MCP PRIDE 档案搜索服务器

🧬 MCP PRIDE 档案搜索服务器

该项目实现了一个符合**模型上下文协议 (MCP)**的 API 服务器，该服务器公开了用于搜索PRIDE Archive （一个主要的蛋白质组学数据存储库）的工具。它允许 AI 模型（例如 Claude 或其他兼容 MCP 的 LLM）使用结构化函数调用以编程方式与蛋白质组学数据集进行交互。

🚀 功能

✅ MCP 服务器由FastMCP提供支持
🔍 PRIDE 档案搜索工具，可通过关键字、提交日期、受欢迎程度等查询数据集。
🤖 用于生物医学和蛋白质组学相关研究的 AI 友好型工具
⚡ 支持http (SSE) 和stdio连接模式
🛠️ 可通过附加工具轻松扩展

📦安装

克隆 repo 并安装依赖项：

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # or pip install -r requirements.txt

👨‍💻用法

使用您首选的连接类型（http 或 stdio）启动 MCP 服务器：

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

命令行参数

争论	描述	默认
--连接类型	连接类型：http 或 stdio	http
- 港口	运行服务器的端口（用于 HTTP 模式）	9999

🔧 工具 API

搜索存档工具(...)

从 PRIDE 档案数据库中获取蛋白质组学数据集。

在以下情况下使用此方法：

搜索蛋白质组学研究数据
质谱数据集查询
生物医学数据集探索（例如癌症相关）
寻找流行或特定的蛋白质组学项目

🤝 与 LLM 的整合

该服务器可与任何支持模型上下文协议的 LLM 配合使用，包括：

人类的克劳德
谷歌双子座
开源 MCP 客户端
自定义 RAG 管道

🧠 架构概述

+---------------------+       Tool Calls        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API Server        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
                                                | - server_status()           |
                                                +-----------------------------+
                                                           |
                                                           v
                                              +---------------------------+
                                              | PRIDE Archive REST API    |
                                              | (https://www.ebi.ac.uk    |
                                              |   /pride/ws/archive/      |
                                              |  v3/search/projects)      |
                                              +---------------------------+

📝 许可证

MIT 许可证。详情请参阅许可证。

This server cannot be installed

security - not tested

license - not tested

quality - not tested

How are these scores calculated?

remote-capable server

The server can be hosted and run remotely because it primarily relies on remote services or has no dependency on the local environment.

模型上下文协议服务器使 AI 模型能够通过结构化函数调用以编程方式搜索并与 PRIDE 档案库中的蛋白质组学数据集进行交互。

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