🧬 MCP PRIDE 档案搜索服务器
该项目实现了一个符合**模型上下文协议 (MCP)**的 API 服务器，该服务器公开了用于搜索PRIDE Archive （一个主要的蛋白质组学数据存储库）的工具。它允许 AI 模型（例如 Claude 或其他兼容 MCP 的 LLM）使用结构化函数调用以编程方式与蛋白质组学数据集进行交互。
🚀 功能
- ✅ MCP 服务器由
FastMCP提供支持 - 🔍 PRIDE 档案搜索工具，可通过关键字、提交日期、受欢迎程度等查询数据集。
- 🤖 用于生物医学和蛋白质组学相关研究的 AI 友好型工具
- ⚡ 支持
http (SSE) 和stdio连接模式 - 🛠️ 可通过附加工具轻松扩展
📦安装
克隆 repo 并安装依赖项：
git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install # or pip install -r requirements.txt
👨💻用法
使用您首选的连接类型（http 或 stdio）启动 MCP 服务器：
python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999
命令行参数
| 争论 | 描述 | 默认 |
|---|
| --连接类型 | 连接类型：http 或 stdio | http |
| - 港口 | 运行服务器的端口（用于 HTTP 模式） | 9999 |
🔧 工具 API
搜索存档工具(...)
从 PRIDE 档案数据库中获取蛋白质组学数据集。
在以下情况下使用此方法：
- 搜索蛋白质组学研究数据
- 质谱数据集查询
- 生物医学数据集探索（例如癌症相关）
- 寻找流行或特定的蛋白质组学项目
🤝 与 LLM 的整合
该服务器可与任何支持模型上下文协议的 LLM 配合使用，包括：
- 人类的克劳德
- 谷歌双子座
- 开源 MCP 客户端
- 自定义 RAG 管道
🧠 架构概述
+---------------------+ Tool Calls +-----------------------------+
| Claude / Gemini AI | <--------------------> | MCP PRIDE API Server |
+---------------------+ | - search_archive_tool() |
| - server_status() |
+-----------------------------+
|
v
+---------------------------+
| PRIDE Archive REST API |
| (https://www.ebi.ac.uk |
| /pride/ws/archive/ |
| v3/search/projects) |
+---------------------------+
📝 许可证
MIT 许可证。详情请参阅许可证。