Nextflow 开发者工具 MCP

使用 FastMCP 构建的专为 Nextflow 开发和测试设计的模型上下文协议 (MCP) 服务器。

[!WARNING] 此 MCP 旨在开发 Nextflow 本身，而不是用于编写 Nextflow 管道。

概述

该 MCP 为 Nextflow 开发提供了一套工具，包括：

• 从源代码构建 Nextflow

• 运行测试（集成测试、特定测试、插件测试）

• 运行 Nextflow 的开发版本

• 管理 Nextflow 开发目录

• 访问 Nextflow 文档

Related MCP server: AMEVA MCP Toolkit

安装

先决条件

• 克劳德桌面应用程序

• Python 3.8+ 及 pip

• Nextflow 的 Git 存储库（本地克隆）

使用 FastMCP 安装以在 Claude Desktop 中使用

1. 安装 FastMCP CLI 工具：

pip install fastmcp

2. 克隆此存储库：

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

3. 在 Claude Desktop 中安装 MCP：

fastmcp install mcp-nextflow.py

这将使 MCP 在 Claude Desktop 应用程序中可用。

使用 FastMCP 安装以在 Cursor 中使用

1. 获取包含 FastMCP CLI 工具的虚拟环境路径。如果您使用的是uv则该路径位于.venv目录中。

2. 获取 Nextflow 克隆存储库的目录。

3. 将以下 json 添加到游标 MCP 服务器：

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

然后，您应该能够在 Cursor 中使用 MCP。在 Agentic 模式下，要求代理“测试 nf-amazon 插件”，它应该会运行make test module=plugins:nf-amazon 。

设置环境变量

您可以在安装期间指定 Nextflow 目录：

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

与 Claude 一起使用

安装完成后，您可以通过 Claude Desktop 应用程序访问 MCP：

1. 打开 Claude 桌面

2. 点击Claude界面中的工具菜单按钮

3. 从已安装的 MCP 列表中选择Nextflow 开发者工具

与游标一起使用

Cursor是一款与 Claude 配合使用的 AI 代码编辑器。要将 MCP 与 Cursor 配合使用：

1. 确保已按照上述说明安装 MCP

2. 在 Cursor 中打开您的 Nextflow 项目

3. 在与 Cursor 中的 Claude 聊天时，您可以参考 MCP：

   Using the Nextflow Developer Tools, run the integration tests for the nf-amazon plugin