Organic Chemistry Structure MCP Server 🧪

Сервер Model Context Protocol (MCP) производственного уровня, предназначенный для того, чтобы ИИ-ассистенты (ChatGPT, Gemini, Claude, Cursor, MCP Inspector) могли детерминированно отображать, разрешать и показывать точные 2D-структуры органической химии, реакции, механизмы, резонансные структуры и стереохимию прямо в диалогах с ИИ, используя нативные MCP-изображения.

Ключевые возможности

• Прямое отображение 2D-структур в чате: Возвращает нативные MCP-элементы изображений (image/png base64), поэтому совместимые ИИ-клиенты отображают структуры напрямую, без внешнего хостинга изображений или диффузионной модели.

• Детерминированная химическая визуализация: На базе RDKit и Cairo для качественных учебных изображений со стандартными цветами CPK и четкими скелетными связями.

• Многоуровневое разрешение:

  1. Подготовленные пресеты JEE: 200+ соединений и реагентов для классов 11/12 JEE Main и Advanced, загруженных локально для мгновенных (<10 мс) ответов.

  2. Постоянный кэш SQLite: Автоматическое кэширование разрешенных соединений и предварительно отрисованных изображений.

  3. PubChem PUG REST API: Резервный поиск для тысяч известных органических молекул.

  4. Механизм устранения неоднозначности: Никогда не угадывает изомеры. Отмечает неоднозначные названия (например, cresol, butanol, xylene) и запрашивает уточнение.

• 7 MCP-инструментов:

  • show_structure: Визуальное 2D-изображение с формулой, молекулярной массой, SMILES и метаданными источника.

  • resolve_compound: Полные молекулярные метаданные в структурированном JSON.

  • show_reaction: Выровненные уравнения реакций издательского качества с условиями и стрелками.

  • show_mechanism: Многошаговые механизмы с промежуточными панелями, формальными зарядами и изогнутыми стрелками (SN1, SN2, EAS, гидратация алкенов, альдольная реакция).

  • compare_structures: Сетки для сравнения молекул бок о бок.

  • show_resonance: Резонансные канонические структуры в скобках со стрелками $\leftrightarrow$.

  • show_stereochemistry: Явные 3D-проекции с клиньями и штрихами с аннотациями R/S и E/Z.

• Двойные транспорты:

  • Streamable HTTP: Современная конечная точка /mcp для удаленных ИИ-подключений.

  • Stdio: Транспорт стандартного ввода/вывода для локальных ИИ-инструментов и MCP Inspector CLI.

• Тестовая и административная веб-студия: Создана с помощью React + Vite + Tailwind CSS для живого тестирования, просмотра MCP-вызовов, просмотра пресетов и мониторинга состояния сервера.

Related MCP server: ChemCP

Быстрый старт

1. Предварительные требования

• Node.js: v18+ (протестировано на Node.js v24)

• Python: v3.10+ (протестировано на Python 3.12 с .venv)

2. Установка

# Clone or open the repository directory
cd chem

# Install Node.js dependencies
npm install

# Setup Python virtual environment and chemistry dependencies
py -3.12 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\python -m pip install rdkit pillow fastapi uvicorn pydantic requests pytest

3. Сборка и запуск

# Build the TypeScript backend & React frontend
npm run build
cd web && npm run build && cd ..

# Start the unified MCP server & Web Studio (starts Node and Python engine automatically)
npm run dev
# Or for production:
npm start

• MCP Streamable HTTP Endpoint: http://localhost:3000/mcp

• Веб-студия тестирования и администрирования: http://localhost:3000/

• Проверка состояния: http://localhost:3000/health

Подключение к ИИ-клиентам

1. Claude Desktop (stdio)

Добавьте следующее в ваш claude_desktop_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "organic-chemistry": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "tsx", "C:/Users/TANMAY GARG/Desktop/chem/src/mcp/transports/stdioTransport.ts"]
    }
  }
}

2. MCP Inspector

Для интерактивного просмотра и тестирования всех 7 инструментов:

npx @modelcontextprotocol/inspector npx tsx src/mcp/transports/stdioTransport.ts

Или подключитесь через Streamable HTTP к http://localhost:3000/mcp.

3. ChatGPT и удаленные ИИ-клиенты

Разверните сервер на домене с поддержкой HTTPS (например, https://your-mcp-domain.com/mcp) и настройте его как Custom Action или MCP Connector.

Запуск тестов

# Run Node.js unit and integration tests (Vitest)
npm test

# Run Python RDKit engine tests (pytest)
npm run test:python

Лицензия

MIT