Nextflow 開発者ツール MCP

Nextflow の開発とテスト用に設計され、FastMCP を使用して構築された Model Context Protocol (MCP) サーバー。

[!警告] この MCP は、Nextflow パイプラインの作成用ではなく、Nextflow 自体の開発用に設計されています。

概要

この MCP は、次のような Nextflow 開発用のツール スイートを提供します。

• ソースからNextflowを構築する

• テストの実行（統合テスト、特定のテスト、プラグインテスト）

• Nextflowの開発バージョンを実行する

• Nextflow開発ディレクトリの管理

• Nextflowドキュメントへのアクセス

Related MCP server: MCP Server Demo

インストール

前提条件

• クロードデスクトップアプリ

• Python 3.8+（pip付き）

• Nextflow の Git リポジトリ (ローカルにクローン)

Claude Desktopで使用するためにFastMCPでインストールする

1. FastMCP CLI ツールをインストールします。

pip install fastmcp

2. このリポジトリをクローンします:

git clone https://github.com/yourusername/nextflow-dev-mcp.git
cd nextflow-dev-mcp

3. Claude Desktop に MCP をインストールします。

fastmcp install mcp-nextflow.py

これにより、MCP が Claude デスクトップ アプリで利用できるようになります。

カーソルで使用するためにFastMCPでインストールする

1. FastMCP CLIツールを含む仮想環境のパスを取得します。uv uv使用している場合は、 .venvディレクトリにあります。

2. Nextflow のクローンリポジトリのディレクトリを取得します。

3. 次の json をカーソル MCP サーバーに追加します。

{
    "mcpServers": {
        "server-name": {
            "command": "/path/to/your/.venv/bin/python",
            "args": [
                "/path/to/your/mcp-nextflow/mcp-nextflow.py"
            ],
            "env": {
                "NEXTFLOW_DIR": "/path/to/your/nextflow"
            }
        }
    }
}

これで、Cursor で MCP が使用できるようになります。Agentic モードでエージェントに「nf-amazon プラグインをテストする」ように指示すると、 make test module=plugins:nf-amazonが実行されるはずです。

環境変数の設定

インストール時に Nextflow ディレクトリを指定できます。

NEXTFLOW_DIR=/path/to/your/nextflow fastmcp install mcp-nextflow.py

クロードと一緒に使う

インストールが完了すると、Claude デスクトップ アプリで MCP にアクセスできるようになります。

1. クロードデスクトップを開く

2. Claudeインターフェースのツールメニューボタンをクリックします

3. インストールされているMCPのリストからNextflow開発者ツールを選択します。

カーソルの使用

CursorはClaudeと連携するAI搭載コードエディタです。CursorでMCPを使用するには、以下の手順に従ってください。

1. 上記の説明に従ってMCPがインストールされていることを確認してください

2. カーソルでNextflowプロジェクトを開きます

3. Cursor での Claude とのチャットでは、MCP を参照できます。

   Using the Nextflow Developer Tools, run the integration tests for the nf-amazon plugin