Herramientas para desarrolladores de Nextflow MCP

Un servidor de Protocolo de Contexto de Modelo (MCP) diseñado para el desarrollo y pruebas de Nextflow, creado con FastMCP.

[!ADVERTENCIA] Este MCP está diseñado para desarrollar Nextflow en sí, no para escribir pipelines de Nextflow.

Descripción general

Este MCP proporciona un conjunto de herramientas para el desarrollo de Nextflow, que incluye:

• Construyendo Nextflow desde la fuente

• Ejecución de pruebas (pruebas de integración, pruebas específicas, pruebas de complementos)

• Ejecución de la versión de desarrollo de Nextflow

• Administrar el directorio de desarrollo de Nextflow

• Acceder a la documentación de Nextflow

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Instalación

Prerrequisitos

• Aplicación de escritorio Claude

• Python 3.8+ con pip

• Repositorio Git de Nextflow (clonado localmente)

Instalación con FastMCP para usar en Claude Desktop

1. Instalar la herramienta CLI FastMCP:

pip install fastmcp

2. Clonar este repositorio:

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

3. Instalar el MCP en Claude Desktop:

fastmcp install mcp-nextflow.py

Esto hará que el MCP esté disponible en la aplicación Claude Desktop.

Instalación con FastMCP para usar en Cursor

1. Obtenga la ruta del entorno virtual que incluye la herramienta CLI de FastMCP. Si usa uv , estará en el directorio .venv .

2. Obtenga el directorio de su repositorio clonado de Nextflow.

3. Agregue el siguiente json a los servidores MCP del cursor:

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

Luego, debería poder usar el MCP en Cursor. En modo Agentic, pídale al agente que pruebe el complemento nf-amazon y debería ejecutar make test module=plugins:nf-amazon .

Configuración de variables de entorno

Puede especificar el directorio de Nextflow durante la instalación:

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

Usando con Claude

Una vez instalado, puedes acceder al MCP en la aplicación Claude Desktop:

1. Abra Claude Desktop

2. Haga clic en el botón del menú Herramientas en la interfaz de Claude

3. Seleccione Nextflow Developer Tools de la lista de MCP instalados

Uso con cursor

Cursor es un editor de código con IA que funciona con Claude. Para usar el MCP con Cursor:

1. Asegúrese de haber instalado el MCP como se describe arriba

2. Abra su proyecto Nextflow en Cursor

3. En un chat con Claude en Cursor, puedes hacer referencia al MCP:

   Using the Nextflow Developer Tools, run the integration tests for the nf-amazon plugin