PubMed-MCP-サーバー

PubMed MCP サーバー

🔍 AI アシスタントがシンプルな MCP インターフェースを通じて PubMed の記事を検索、アクセス、分析できるようにします。

PubMed MCPサーバーは、モデルコンテキストプロトコル（MCP）を介して、AIアシスタントとPubMedの膨大な生物医学文献リポジトリ間の橋渡しを提供します。これにより、AIモデルは科学論文を検索し、そのメタデータにアクセスし、プログラム的に詳細な分析を実行できるようになります。

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✨ コア機能

🔎 論文検索: キーワードまたは詳細検索で PubMed 論文を検索 ✅
🚀 効率的な検索: 論文のメタデータへの高速アクセス ✅
📊 メタデータアクセス: 特定の論文の詳細なメタデータを取得します ✅
📊 研究支援：生物医学科学の研究と分析を促進する ✅
📄 論文アクセス：PDFコンテンツの全文ダウンロードを試みる ✅
🧠 ディープ分析：論文の包括的な分析を実行します✅
📝 研究プロンプト: 論文分析のための専門的なプロンプトのセット ✅

🚀 クイックスタート

前提条件

Python 3.10以上
FastMCPライブラリ

インストール

Smithery経由でインストール

Smithery経由で Claude Desktop 用の pubmed-mcp-server を自動的にインストールするには:

クロード

npx -y @smithery/cli install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client claude

カーソル

次の内容を「設定」→「カーソル設定」→「MCP」→「新しいサーバーの追加」に貼り付けます。

Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}" 

ウィンドサーフィン

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

Cライン

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"

リポジトリをクローンします。
git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git cd PubMed-MCP-Server
必要な依存関係をインストールします。
pip install -r requirements.txt

📊 使用方法

MCP サーバーを起動します。

python pubmed_server.py

Claude Desktopでの使用

この設定をclaude_desktop_config.jsonに追加します。

（Mac OS）

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows版）:

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Clineと併用

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-pubmed/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/pubmed-mcp-server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

🛠 MCP ツール

PubMed MCP サーバーは次のツールを提供します。

search_pubmed_key_words : キーワードを使用して PubMed の記事を検索します。
search_pubmed_advanced : 複数のパラメータを使用して PubMed の記事の詳細検索を実行します。
get_pubmed_article_metadata : PMID を使用して PubMed 記事のメタデータを取得します。
download_pubmed_pdf : PubMed 記事の全文 PDF をダウンロードします。
deep_paper_analysis : PubMed 記事の包括的な分析を実行します。

論文の検索

次のようなクエリを使用して、AI アシスタントに論文の検索を依頼できます。

Can you search PubMed for recent papers about CRISPR?

論文の詳細を取得する

PMID を取得したら、詳細を問い合わせることができます。

Can you show me the metadata for the paper with PMID 12345678?

論文の分析

論文の詳細な分析をリクエストできます。

Can you perform a deep analysis of the paper with PMID 12345678?

📁 プロジェクト構造

pubmed_server.py : FastMCP を使用したメインの MCP サーバーの実装
pubmed_web_search.py : PubMedを検索し、論文情報を取得するためのロジックが含まれています

🔧 依存関係

Python 3.10以上
ファストMCP
非同期
伐採
リクエスト
美しいスープ4

🤝 貢献する

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

📄 ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています。

⚠️免責事項

このツールは研究目的のみにご使用ください。PubMedの利用規約を遵守し、責任を持ってご利用ください。

This server cannot be installed

security - not tested

license - permissive license

quality - not tested

How are these scores calculated?

hybrid server

The server is able to function both locally and remotely, depending on the configuration or use case.

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