Skip to main content
Glama
Sign In
deenesjakoruzh

mcp-simple-pubmed

by andybrandt
GitHub
Python
MIT License
76
  • Apple
OverviewInspectNewSchemaRelated ServersReviewsScore
Need Help?View Source CodeReport Issue

Integrations

  • Enables retrieval of publication URLs through DOI (Digital Object Identifier) to access articles that may not be directly available through PubMed

  • Supports downloading full text for open access articles available directly on PubMed

  • Provides access to PubMed articles through the Entrez API, allowing users to search the PubMed database, access article abstracts, and download full text for open access articles

MCP Простой PubMed

Сервер MCP, обеспечивающий доступ к статьям PubMed через API Entrez.

Функции

  • Поиск в базе данных PubMed по ключевым словам
  • Доступ к аннотациям статей
  • Загрузите полный текст, когда он будет доступен (для статей с открытым доступом, доступных непосредственно на PubMed)

Обратите внимание, что инструмент возвращает XML-версию полного текста. Однако для ИИ это полезнее, чем был бы «человечески читаемый» текст, поскольку он дает им дополнительную информацию о структуре документа. По крайней мере, это то, что Клод 3.5 Соннет сказал, что он предпочитает.

Также обратите внимание, что неспособность этого инструмента и, возможно, других инструментов предоставить полный текст статьи может быть связана не с тем, что он недоступен. При тестировании этого инструмента я наткнулся на статью, у которой не было полного текста на PubMed, и когда Клод получил доступ к URL публикации (который мы получили через DOI) с помощью fetch, он получил ошибку «запрещено». Однако я смог получить доступ к той же самой странице с помощью обычного браузера.

Другими словами, если ваш ИИ-помощник не может получить полный текст статьи с помощью этого инструмента, стоит попробовать сделать это вручную с помощью обычного веб-браузера.

Наконец, этот инструмент, конечно, не может предоставить вам доступ к платным/оплаченным работам. Вы можете читать их через доступ к вашей библиотеке или — в крайнем случае — через определенный сайт, который стремится сделать финансируемые государством исследования свободно доступными.

Установка

Установка через Smithery

Чтобы автоматически установить Simple PubMed для Claude Desktop через Smithery :

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Ручная установка

pip install mcp-simple-pubmed

Конфигурация

Серверу требуются следующие переменные среды:

  • PUBMED_EMAIL : Ваш адрес электронной почты (требуется NCBI)
  • PUBMED_API_KEY : Необязательный ключ API для более высоких лимитов скорости

Стандартный предел скорости составляет 3 запроса/секунду. Ограничение скорости не было реализовано, поскольку крайне маловероятно, что в типичном сценарии использования ваш ИИ будет генерировать больше трафика. Если вам это нужно, вы можете зарегистрироваться для получения ключа API , который даст вам 10 запросов/секунду. Читайте об этом на страницах NCBI .

Использование с Claude Desktop

Добавьте в конфигурацию Claude Desktop ( claude_desktop_config.json ):

(Mac OS)

{ "mcpServers": { "simple-pubmed": { "command": "python", "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"], "env": { "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com", "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" } } } }

(Окна)

{ "mcpServers": { "simple-pubmed": { "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe", "args": [ "-m", "mcp_simple_pubmed" ], "env": { "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com", "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" } } } }

Лицензия

Лицензия Массачусетского технологического института

You must be authenticated.

A
security – no known vulnerabilities
A
license - permissive license
A
quality - confirmed to work

remote-capable server

The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.

Tools

Сервер MCP, обеспечивающий доступ к статьям PubMed через API Entrez.

  1. Функции
    1. Установка
      1. Установка через Smithery
      2. Ручная установка
    2. Конфигурация
      1. Использование с Claude Desktop
        1. Лицензия

          Related MCP Servers

          • mcp-simple-arxiv

            andybrandt
            -
            security
            A
            license
            -
            quality
            An MCP server that provides access to arXiv papers through their API.
            Last updated -
            4
            88
            Python
            MIT License
            • Apple

          • MCP PubMed Search

            wavelovey
            -
            security
            A
            license
            -
            quality
            Server to search PubMed (PubMed is a free, online database that allows users to search for biomedical and life sciences literature). I have created on a day MCP came out but was on vacation, I saw someone post similar server in your DB, but figured to post mine.
            Last updated -
            1
            1
            Python
            MIT License
            • Apple

          • PubMed MCP Server

            rikachu225
            -
            security
            F
            license
            -
            quality
            An MCP server implementation that enables searching and retrieving research articles from PubMed with specific focus on open access content filtering and full-text link retrieval.
            Last updated -
            4
            3
            JavaScript

          • PubMed-MCP-Server

            JackKuo666
            -
            security
            F
            license
            -
            quality
            🔍 Enable AI assistants to search, access, and analyze PubMed articles through a simple MCP interface.
            Last updated -
            7
            Python
            • Apple
            • Linux

          View all related MCP servers

          Appeared in Searches

          New MCP Servers

          ID: 5wlfb8i6bj