Servidor de búsqueda de archivos MCP PRIDE

Este proyecto implementa un servidor API compatible con el Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) que expone herramientas para buscar en el Archivo PRIDE , un importante repositorio de datos proteómicos. Permite que los modelos de IA (como Claude u otros LLM compatibles con MCP) interactúen con conjuntos de datos proteómicos mediante programación mediante llamadas a funciones estructuradas.

🚀 Características

✅ Servidor MCP con tecnología FastMCP
🔍Herramienta de búsqueda de archivo PRIDE para consultar conjuntos de datos por palabra clave, fecha de envío, popularidad, etc.
🤖 Herramientas compatibles con IA para investigación biomédica y proteómica
⚡ Admite los modos de conexión http (SSE) y stdio
🛠️ Fácilmente ampliable con herramientas adicionales

📦 Instalación

Clonar el repositorio e instalar las dependencias:

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # or pip install -r requirements.txt

👨‍💻 Uso

Inicie el servidor MCP con su tipo de conexión preferido (http o stdio):

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

Argumentos de la línea de comandos

Argumento	Descripción	Por defecto
--tipo_de_conexión	Tipo de conexión: http o stdio	http
--puerto	Puerto para ejecutar el servidor (para modo HTTP)	9999

🔧 API de herramientas

herramienta_de_búsqueda_en_archivo(...)

Obtiene conjuntos de datos de proteómica de la base de datos PRIDE Archive.

Utilice esto cuando:

Búsqueda de datos de investigación en proteómica
Consultas de conjuntos de datos de espectrometría de masas
Exploración de conjuntos de datos biomédicos (por ejemplo, relacionados con el cáncer)
Encontrar proyectos de proteómica populares o específicos

🤝 Integración con LLM

Este servidor funciona con cualquier LLM que admita el Protocolo de contexto de modelo, incluidos:

Claude antrópico
Google Géminis
Clientes MCP de código abierto
Tuberías RAG personalizadas

🧠 Descripción general de la arquitectura

+---------------------+       Tool Calls        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API Server        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE Archive REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+

📝 Licencia

Licencia MIT. Ver LICENCIA para más detalles.

This server cannot be installed

security - not tested

license - not tested

quality - not tested

remote-capable server

The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.

Un servidor de protocolo de contexto de modelo que permite que los modelos de IA busquen e interactúen programáticamente con conjuntos de datos de proteómica del repositorio PRIDE Archive a través de llamadas de funciones estructuradas.

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