PyMOL-MCP: Integración de PyMOL con Claude AI
PyMOL-MCP conecta PyMOL con Claude AI mediante el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP), lo que permite a Claude interactuar directamente con PyMOL y controlarlo. Esta potente integración facilita la biología estructural conversacional, la visualización molecular y el análisis mediante lenguaje natural.
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Características
Comunicación bidireccional : Conecte Claude AI a PyMOL a través de un servidor basado en sockets
Análisis inteligente de comandos : procesamiento del lenguaje natural para comandos PyMOL
Control de visualización molecular : manipule representaciones, colores y vistas
Análisis estructural : realizar mediciones, alineaciones y otros análisis
Ejecución de código : ejecute código Python arbitrario en PyMOL desde Claude
Related MCP server: SketchupMCP
Guía de instalación
Prerrequisitos
PyMOL instalado en su sistema
Claude para escritorio
Python 3.10 o más reciente
Git
Paso 1: Instalar el Administrador de paquetes UV
En macOS:
En Windows:
Para otras plataformas, visita la guía de instalación de UV .
Paso 2: Clonar el repositorio
Paso 3: Configurar el entorno
Crear y activar un entorno virtual de Python:
En macOS/Linux:
En Windows:
Paso 4: Instalar dependencias
Con el entorno virtual activado:
Paso 5: Configurar Claude Desktop
Abra Claude Desktop
Vaya a Claude > Configuración > Desarrollador > Editar configuración
Esto abrirá el archivo
claude_desktop_config.jsonAgregue la configuración del servidor MCP:
Por ejemplo:
Nota: Use las rutas completas de su sistema. En Windows, use barras diagonales (/) en lugar de barras invertidas.
Paso 6: Instalar el complemento PyMOL
Abrir PyMOL
Vaya a Plugin → Administrador de complementos
Haga clic en la pestaña "Instalar nuevo complemento".
Seleccione "Elegir archivo..." y navegue hasta el repositorio clonado
Seleccione el archivo
pymol-mcp-socket-plugin/__init__.pyHaga clic en "Abrir" y siga las instrucciones para instalar el complemento.
Uso
Iniciando la conexión
En PyMOL:
Vaya a Complemento → Complemento de socket MCP de PyMOL
Haga clic en "Comenzar a escuchar"
El estado debería cambiar a "Escuchando en el puerto 9876".
En Claude Desktop:
Deberías ver un icono de martillo en la sección de herramientas al chatear.
Haga clic en él para acceder a las herramientas de PyMOL
Comandos de ejemplo
Aquí hay algunos ejemplos de lo que puedes pedirle a Claude que haga:
Cargar PDB 1UBQ y mostrarlo como caricatura
"Colorea la proteína según su estructura secundaria"
Resalte los residuos del sitio activo con la representación de barras.
"Alinear dos estructuras y mostrar sus diferencias"
"Calcula la distancia entre estos dos residuos"
"Guardar esta vista como imagen de alta resolución"
Solución de problemas
Problemas de conexión : asegúrese de que el complemento PyMOL esté escuchando antes de intentar conectarse desde Claude
Errores de comando : Verifique la ventana de salida de PyMOL para ver si hay mensajes de error
El complemento no aparece : reinicie PyMOL y verifique que el complemento se instaló correctamente
Claude no se conecta : Verifique que las rutas en su archivo de configuración de Claude sean correctas
Limitaciones y notas
La conexión del socket requiere que tanto PyMOL como Claude se ejecuten en la misma máquina
Es posible que algunas operaciones complejas deban dividirse en pasos más simples.
Guarde siempre su trabajo antes de utilizar funciones experimentales
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