Which integrations are available for this server?

Supports export of search results in BibTeX format, enabling direct use in LaTeX documents for academic writing and citation management. Provides tools for searching, retrieving details, extracting key information, cross-referencing, batch querying, and downloading full-text articles from the PubMed database, enabling efficient literature research and fact-checking. Supports export of search results in RIS format compatible with Zotero, allowing seamless integration with reference management software.

How do I use mcp-pubmed-server?

1. Click on "Install Server". 2. Wait a few minutes for the server to deploy. Once ready, it will show a "Started" state. 3. In the chat, type @ followed by the MCP server name and your instructions, e.g., "@mcp-pubmed-server search for recent articles on CRISPR gene therapy" That's it! The server will respond to your query, and you can continue using it as needed. Here is a step-by-step guide with screenshots.

mcp-pubmed-server

by hhx465453939

Overview Schema Related Servers Score Discussions

JavaScript

Remote

██████╗ ██╗   ██╗██████╗ ███╗   ███╗███████╗██████╗     ██████╗  █████╗ ████████╗ █████╗ 
██╔══██╗██║   ██║██╔══██╗████╗ ████║██╔════╝██╔══██╗   ██╔════╝ ██╔══██╗╚══██╔══╝██╔══██╗
██████╔╝██║   ██║██████╔╝██╔████╔██║█████╗  ██║  ██║   ██║  ███╗███████║   ██║   ███████║
██╔═══╝ ██║   ██║██╔══██╗██║╚██╔╝██║██╔══╝  ██║  ██║   ██║   ██║██╔══██║   ██║   ██╔══██║
██║     ╚██████╔╝██████╔╝██║ ╚═╝ ██║███████╗██████╔╝   ╚██████╔╝██║  ██║   ██║   ██║  ██║
╚═╝      ╚═════╝ ╚═════╝ ╚═╝     ╚═╝╚══════╝╚═════╝     ╚═════╝ ╚═╝  ╚═╝   ╚═╝   ╚═╝  ╚═╝

License: Apache 2.0 Version: v2.0 MCP Compatible PubMed API EndNote Export

🧬 PubMed Data Server v2.0

🔬 极简架构，专注数据提供 - 为LLM提供结构化的PubMed文献数据

🎯 核心功能

四大核心功能，满足学术研究的全方位需求

📚 论文索引搜索 - 智能文献检索

关键词搜索：支持复杂查询语法，精准定位相关文献
批量查询：一次获取多篇论文的详细信息
交叉引用：发现相关研究，构建知识网络
事实核查：验证研究结论，提供证据支持

💾 智能缓存系统 - 高效数据管理

本地缓存：避免重复API调用，提升响应速度
缓存统计：实时监控缓存状态和存储使用情况
智能更新：自动检测数据变化，保持缓存新鲜度
存储优化：压缩存储，节省磁盘空间

📄 OA论文全文下载 - 开放获取文献获取

全文检测：自动识别可下载的开放获取论文
智能下载：模拟人类行为，避免被反爬虫机制拦截
批量处理：支持大量论文的批量下载和管理
格式支持：PDF格式，便于阅读和引用

📋 EndNote格式导出 - 文献管理集成

RIS格式：兼容EndNote、Zotero等主流文献管理软件
BibTeX格式：支持LaTeX写作和学术引用
自动导出：查询结果自动生成引用文件
批量处理：支持大量文献的批量导出

🌐 代理支持 - 网络环境适配

代理开关控制：通过 PROXY_ENABLED 环境变量控制代理功能
HTTP/HTTPS代理：支持企业网络和防火墙环境
认证代理：支持用户名密码认证的代理服务器
自动检测：智能识别代理配置，无缝切换
故障恢复：代理失败时自动降级到直连模式
超时重试：可配置代理超时时间和重试次数

🎯 核心理念

MCP服务器 = 数据提供者，外部LLM = 智能分析

用户客户端(LLM) ←→ MCP服务器(PubMed数据) ←→ PubMed API
     ↑                      ↑
  智能分析              数据获取+结构化

核心优势：

✅ 极简配置：只需PubMed API和邮箱
✅ LLM友好：结构化输出，优化上下文窗口
✅ 高效检索：批量查询、交叉引用、事实核查

🚀 快速部署

前置要求

安装Node.js (v18.0.0+)：nodejs.org

步骤一：下载项目

git clone [项目地址] mcp-pubmed-server
cd mcp-pubmed-server

步骤二：安装依赖

npm install

步骤三：配置API密钥

cp .env.example .env
# 编辑.env文件，填入以下内容：

PUBMED_API_KEY=你的NCBI_API密钥
PUBMED_EMAIL=你的邮箱地址

获取API密钥：

访问 NCBI API Key Management
登录NCBI账户，生成API密钥

步骤四：测试服务器

node src/index.js
# 看到 "PubMed Data Server v2.0 running on stdio" 表示成功

环境变量说明：项目已内置 .env 自动加载（使用 dotenv）。在项目根目录创建 .env，例如：

PUBMED_API_KEY=你的NCBI_API密钥
PUBMED_EMAIL=你的邮箱地址
# 摘要截断模式：quick | deep
# quick：1500 字符（快速检索，可能不包含完整摘要）
# deep：6000 字符（深度检索；建议模型上下文窗口 ≥ 120k tokens）
ABSTRACT_MODE=quick
# 全文模式：disabled | enabled | auto
# disabled：禁用全文功能（默认）
# enabled：启用全文检测，手动下载
# auto：启用全文检测，自动下载可用的OA论文
FULLTEXT_MODE=disabled
# EndNote导出：enabled | disabled
# enabled：自动导出RIS和BibTeX格式（默认）
# disabled：禁用EndNote导出
ENDNOTE_EXPORT=enabled
# 代理配置（可选）
# 代理开关：enabled | disabled
PROXY_ENABLED=disabled
# HTTP代理：用于HTTP和HTTPS请求
HTTP_PROXY=http://proxy.example.com:8080
# HTTPS代理：专门用于HTTPS请求
HTTPS_PROXY=https://proxy.example.com:8080
# 支持认证代理：http://username:password@proxy.example.com:8080
# 代理认证（可选）
PROXY_USERNAME=
PROXY_PASSWORD=
# 代理超时设置（秒）
PROXY_TIMEOUT=30
# 代理重试次数
PROXY_RETRY_COUNT=3

步骤五：MCP客户端配置

1. Cline (VS Code Extension) 配置

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "node",
      "args": ["./src/index.js"],
      "cwd": "完整路径/to/mcp-pubmed-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled",
        "PROXY_ENABLED": "disabled",
        "HTTP_PROXY": "",
        "HTTPS_PROXY": ""
      }
    }
  }
}

路径示例：

Linux/macOS: /home/user/mcp-pubmed-server
Windows: C:/Users/YourUser/mcp-pubmed-server

2. Cherry Studio (Windows) 配置

{
  "mcpServers": {
    "VBFfGqCFz9AuZJXX2f5GL": {
      "name": "pubmed-data-server",
      "type": "stdio",
      "isActive": true,
      "command": "node",
      "args": [
        "Y:/software/mcp-pubmed-server/src/index.js"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled",
        "PROXY_ENABLED": "disabled",
        "HTTP_PROXY": "",
        "HTTPS_PROXY": ""
      }
    }
  }
}

Windows 网络映射配置说明：

Y:/ - Samba 网络驱动器映射路径
也可以使用本地路径如 C:/mcp-pubmed-server/src/index.js
注意: Cherry Studio 不支持 cwd 参数

3. Claude Desktop 配置

编辑 ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json (macOS) 或 %APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json (Windows):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/mnt/1T/software/mcp-pubmed-server/src/index.js"],
      "cwd": "/mnt/1T/software/mcp-pubmed-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled",
        "PROXY_ENABLED": "disabled",
        "HTTP_PROXY": "",
        "HTTPS_PROXY": ""
      }
    }
  }
}

或使用项目内置模板：

cp config/claude_desktop_config.json.example config/claude_desktop_config.json
# 编辑配置文件，填入API密钥

4. Claude Code (CLI) 配置

编辑 ~/.claude/config.json:

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-data-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/mnt/1T/software/mcp-pubmed-server/src/index.js"],
      "cwd": "/mnt/1T/software/mcp-pubmed-server",
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱地址",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled",
        "PROXY_ENABLED": "disabled",
        "HTTP_PROXY": "",
        "HTTPS_PROXY": ""
      }
    }
  }
}

步骤六：验证集成

在客户端中测试：使用pubmed_search工具搜索"acupuncture"

🛠️ 11个高效工具

1. `pubmed_search` - 智能文献搜索

{
  "query": "acupuncture gut microbiome",
  "max_results": 20,
  "days_back": 30,
  "sort_by": "relevance"
}

2. `pubmed_get_details` - 详细信息获取

{
  "pmids": ["38412345", "38412346"],
  "include_full_text": true
}

3. `pubmed_extract_key_info` - 关键信息提取

{
  "pmid": "38412345",
  "extract_sections": ["basic_info", "abstract_summary", "authors", "keywords"],
  "max_abstract_length": 2000
}

4. `pubmed_cross_reference` - 交叉引用分析

{
  "pmid": "38412345",
  "reference_type": "similar",
  "max_results": 10
}

5. `pubmed_batch_query` - 批量查询优化

{
  "pmids": ["38412345", "38412346", "38412347"],
  "query_format": "llm_optimized",
  "include_abstracts": true
}

6. `pubmed_detect_fulltext` - 检测全文可用性

{
  "pmid": "38412345",
  "auto_download": false
}

7. `pubmed_download_fulltext` - 下载全文PDF

{
  "pmid": "38412345",
  "force_download": false
}

8. `pubmed_fulltext_status` - 全文缓存管理

{
  "action": "stats",
  "pmid": "38412345"
}

9. `pubmed_batch_download` - 批量智能下载

{
  "pmids": ["38412345", "38412346", "38412347"],
  "human_like": true
}

10. `pubmed_system_check` - 系统环境检测

{}

11. `pubmed_endnote_status` - EndNote导出管理

{
  "action": "stats"
}

🏗️ 架构特色

📊 LLM优化输出

简洁格式：标题、作者、期刊、日期
详细格式：完整元数据+结构化摘要
LLM优化格式：智能截断、关键点提取、关键词组织

🧠 上下文窗口管理

摘要截断模式（通过环境变量配置）：
- QUICK 模式：1500 字符，快速检索，可能不包含完整摘要
- DEEP 模式：6000 字符，深度检索；建议模型上下文窗口 ≥ 120k tokens（批量查询时更稳妥）
关键点提取（5个要点）
结构化信息分层

🔍 事实核查支持

交叉引用相关文献
相似研究对比
综述文献查找

⚡ 性能优化

速率限制管理（PubMed API限制）
批量查询优化（最多20个PMID）
错误重试机制

📝 使用场景

🔬 学术研究辅助

用户：我想了解针灸治疗肠易激综合征的最新研究
LLM → pubmed_search → 获取数据 → 智能分析和总结

✅ 事实核查

用户：这篇论文说某种化合物能治疗癌症，是真的吗？
LLM → pubmed_get_details → pubmed_cross_reference → 核查相关研究

📈 文献综述

用户：帮我分析某个领域的研究趋势
LLM → 批量查询 → 趋势分析 → 研究方向建议

💡 生物学问答

用户：某个蛋白质的功能是什么？
LLM → pubmed_search → pubmed_extract_key_info → 精准回答

📁 项目结构

mcp-pubmed-server/
├── src/
│   └── index.js              # 主服务器代码
├── config/
│   ├── mcp-config.json       # MCP配置模板
│   └── claude_desktop_config.json  # Claude Desktop配置
├── .env.example              # 环境变量模板
├── package.json              # 项目依赖配置
└── README.md                 # 本文件

🔍 故障排除

常见问题

"找不到模块 @modelcontextprotocol/sdk"
```
npm install
```
"PubMed API调用失败"
- 检查API密钥是否正确
- 确认网络连接正常
- 等待速率限制重置
"环境变量未设置"
- 确保 .env 文件存在
- 检查变量名拼写
Cherry Studio配置错误
- 使用完整路径到 src/index.js
- 不要使用 cwd 参数
- 使用正斜杠 / 或双反斜杠 \\
代理连接问题
- 检查 PROXY_ENABLED 是否设置为 enabled
- 检查代理服务器地址和端口是否正确
- 确认代理服务器支持HTTPS连接
- 验证代理认证信息（如需要）
- 格式：http://username:password@proxy.example.com:8080
- 检查代理超时设置是否合理（默认30秒）
- 确认代理重试次数设置（默认3次）

部署清单

Node.js已安装
依赖已安装 (npm install)
.env 文件已配置
服务器可正常启动
MCP客户端配置正确

📄 许可证

Apache License 2.0

📚 详细文档

全文模式与智能下载系统完整指南 - 完整的全文模式和跨平台智能下载使用指南
EndNote导出功能使用指南 - EndNote兼容格式自动导出功能
配置说明文档 - 环境变量和MCP客户端配置指南
项目结构说明 - Cursor规则和项目架构说明

🧪 测试工具

代理功能测试

# 测试代理配置和连接
node test-proxy.js

该脚本会：

检查代理环境变量配置
测试代理连接是否正常
验证PubMed API是否可通过代理访问
提供详细的配置指导

🎉 简单、高效、专注 - 现代MCP服务标准

版本 2.0 - 简化架构，专注数据提供

This server cannot be installed

license - permissive license

quality - not tested

maintenance

How are these scores calculated?

Maintenance

–Maintainers

–Response time

0dRelease cycle

2Releases (12mo)

Resources

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Looking for Admin?

If you are the server author, to access and configure the admin panel.

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curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/hhx465453939/mcp-pubmed-server'

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