP server: chemdraw-mcp

快速开始

1. 前置条件

• Node.js：v18+（已在 Node.js v24 上测试）

• Python：v3.10+（已在 Python 3.12 上使用 .venv 测试）

2. 安装

# Clone or open the repository directory
cd chem

# Install Node.js dependencies
npm install

# Setup Python virtual environment and chemistry dependencies
py -3.12 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\python -m pip install rdkit pillow fastapi uvicorn pydantic requests pytest

3. 构建与运行

# Build the TypeScript backend & React frontend
npm run build
cd web && npm run build && cd ..

# Start the unified MCP server & Web Studio (starts Node and Python engine automatically)
npm run dev
# Or for production:
npm start

• MCP Streamable HTTP 端点：http://localhost:3000/mcp

• Web 测试与管理工作室：http://localhost:3000/

• 健康检查：http://localhost:3000/health

连接 AI 客户端

1. Claude Desktop（stdio）

将以下内容添加到您的 claude_desktop_config.json：

{
  "mcpServers": {
    "organic-chemistry": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "tsx", "C:/Users/TANMAY GARG/Desktop/chem/src/mcp/transports/stdioTransport.ts"]
    }
  }
}

2. MCP Inspector

要以交互方式检查和测试全部 7 个工具：

npx @modelcontextprotocol/inspector npx tsx src/mcp/transports/stdioTransport.ts

或通过 Streamable HTTP 连接到 http://localhost:3000/mcp。

3. ChatGPT 与远程 AI 客户端

将服务器部署到启用 HTTPS 的域名（例如 https://your-mcp-domain.com/mcp），并将其配置为自定义操作或 MCP 连接器。

运行测试

# Run Node.js unit and integration tests (Vitest)
npm test

# Run Python RDKit engine tests (pytest)
npm run test:python

许可证

MIT