Bio-OS MCP Server
Server Configuration
Describes the environment variables required to run the server.
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| PYTHONPATH | Yes | Path to the bioos-mcp-server/src directory | |
| MIRACLE_ACCESS_KEY | Yes | Your Miracle Cloud access key | |
| MIRACLE_SECRET_KEY | Yes | Your Miracle Cloud secret key |
Capabilities
Features and capabilities supported by this server
| Capability | Details |
|---|---|
| tools | {
"listChanged": false
} |
| prompts | {
"listChanged": false
} |
| resources | {
"subscribe": false,
"listChanged": false
} |
| experimental | {} |
Tools
Functions exposed to the LLM to take actions
| Name | Description |
|---|---|
| validate_wdlB | 验证 WDL 文件的语法正确性 |
| list_workspaceC | 列出当前登录环境的工作空间名称与描述 |
| import_workflowC | 该工具用于将 WDL 工作流上传到 Bio‑OS，支持上传单个文件或整个目录。 |
| generate_inputs_json_template_bioosC | Bio-OS 上已导入 workflow 的 inputs.json 查询，并生成符合的输入参数模板 |
| compose_input_jsonC | 根据用户给的数值生成input.json |
| validate_workflow_input_jsonC | 验证工作流输入 JSON 文件 |
| submit_workflowC | 提交并监控 Bio-OS 工作流 |
| check_workflow_run_statusC | 查询工作流运行状态 |
| check_workflow_import_statusC | 查询工作流导入状态 |
| get_workflow_logsD | 获取工作流执行日志 |
| delete_submissionC | Bio-OS 删除工作流提交 |
| create_workspace_bioosC | Bio-OS 创建新工作空间 |
| export_bioos_workspaceD | Bio-OS 导出工作空间元信息 |
| create_iesappC | 在指定的workspace中新建一个 IES 实例，用户可在该 IES 实例上进行分析 |
| check_ies_statusC | 查看指定workspace中的指定IES 实例的创建状态 |
| get_ies_eventsB | 查看指定workspace中的指定IES实例的创建日志 |
| upload_dashboard_fileB | 上传__dashboard__.md文件到指定工作空间的S3桶 |
| search_dockstoreD | 在Dockstore中检索工作流 |
| fetch_wdl_from_dockstoreC | 从Dockstore下载工作流 |
| get_docker_image_urlC | 获取 Docker 镜像的完整 URL |
| build_docker_imageD | 构建 Docker 镜像 |
| check_build_statusB | 检查 Docker 镜像构建状态 |
Prompts
Interactive templates invoked by user choice
| Name | Description |
|---|---|
No prompts | |
Resources
Contextual data attached and managed by the client
| Name | Description |
|---|---|
No resources | |
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