AACT臨床試験MCPサーバー

概要

FastMCPフレームワークを用いてAACT（ClinicalTrials.govの集約分析）データベースへのアクセスを提供するモデルコンテキストプロトコル（MCP）サーバー実装。このサーバーにより、AIアシスタントはClinicalTrials.govデータベースから臨床試験データを直接照会できます。

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特徴

ツール

• list_tables

  • AACTデータベースで利用可能なすべてのテーブルの概要を取得します

  • 分析前にデータベース構造を理解するのに役立ちます

• describe_table

  • 特定のAACTテーブルの詳細な構造を調べる

  • 列名とデータ型を表示します

  • 例: {"table_name": "studies"}

• read_query

  • AACT臨床試験データベースでSELECTクエリを実行する

  • 検証を使用してSQLクエリを安全に処理する

  • 例: {"query": "SELECT nct_id, brief_title FROM ctgov.studies LIMIT 5"}

• append_insight

  • 分析中に発見された主要な発見事項と洞察を記録する

  • 分析的な物語を構築するのに役立ちます

  • 例: {"finding": "Phase 3 oncology trials have increased by 15% over the last 5 years"}

リソース

• schema://database

  • データベーススキーマをJSONリソースとして返します

• memo://insights

  • セッション中に収集された洞察のフォーマットされたメモを返します

構成

必要な環境変数

• DB_USER : AACTデータベースのユーザー名

• DB_PASSWORD : AACTデータベースのパスワード

セマンティックカーネルでの使用

from semantic_kernel import Kernel
from semantic_kernel.connectors.mcp import MCPStdioPlugin

# Create an AACT Clinical Trials MCP plugin
aact_mcp = MCPStdioPlugin(
    name="aact",
    description="Clinical Trials Database Plugin",
    command="uvx",
    args=["mcp-server-aact"],
    env={
        "DB_USER": "your_aact_username", 
        "DB_PASSWORD": "your_aact_password"
    }
)

# Add to Semantic Kernel
kernel = Kernel()
kernel.add_plugin(aact_mcp)

プロンプトの例

このプラグインで使用するプロンプトの例を次に示します。

1. 「乳がんの臨床試験で最も一般的な介入の種類は何ですか？」

2. 「2023年に完了した第3相臨床試験の数はいくつですか？」

3. 「各国の糖尿病試験の登録統計を表示してください」

4. 「過去 5 年間に腫瘍学の試験結果が報告された割合はどのくらいですか?」

実装の詳細

このサーバーは以下を使用して構築されています:

• モデルコンテキストプロトコル実装のためのFastMCP

• PostgreSQL データベース接続用の Python psycopg2

• ClinicalTrials.gov 情報のデータソースとしての AACT データベース

ライセンス

MITライセンス

貢献

貢献を歓迎します！ご協力をお願いします:

• GitHubで問題を開く

• ディスカッションを始める

• メールアドレス: jonas.walheim@navis-bio.com

謝辞

このプロジェクトは、以下のコードからインスピレーションを受け、当初は以下のコードに基づいて作成されました。

• SQLite MCP サーバー

• DuckDB MCP サーバー

• オープンデータMCP

私たちに道を示してくれたこれらの素晴らしいプロジェクトに感謝します！🙌