PyMOL-MCP: PyMOLとClaude AIの統合
PyMOL-MCPは、モデルコンテキストプロトコル（MCP）を介してPyMOLをClaude AIに接続し、ClaudeがPyMOLを直接操作・制御できるようにします。この強力な統合により、会話型の構造生物学、分子可視化、そして自然言語による分析が可能になります。
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特徴
- 双方向通信: ソケットベースのサーバーを介してClaude AIをPyMOLに接続する
- インテリジェントなコマンド解析: PyMOLコマンドの自然言語処理
- 分子可視化制御：表現、色、ビューを操作する
- 構造解析：測定、アライメント、その他の解析を実行します
- コード実行: ClaudeのPyMOLで任意のPythonコードを実行する
インストールガイド
前提条件
- システムにPyMOLがインストールされている
- デスクトップ版クロード
- Python 3.10以降
- ギット
ステップ1: UVパッケージマネージャーをインストールする
macOSの場合:
Windowsの場合:
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%
その他のプラットフォームについては、 UV インストール ガイドをご覧ください。
ステップ2: リポジトリのクローンを作成する
git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp
ステップ3: 環境を設定する
Python 仮想環境を作成してアクティブ化します。
macOS/Linuxの場合:
Windowsの場合:
ステップ4: 依存関係をインストールする
仮想環境を有効にすると、次のようになります。
ステップ5: Claudeデスクトップを構成する
- クロードデスクトップを開く
- Claude > 設定 > 開発者 > 設定の編集に移動します
claude_desktop_config.jsonファイルが開きます。- MCP サーバー構成を追加します。
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "[Full path to your venv python]",
"args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
}
}
}
例えば：
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
"args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
}
}
}
**注:**システム上の実際のフルパスを使用してください。Windowsでは、バックスラッシュではなくスラッシュ (/) を使用してください。
ステップ6: PyMOLプラグインをインストールする
- PyMOLを開く
- プラグイン→プラグインマネージャーへ移動
- 「新しいプラグインをインストール」タブをクリックします
- 「ファイルを選択...」を選択し、クローンしたリポジトリに移動します
pymol-mcp-socket-plugin/__init__.pyファイルを選択します。- 「開く」をクリックし、指示に従ってプラグインをインストールします。
使用法
接続の開始
- PyMOLの場合:
- プラグイン → PyMOL MCP ソケットプラグインへ移動
- 「聴き始める」をクリック
- ステータスが「ポート9876をリッスン中」に変わります。
- Claude Desktopの場合:
- チャット中にツールセクションにハンマーアイコンが表示されます
- クリックするとPyMOLツールにアクセスできます
コマンド例
クロードに依頼できる作業の例をいくつか示します。
- 「PDB 1UBQをロードして漫画として表示する」
- 「タンパク質を二次構造で色分けする」
- 「活性部位残基をスティック表示で強調表示」
- 「2つの構造を並べて違いを示す」
- 「これら2つの残基間の距離を計算してください」
- 「このビューを高解像度画像として保存する」
トラブルシューティング
- 接続の問題: Claude から接続する前に、PyMOL プラグインが listen していることを確認してください。
- コマンドエラー: PyMOL出力ウィンドウでエラーメッセージを確認してください
- プラグインが表示されない: PyMOLを再起動して、プラグインが正しくインストールされていることを確認してください
- Claude が接続できません: Claude 構成ファイル内のパスが正しいことを確認してください
制限事項と注意事項
- ソケット接続にはPyMOLとClaudeの両方が同じマシン上で実行されている必要があります。
- 複雑な操作は、より単純なステップに分割する必要があるかもしれません
- 実験的な機能を使用する前に必ず作業内容を保存してください
- Bio-MCP コミュニティに参加して、トラブルシューティング、フィードバックの提供、Bio-MCPS の改善にご協力ください。https ://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared \_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA
貢献
貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。
ライセンス
このプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています - 詳細については LICENSE ファイルを参照してください。