PyMOL-MCP：将 PyMOL 与 Claude AI 集成

PyMOL-MCP 通过模型上下文协议 (MCP) 将 PyMOL 与 Claude AI 连接起来，使 Claude 能够直接与 PyMOL 交互并控制 PyMOL。这种强大的集成支持对话式结构生物学、分子可视化以及通过自然语言进行分析。

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特征

• 双向通信：通过基于套接字的服务器将 Claude AI 连接到 PyMOL

• 智能命令解析：PyMOL 命令的自然语言处理

• 分子可视化控制：操纵表示、颜色和视图

• 结构分析：执行测量、对齐和其他分析

• 代码执行：在 PyMOL 中从 Claude 运行任意 Python 代码

安装指南

先决条件

• 您的系统上已安装 PyMOL

• 克劳德桌面版

• Python 3.10 或更高版本

• Git

步骤 1：安装 UV 包管理器

在 macOS 上：

在 Windows 上：

对于其他平台，请访问UV 安装指南。

第 2 步：克隆存储库

步骤3：设置环境

创建并激活Python虚拟环境：

在 macOS/Linux 上：

在 Windows 上：

步骤4：安装依赖项

激活虚拟环境后：

步骤5：配置Claude桌面

1. 打开 Claude 桌面

2. 前往 Claude > 设置 > 开发者 > 编辑配置

3. 这将打开claude_desktop_config.json文件

4. 添加 MCP 服务器配置：

例如：

**注意：**请使用系统上的实际完整路径。在 Windows 上，请使用正斜杠 (/) 而不是反斜杠。

步骤 6：安装 PyMOL 插件

1. 打开 PyMOL

2. 前往插件 → 插件管理器

3. 点击“安装新插件”选项卡

4. 选择“选择文件...”并导航到克隆的存储库

5. 选择pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py文件

6. 点击“打开”，按照提示安装插件

用法

启动连接

1. 在 PyMOL 中：

   • 前往插件 → PyMOL MCP Socket 插件

   • 点击“开始收听”

   • 状态应更改为“正在监听端口 9876”

2. 在 Claude Desktop 中：

   • 聊天时，您应该会在工具部分看到一个锤子图标

   • 单击即可访问 PyMOL 工具

示例命令

以下是您可以要求克劳德做的事情的一些示例：

• “加载 PDB 1UBQ 并将其显示为卡通”

• “根据二级结构对蛋白质进行着色”

• “用棍棒表示突出显示活性位点残基”

• “对齐两个结构并显示它们的差异”

• “计算这两个残基之间的距离”

• “将此视图保存为高分辨率图像”

故障排除

• 连接问题：在尝试从 Claude 连接之前，请确保 PyMOL 插件正在监听

• 命令错误：检查 PyMOL 输出窗口中是否有任何错误消息

• 插件未出现：重新启动 PyMOL 并检查插件是否正确安装

• Claude 未连接：请验证 Claude 配置文件中的路径是否正确

限制和注意事项

• 套接字连接需要 PyMOL 和 Claude 在同一台机器上运行

• 一些复杂的操作可能需要分解为更简单的步骤

• 使用实验性功能前请务必保存您的工作

• 加入我们的 Bio-MCP 社区，一起解决问题、提供反馈并改进 Bio-MCPS！ https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared \_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

贡献

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执照

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