remote-capable server

The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.

Integrations

Enables retrieval of publication URLs through DOI (Digital Object Identifier) to access articles that may not be directly available through PubMed
Supports downloading full text for open access articles available directly on PubMed
Provides access to PubMed articles through the Entrez API, allowing users to search the PubMed database, access article abstracts, and download full text for open access articles

MCPシンプルPubMed

Entrez API を通じて PubMed 記事へのアクセスを提供する MCP サーバー。

特徴

キーワードを使用してPubMedデータベースを検索
論文の要約にアクセスする
入手可能な場合は全文をダウンロードしてください（オープンアクセス記事はPubMedで直接入手できます）

このツールはXML形式の全文を返します。ただし、文書の構造に関する追加情報を提供するため、「人間が読める」テキストよりもAIにとってより有用です。少なくとも、Claude 3.5 Sonnet氏はXML形式の方が好ましいと述べています。

なお、このツール、そしておそらく他のツールが論文の全文を表示できないのは、必ずしも論文が利用できないからではないことにご注意ください。このツールをテストしていた際、PubMedに全文が掲載されていない論文に遭遇しました。Claudeが（DOI経由で取得した）fetchを使って論文のURLにアクセスしたところ、「forbidden（アクセス不可）」というエラーが発生しました。しかし、私は通常のブラウザを使って同じページにアクセスできました。

つまり、AI アシスタントがこのツールを使用して論文の全文を取得できない場合は、通常の Web ブラウザで手動で試してみる価値があります。

最後に、このツールでは当然ながら有料論文にアクセスすることはできません。図書館のアクセスを通して、あるいは最後の手段として、公的資金による研究を無料で公開することを目指している特定のサイトを通じて、論文を読むことはできるかもしれません。

インストール

Smithery経由でインストール

Smithery経由で Claude Desktop 用の Simple PubMed を自動的にインストールするには:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

手動インストール

pip install mcp-simple-pubmed

構成

サーバーには次の環境変数が必要です。

PUBMED_EMAIL : あなたのメールアドレス（NCBIで必須）
PUBMED_API_KEY : レート制限を高くするためのオプションの API キー

標準的なレート制限は3リクエスト/秒です。通常の使用シナリオでは、AIがこれ以上のトラフィックを生成する可能性は低いため、レート制限は実装されていません。必要な場合は、10リクエスト/秒のAPIキーを登録できます。詳細はNCBIのページをご覧ください。

Claude Desktopでの使用

Claude Desktop 構成 ( claude_desktop_config.json ) に追加します。

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

（ウィンドウズ）

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

ライセンス

MITライセンス

You must be authenticated.

A

security – no known vulnerabilities

A

license - permissive license

A

quality - confirmed to work

Tools