Servidor MCP de PubMed

Este repositorio contiene un servidor MCP que busca resúmenes de artículos en PubMed mediante el módulo Entrez de BioPython. Aprovecha el framework FastMCP para ofrecer funciones de búsqueda asíncrona en PubMed.

Características

• Buscar en PubMed: consulta artículos según un término de búsqueda.

• Recuperar resúmenes: recupera resúmenes de artículos devueltos desde PubMed.

• Operación asincrónica: utiliza la ejecución asincrónica (a través de asyncio.to_thread ) para evitar bloquear el servidor.

Related MCP server: PubMed MCP Server

Prerrequisitos

• Python 3.8 o superior

• mcp[cli]

• BioPython

Configuración

1. Clonar el repositorio:

   git clone https://github.com/AIAnytime/MCP-Servers
   cd pubmed-mcp-server

2. Dependencias de instalación:

   Puede instalar los paquetes necesarios usando uv:

   uv add -r requirements.txt

3. Configurar el correo electrónico de Entrez:

   Asegúrese de haber configurado una dirección de correo electrónico válida en el código (en main.py ):

   Entrez.email = "give an email address"

Ejecución del servidor

Inicie el servidor PubMed MCP ejecutando:

uv run main.py

Este comando inicia el servidor utilizando la herramienta de línea de comandos uv (como se especifica en su configuración).

Configuración del cliente MCP

Para configurar su cliente MCP para que se conecte al servidor MCP de PubMed, cree o actualice su archivo config.json de la siguiente manera:

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:/Users/aiany/.local/bin/uv",
      "args": [
        "--directory",
        "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server",
        "run",
        "main.py"
      ]
    }
  }
}

Explicación de la configuración

• dominio:
  La ruta completa a la herramienta de línea de comandos utilizada para ejecutar el servidor MCP (en este caso, uv ).

• argumentos:

  • --directory : especifica el directorio de trabajo donde se encuentra el servidor.

  • "C:/Users/aiany/OneDrive/Desktop/YT Video/pubmed-mcp-server" : la ruta al directorio raíz del servidor.

  • "run" y "main.py" : el comando y el punto de entrada para iniciar el servidor PubMed MCP.

Uso

Una vez que el servidor esté en funcionamiento y su cliente MCP esté configurado, puede utilizar la herramienta proporcionada:

• Herramienta: search_pubmed

• Parámetros:

  • query : El término de búsqueda de PubMed (el valor predeterminado es "endocarditis" ).

  • max_results : Número máximo de artículos a recuperar (el valor predeterminado es 10 ).

Ejemplo de uso:

search_pubmed(query="endocarditis", max_results=10)

Esto devolverá una cadena con los resúmenes de los artículos separados por nuevas líneas.

Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la licencia MIT .

Puede ajustar las rutas y los detalles según sea necesario para su configuración específica.