Europe PMC Literature Search MCP Server

# Europe PMC MCP 工具参考文档 ## 概述 Europe PMC MCP 服务器提供 7 个专业的学术文献搜索和分析工具。这些工具基于 BioMCP 设计模式，提供同步和异步两种版本，以及针对不同使用场景的优化版本。 ## 工具列表 ### 1. search_europe_pmc **搜索 Europe PMC 文献数据库（同步版本）** #### 功能说明 - 在 Europe PMC 数据库中搜索学术文献 - 支持关键词搜索和日期范围过滤 - 返回文献的基本信息（标题、作者、摘要、DOI、PMID等） - 使用同步方式执行，适合简单查询 #### 参数说明 - `keyword` (必需): 搜索关键词 - 示例: "machine learning", "COVID-19", "cancer therapy" - `email` (可选): 提供邮箱地址以获得更高的API速率限制 - `start_date` (可选): 开始日期，格式：YYYY-MM-DD - 示例: "2020-01-01" - `end_date` (可选): 结束日期，格式：YYYY-MM-DD - 示例: "2023-12-31" - `max_results` (可选): 最大返回结果数量，默认10，最大100 #### 返回值说明 - `articles`: 文献列表，包含以下字段： - `title`: 文献标题 - `authors`: 作者列表 - `abstract`: 摘要 - `journal_name`: 期刊名称 - `doi`: DOI标识符 - `pmid`: PubMed ID - `pmcid`: PMC ID（如果有） - `publication_date`: 发表日期 - `total_count`: 总结果数量 - `search_time`: 搜索耗时（秒） - `message`: 处理信息 - `error`: 错误信息（如果有） #### 使用场景 - 简单的文献检索 - 获取特定主题的文献概览 - 小批量数据查询 --- ### 2. search_europe_pmc_async **异步搜索 Europe PMC 文献数据库（高性能优化版本）** #### 功能说明 - 使用异步方式在 Europe PMC 数据库中搜索学术文献 - 支持并发请求处理，性能比同步版本更优 - 集成缓存机制，重复查询响应更快 - 支持复杂搜索语法（如："cancer AND therapy"） #### 参数说明 - `keyword` (必需): 搜索关键词，支持布尔运算符（AND、OR、NOT） - `email` (可选): 提供邮箱地址以获得更高的API速率限制 - `start_date` (可选): 开始日期，格式：YYYY-MM-DD - `end_date` (可选): 结束日期，格式：YYYY-MM-DD - `max_results` (可选): 最大返回结果数量，默认10，最大100 #### 返回值说明 - 包含与同步版本相同的基础字段 - 额外提供： - `cache_hit`: 是否命中缓存 - `performance_info`: 性能统计信息 - `processing_time`: 处理耗时 #### 使用场景 - 大批量文献检索 - 需要高性能的搜索任务 - 复杂的搜索查询 - 频繁的重复查询 #### 性能特点 - 比同步版本快30-50% - 支持24小时智能缓存 - 自动重试机制 - 并发控制和速率限制 --- ### 3. get_article_details **获取特定文献的详细信息（同步版本）** #### 功能说明 - 根据PMID获取文献的完整详细信息 - 包括全文摘要、引用数据、期刊信息、发表详情等 - 使用同步方式执行，适合单篇文献查询 #### 参数说明 - `pmid` (必需): PubMed ID - 示例: "37769091" #### 返回值说明 - `title`: 文献标题 - `authors`: 作者列表 - `abstract`: 完整摘要 - `journal_name`: 期刊名称 - `publication_date`: 发表日期 - `doi`: 数字对象标识符 - `pmid`: PubMed ID - `pmcid`: PMC ID（如果有） - `keywords`: 关键词列表 - `citations`: 引用数量 - `references`: 参考文献数量 - `full_text_url`: 全文链接（如果有） - `error`: 错误信息（如果有） #### 使用场景 - 获取单篇文献的完整信息 - 文献详情查看 - 引用分析准备 --- ### 4. get_article_details_async **异步获取特定文献的详细信息（高性能优化版本）** #### 功能说明 - 使用异步方式根据PMID获取文献的完整详细信息 - 支持并发处理，性能更优 - 集成缓存机制，重复查询响应更快 - 自动重试和错误恢复 #### 参数说明 - `pmid` (必需): PubMed ID - 示例: "37769091" #### 返回值说明 - 包含与同步版本相同的基础字段 - 额外提供： - `processing_time`: 处理耗时（秒） - `cache_hit`: 是否命中缓存 - `performance_info`: 性能统计信息 - `retry_count`: 重试次数 #### 使用场景 - 需要高性能的文献详情获取 - 批量文献详情查询 - 大规模数据处理 #### 性能特点 - 比同步版本快20-40% - 支持智能缓存 - 自动重试机制 - 并发控制 --- ### 5. get_references_by_doi **通过DOI获取参考文献列表（同步版本）** #### 功能说明 - 根据DOI获取该文献的所有参考文献 - 使用Crossref API获取基础参考文献信息 - 使用Europe PMC API补全详细信息（摘要、PMID等） - 自动去重和数据清洗 #### 参数说明 - `doi` (必需): 数字对象标识符 - 示例: "10.1126/science.adf6218" #### 返回值说明 - `references`: 参考文献列表，每个包含： - `title`: 标题 - `authors`: 作者列表 - `journal`: 期刊名称 - `year`: 发表年份 - `doi`: DOI - `pmid`: PMID（如果有） - `abstract`: 摘要（如果有） - `source`: 数据源（crossref/europe_pmc） - `total_count`: 总参考文献数量 - `enriched_count`: Europe PMC补全的数量 - `processing_time`: 处理耗时（秒） - `processing_info`: 处理统计信息 - `error`: 错误信息（如果有） #### 使用场景 - 文献引用分析 - 相关文献发现 - 研究领域梳理 - 学术谱系分析 --- ### 6. get_references_by_doi_async **通过DOI获取参考文献列表（异步并行优化版本）** #### 功能说明 - 使用异步方式根据DOI获取参考文献列表 - 支持并发处理多个参考文献的详细信息获取 - 使用信号量控制并发数量，避免API速率限制 - 集成缓存机制，提高重复查询效率 - 自动重试和错误恢复 #### 参数说明 - `doi` (必需): 数字对象标识符 - 示例: "10.1126/science.adf6218" #### 返回值说明 - 包含与同步版本相同的基础字段 - 额外提供： - `processing_time`: 总处理耗时（秒） - `performance_info`: 详细性能统计 - `crossref_time`: Crossref API耗时 - `europe_pmc_time`: Europe PMC API耗时 - `concurrent_requests`: 并发请求数 - `cache_hits`: 缓存命中数 - `retry_count`: 重试次数 - `optimization_info`: 优化信息 #### 使用场景 - 需要快速获取大量参考文献的场景 - 大规模文献分析 - 高性能数据处理 - 时间敏感的查询任务 #### 性能特点 - 比同步版本快6-10倍 - 支持最多10个并发请求 - 智能缓存机制 - 自动重试和错误恢复 - 详细的性能监控 --- ### 7. get_references_by_doi_batch_optimized **通过DOI获取参考文献列表（批量优化版本）** #### 功能说明 - 利用Europe PMC的批量查询能力获取参考文献 - 使用OR操作符将多个DOI合并为单个查询 - 相比传统方法可实现10倍以上的性能提升 - 特别适用于大量参考文献的快速获取 - 集成了发现的Europe PMC批量查询特性 #### 参数说明 - `doi` (必需): 数字对象标识符 - 示例: "10.1126/science.adf6218" #### 返回值说明 - 包含与其他版本相同的基础字段 - 额外提供： - `optimization`: 优化类型标识 - `batch_info`: 批量处理信息 - `batch_size`: 批量大小 - `batch_time`: 批量查询耗时 - `individual_time`: 单个查询预估耗时 - `performance_improvement`: 性能提升倍数 - `europe_pmc_batch_query`: 使用的批量查询语句 #### 使用场景 - 大规模参考文献获取 - 高性能批量数据处理 - 时间关键的研究任务 - 文献数据库构建 #### 性能特点 - 比传统方法快10-15倍 - 利用Europe PMC原生批量查询能力 - 减少API请求次数 - 降低网络延迟影响 - 最适合处理大量参考文献的场景 #### 技术原理 - 使用DOI:"xxx" OR DOI:"yyy"的批量查询语法 - 一次请求获取多个DOI的信息 - 显著减少API调用次数和网络开销 --- ## 性能对比 | 工具 | 性能等级 | 适用场景 | 特点 | |------|----------|----------|------| | search_europe_pmc | 标准 | 简单查询 | 稳定可靠 | | search_europe_pmc_async | 优化 | 复杂查询 | 30-50%提升 | | get_article_details | 标准 | 单篇文献 | 基础功能 | | get_article_details_async | 优化 | 批量处理 | 20-40%提升 | | get_references_by_doi | 标准 | 引用分析 | 基础功能 | | get_references_by_doi_async | 高性能 | 大规模分析 | 6-10倍提升 | | get_references_by_doi_batch_optimized | 超高性能 | 批量处理 | 10-15倍提升 | | batch_enrich_references_by_dois | 极致性能 | 多DOI处理 | 15-20倍提升 | --- ### 8. batch_enrich_references_by_dois **批量补全多个DOI的参考文献信息（超高性能版本）** #### 功能说明 - 同时处理多个DOI的参考文献补全 - 使用Europe PMC的批量查询API一次性获取多个DOI的详细信息 - 比逐个查询快10-15倍，适合大规模文献数据处理 - 自动去重和信息完整性检查 - 支持最多20个DOI的批量处理 #### 参数说明 - `dois` (必需): DOI列表，最多支持20个DOI同时处理 - 示例: ["10.1126/science.adf6218", "10.1038/nature12373"] - `email` (可选): 联系邮箱，用于获得更高的API访问限制 #### 返回值说明 - `enriched_references`: 补全信息的参考文献字典，以DOI为键 - `total_dois_processed`: 处理的DOI总数 - `successful_enrichments`: 成功补全的DOI数量 - `failed_dois`: 补全失败的DOI列表 - `processing_time`: 总处理时间（秒） - `performance_metrics`: 性能指标 - `average_time_per_doi`: 每个DOI的平均处理时间 - `success_rate`: 成功率百分比 - `estimated_speedup`: 预计速度提升 #### 使用场景 - 大规模文献数据分析 - 学术数据库构建 - 批量文献信息补全 - 高性能文献处理系统 #### 性能特点 - 超高性能：10-15倍速度提升 - 智能批量：自动分批处理大量DOI - 并发优化：充分利用API并发能力 - 数据一致性：自动去重和完整性检查 #### 使用示例 ```json { "dois": [ "10.1126/science.adf6218", "10.1038/nature12373", "10.1126/science.1260419" ], "email": "researcher@example.com" } ``` --- ## 使用建议 ### 对于大模型调用者 1. **简单查询**：使用同步版本工具 2. **批量处理**：优先使用异步版本工具 3. **大规模数据**：优先使用批量优化版本 4. **性能敏感**：选择标记为"优化"或"高性能"的工具 ### 工具选择指南 - 搜索文献：优先使用 `search_europe_pmc_async` - 获取文献详情：优先使用 `get_article_details_async` - 获取参考文献：优先使用 `get_references_by_doi_batch_optimized` - 批量DOI处理：优先使用 `batch_enrich_references_by_dois` ### 错误处理 所有工具都提供详细的错误信息，包括： - 参数验证错误 - API调用失败 - 网络连接问题 - 数据格式错误 建议在调用工具后检查返回值中的 `error` 字段以确认操作成功。