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pubmed-mcp-server

by AIAnytime
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Python
Hybrid

PubMed MCP サーバー

このリポジトリには、BioPythonのEntrezモジュールを使用してPubMedの論文抄録を検索するMCPサーバーが含まれています。FastMCPフレームワークを活用して、PubMedの非同期検索機能を提供します。

特徴

  • **PubMed を検索:**検索用語に基づいて記事を検索します。

  • 抄録の取得: PubMed から返された記事の抄録を取得します。

  • **非同期操作:**サーバーのブロックを回避するために、非同期実行 ( asyncio.to_thread経由) を使用します。

Related MCP server: PubMed MCP Server

前提条件

  • Python 3.8以上

  • mcp[cli]

  • バイオパイソン

設定

  1. リポジトリをクローンします。

    git clone https://github.com/AIAnytime/MCP-Servers
cd pubmed-mcp-server

  2. 依存関係をインストールします:

    uv を使用して必要なパッケージをインストールできます。

    uv add -r requirements.txt

  3. Entrez メールの設定:

    コード ( main.py内) に有効なメール アドレスが設定されていることを確認します。

    Entrez.email = "give an email address"

サーバーの実行

次のコマンドを実行して PubMed MCP サーバーを起動します。

uv run main.py

このコマンドは、 uvコマンドライン ツール (構成で指定されたとおり) を使用してサーバーを起動します。

MCPクライアントの設定

MCP クライアントを PubMed MCP サーバーに接続するように構成するには、次のようにconfig.jsonファイルを作成または更新します。

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/aiany/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

構成の説明

  • 指示：
    MCP サーバーを実行するために使用されるコマンドライン ツールへのフル パス (この場合はuv )。

  • 引数:

    • --directory : サーバーが配置されている作業ディレクトリを指定します。

    • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server" : サーバーのルート ディレクトリへのパス。

    • "run"と"main.py" : PubMed MCP サーバーを起動するためのコマンドとエントリ ポイント。

使用法

サーバーが実行中になり、MCP クライアントが設定されると、提供されているツールを使用できます。

  • ツール: search_pubmed

  • パラメータ:

    • query : PubMedの検索用語（デフォルトは"endocarditis" ）。

    • max_results : 取得する記事の最大数 (デフォルトは10 )。

使用例:

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

これにより、改行で区切られた記事の要約を含む文字列が返されます。

ライセンス

このプロジェクトはMIT ライセンスに基づいてライセンスされています。

特定の設定に応じて、必要に応じてパスと詳細を調整できます。

Install Server
RayrunBuild, deploy, and operate MCP servers without becoming an infrastructure team.ray.runAd
A
license - permissive license
B
quality
C
maintenance

How are these scores calculated?

Maintenance

0Releases (12mo)
Commit activity
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