MCP PRIDE アーカイブ検索サーバー

🧬 MCP PRIDE アーカイブ検索サーバー

このプロジェクトは**、モデルコンテキストプロトコル（MCP）**準拠のAPIサーバーを実装し、プロテオミクスデータの主要リポジトリであるPRIDEアーカイブを検索するためのツールを公開します。これにより、AIモデル（Claudeやその他のMCP互換LLMなど）は、構造化関数呼び出しを使用してプログラム的にプロテオミクスデータセットと対話できるようになります。

🚀 機能

✅ FastMCPを搭載した MCP サーバー
🔍 キーワード、提出日、人気度などでデータセットを照会するための PRIDE アーカイブ検索ツール。
🤖 バイオメディカルおよびプロテオミクス関連の研究のための AI 対応ツール
⚡ http (SSE) とstdio両方の接続モードをサポート
🛠️ 追加ツールで簡単に拡張可能

📦 インストール

リポジトリをクローンし、依存関係をインストールします。

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # or pip install -r requirements.txt

👨‍💻 使用方法

希望する接続タイプ (http または stdio) で MCP サーバーを起動します。

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

コマンドライン引数

口論	説明	デフォルト
--接続タイプ	接続の種類: http または stdio	http
- ポート	サーバーを実行するポート（HTTP モードの場合）	9999

🔧 ツールAPI

検索アーカイブツール(...)

PRIDE アーカイブデータベースからプロテオミクスデータセットを取得します。

次の場合に使用します:

プロテオミクス研究データの検索
質量分析データセットクエリ
生物医学データセットの探索（例：がん関連）
人気のある、または特定のプロテオミクスプロジェクトを見つける

🤝 LLMとの統合

このサーバーは、以下を含むモデルコンテキストプロトコルをサポートする任意の LLM で動作します。

人類学的なクロード
Google ジェミニ
オープンソースのMCPクライアント
カスタムRAGパイプライン

🧠 アーキテクチャの概要

+---------------------+       Tool Calls        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API Server        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE Archive REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+

📝 ライセンス

MITライセンス。詳細はライセンスを参照してください。

This server cannot be installed

security - not tested

license - not tested

quality - not tested

remote-capable server

The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.

構造化関数呼び出しを通じて、AI モデルが PRIDE アーカイブリポジトリからプロテオミクスデータセットをプログラムで検索し、操作できるようにするモデルコンテキストプロトコルサーバー。

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