PyMOL-MCP

PyMOL-MCP：将 PyMOL 与 Claude AI 集成

PyMOL-MCP 通过模型上下文协议 (MCP) 将 PyMOL 与 Claude AI 连接起来，使 Claude 能够直接与 PyMOL 交互并控制 PyMOL。这种强大的集成支持对话式结构生物学、分子可视化以及通过自然语言进行分析。

https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36

特征

双向通信：通过基于套接字的服务器将 Claude AI 连接到 PyMOL
智能命令解析：PyMOL 命令的自然语言处理
分子可视化控制：操纵表示、颜色和视图
结构分析：执行测量、对齐和其他分析
代码执行：在 PyMOL 中从 Claude 运行任意 Python 代码

安装指南

先决条件

您的系统上已安装 PyMOL
克劳德桌面版
Python 3.10 或更高版本
Git

步骤 1：安装 UV 包管理器

在 macOS 上：

brew install uv

在 Windows 上：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

对于其他平台，请访问UV 安装指南。

第 2 步：克隆存储库

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

步骤3：设置环境

创建并激活Python虚拟环境：

python -m venv venv

在 macOS/Linux 上：

source venv/bin/activate

在 Windows 上：

venv\Scripts\activate

步骤4：安装依赖项

激活虚拟环境后：

pip install mcp

步骤5：配置Claude桌面

打开 Claude 桌面
前往 Claude > 设置 > 开发者 > 编辑配置
这将打开claude_desktop_config.json文件
添加 MCP 服务器配置：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

例如：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

**注意：**请使用系统上的实际完整路径。在 Windows 上，请使用正斜杠 (/) 而不是反斜杠。

步骤 6：安装 PyMOL 插件

打开 PyMOL
前往插件 → 插件管理器
点击“安装新插件”选项卡
选择“选择文件...”并导航到克隆的存储库
选择pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py文件
点击“打开”，按照提示安装插件

用法

启动连接

在 PyMOL 中：
- 前往插件 → PyMOL MCP Socket 插件
- 点击“开始收听”
- 状态应更改为“正在监听端口 9876”
在 Claude Desktop 中：
- 聊天时，您应该会在工具部分看到一个锤子图标
- 单击即可访问 PyMOL 工具

示例命令

以下是您可以要求克劳德做的事情的一些示例：

“加载 PDB 1UBQ 并将其显示为卡通”
“根据二级结构对蛋白质进行着色”
“用棍棒表示突出显示活性位点残基”
“对齐两个结构并显示它们的差异”
“计算这两个残基之间的距离”
“将此视图保存为高分辨率图像”

故障排除

连接问题：在尝试从 Claude 连接之前，请确保 PyMOL 插件正在监听
命令错误：检查 PyMOL 输出窗口中是否有任何错误消息
插件未出现：重新启动 PyMOL 并检查插件是否正确安装
Claude 未连接：请验证 Claude 配置文件中的路径是否正确

限制和注意事项

套接字连接需要 PyMOL 和 Claude 在同一台机器上运行
一些复杂的操作可能需要分解为更简单的步骤
使用实验性功能前请务必保存您的工作
加入我们的 Bio-MCP 社区，一起解决问题、提供反馈并改进 Bio-MCPS！ https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared \_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

贡献

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执照

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