Servidor MCP de Estructura de Química Orgánica 🧪

Un Model Context Protocol (MCP) Server de calidad de producción diseñado para permitir que los asistentes de IA (ChatGPT, Gemini, Claude, Cursor, MCP Inspector) rendericen, resuelvan y muestren de manera determinista estructuras, reacciones, mecanismos, contribuyentes de resonancia y estereoquímica precisos de química orgánica 2D directamente en conversaciones de IA utilizando contenido de imagen MCP nativo.

Características Clave

• Depicciones 2D Directas en el Chat: Devuelve elementos de contenido de imagen MCP nativos (image/png base64) para que los clientes de IA compatibles rendericen estructuras directamente sin requerir un host de imágenes externo o un modelo de difusión.

• Renderizado Químico Determinista: Impulsado por RDKit y Cairo para representaciones de calidad de libro de texto con colores estándar CPK y enlaces esqueléticos claros.

• Resolución en Múltiples Niveles:

  1. Presets JEE Curados: Más de 200 compuestos y reactivos de Clase 11/12 JEE Main y Advanced cargados localmente para respuestas instantáneas (<10ms).

  2. Caché Persistente SQLite: Auto-cachea compuestos resueltos y representaciones pre-renderizadas.

  3. API REST PUG de PubChem: Búsqueda de respaldo para miles de moléculas orgánicas conocidas.

  4. Motor de Ambigüedad: Nunca adivina isómeros. Señala nombres ambiguos (p. ej. cresol, butanol, xileno) y solicita desambiguación.

• 7 Herramientas MCP:

  • show_structure: Representación 2D visual con fórmula, peso molecular, SMILES y metadatos de fuente.

  • resolve_compound: Metadatos moleculares completos en JSON estructurado.

  • show_reaction: Ecuaciones de reacción alineadas de calidad de publicación con condiciones y flechas.

  • show_mechanism: Mecanismos de múltiples pasos con paneles intermedios, cargas formales y flechas curvas (SN1, SN2, EAS, Hidratación de Alquenos, Aldol).

  • compare_structures: Cuadrículas de comparación molecular lado a lado.

  • show_resonance: Contribuyentes canónicos de resonancia encerrados entre corchetes con flechas $\leftrightarrow$.

  • show_stereochemistry: Proyecciones explícitas de cuña y guión en 3D con anotaciones R/S y E/Z.

• Transportes Duales:

  • HTTP Transmisible: Endpoint moderno /mcp para conexiones remotas de IA.

  • Stdio: Transporte estándar de entrada/salida para herramientas locales de IA y CLI de MCP Inspector.

• Estudio Web de Pruebas y Administración: Construido con React + Vite + Tailwind CSS para pruebas en vivo, inspección de llamadas MCP, navegación de presets y monitoreo de la salud del servidor.

Related MCP server: ChemCP

Inicio Rápido

1. Requisitos Previos

• Node.js: v18+ (probado en Node.js v24)

• Python: v3.10+ (probado en Python 3.12 con .venv)

2. Instalación

# Clone or open the repository directory
cd chem

# Install Node.js dependencies
npm install

# Setup Python virtual environment and chemistry dependencies
py -3.12 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\python -m pip install rdkit pillow fastapi uvicorn pydantic requests pytest

3. Compilar y Ejecutar

# Build the TypeScript backend & React frontend
npm run build
cd web && npm run build && cd ..

# Start the unified MCP server & Web Studio (starts Node and Python engine automatically)
npm run dev
# Or for production:
npm start

• Endpoint HTTP Transmisible MCP: http://localhost:3000/mcp

• Estudio Web de Pruebas y Administración: http://localhost:3000/

• Verificación de Salud: http://localhost:3000/health

Conexión a Clientes de IA

1. Claude Desktop (stdio)

Agrega lo siguiente a tu claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "organic-chemistry": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "tsx", "C:/Users/TANMAY GARG/Desktop/chem/src/mcp/transports/stdioTransport.ts"]
    }
  }
}

2. MCP Inspector

Para inspeccionar y probar las 7 herramientas de forma interactiva:

npx @modelcontextprotocol/inspector npx tsx src/mcp/transports/stdioTransport.ts

O conéctate a través de HTTP Transmisible a http://localhost:3000/mcp.

3. ChatGPT y Clientes Remotos de IA

Despliega el servidor en un dominio habilitado para HTTPS (p. ej. https://your-mcp-domain.com/mcp) y configúralo como una Acción Personalizada o Conector MCP.

Ejecución de Pruebas

# Run Node.js unit and integration tests (Vitest)
npm test

# Run Python RDKit engine tests (pytest)
npm run test:python

Licencia

MIT