PyMOL-MCP

PyMOL-MCP: PyMOLとClaude AIの統合

PyMOL-MCPは、モデルコンテキストプロトコル（MCP）を介してPyMOLをClaude AIに接続し、ClaudeがPyMOLを直接操作・制御できるようにします。この強力な統合により、会話型の構造生物学、分子可視化、そして自然言語による分析が可能になります。

https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36

特徴

双方向通信: ソケットベースのサーバーを介してClaude AIをPyMOLに接続する
インテリジェントなコマンド解析: PyMOLコマンドの自然言語処理
分子可視化制御：表現、色、ビューを操作する
構造解析：測定、アライメント、その他の解析を実行します
コード実行: ClaudeのPyMOLで任意のPythonコードを実行する

インストールガイド

前提条件

システムにPyMOLがインストールされている
デスクトップ版クロード
Python 3.10以降
ギット

ステップ1: UVパッケージマネージャーをインストールする

macOSの場合:

brew install uv

Windowsの場合:

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

その他のプラットフォームについては、 UV インストールガイドをご覧ください。

ステップ2: リポジトリのクローンを作成する

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

ステップ3: 環境を設定する

Python 仮想環境を作成してアクティブ化します。

python -m venv venv

macOS/Linuxの場合:

source venv/bin/activate

Windowsの場合:

venv\Scripts\activate

ステップ4: 依存関係をインストールする

仮想環境を有効にすると、次のようになります。

pip install mcp

ステップ5: Claudeデスクトップを構成する

クロードデスクトップを開く
Claude > 設定 > 開発者 > 設定の編集に移動します
claude_desktop_config.jsonファイルが開きます。
MCP サーバー構成を追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

例えば：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

**注:**システム上の実際のフルパスを使用してください。Windowsでは、バックスラッシュではなくスラッシュ (/) を使用してください。

ステップ6: PyMOLプラグインをインストールする

PyMOLを開く
プラグイン→プラグインマネージャーへ移動
「新しいプラグインをインストール」タブをクリックします
「ファイルを選択...」を選択し、クローンしたリポジトリに移動します
pymol-mcp-socket-plugin/__init__.pyファイルを選択します。
「開く」をクリックし、指示に従ってプラグインをインストールします。

使用法

接続の開始

PyMOLの場合:
- プラグイン → PyMOL MCP ソケットプラグインへ移動
- 「聴き始める」をクリック
- ステータスが「ポート9876をリッスン中」に変わります。
Claude Desktopの場合:
- チャット中にツールセクションにハンマーアイコンが表示されます
- クリックするとPyMOLツールにアクセスできます

コマンド例

クロードに依頼できる作業の例をいくつか示します。

「PDB 1UBQをロードして漫画として表示する」
「タンパク質を二次構造で色分けする」
「活性部位残基をスティック表示で強調表示」
「2つの構造を並べて違いを示す」
「これら2つの残基間の距離を計算してください」
「このビューを高解像度画像として保存する」

トラブルシューティング

接続の問題: Claude から接続する前に、PyMOL プラグインが listen していることを確認してください。
コマンドエラー: PyMOL出力ウィンドウでエラーメッセージを確認してください
プラグインが表示されない: PyMOLを再起動して、プラグインが正しくインストールされていることを確認してください
Claude が接続できません: Claude 構成ファイル内のパスが正しいことを確認してください

制限事項と注意事項

ソケット接続にはPyMOLとClaudeの両方が同じマシン上で実行されている必要があります。
複雑な操作は、より単純なステップに分割する必要があるかもしれません
実験的な機能を使用する前に必ず作業内容を保存してください
Bio-MCP コミュニティに参加して、トラブルシューティング、フィードバックの提供、Bio-MCPS の改善にご協力ください。https ://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared \_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

貢献

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています - 詳細については LICENSE ファイルを参照してください。

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