Europe PMC Literature Search MCP Server

# Article MCP 功能使用指南 ## 📋 概述 Article MCP提供了一套完整的学术文献搜索和分析工具，支持文献搜索、详情获取、参考文献管理、关系分析和质量评估等功能。 ## 🔍 核心功能列表 ### 1. 文献搜索工具 - **工具名称**: `search_literature` - **功能**: 统一多源文献搜索 - **数据源**: Europe PMC、PubMed、arXiv、CrossRef、OpenAlex ### 2. 文章详情工具 - **工具名称**: `get_article_details` - **功能**: 获取文献详细信息 - **支持标识符**: DOI、PMID、PMCID ### 3. 参考文献工具 - **工具名称**: `get_references` - **功能**: 获取参考文献列表 - **数据源**: CrossRef、Europe PMC ### 4. 文献关系分析工具 - **工具名称**: `get_literature_relations` - **功能**: 获取文献的所有关联信息 - **包含**: 参考文献、相似文献、引用文献 ### 5. 期刊质量评估工具 - **工具名称**: `get_journal_quality` - **功能**: 期刊质量评估 - **指标**: 影响因子、分区、JCI指数 ### 6. 批量处理工具 - **工具名称**: `batch_search_literature` - **功能**: 批量文献搜索和处理 ## 🚀 快速开始 ### 基本使用流程 1. **搜索文献** → 2. **获取详情** → 3. **分析关系** → 4. **评估质量** ### 示例工作流 ```json // 1. 搜索文献 { "tool": "search_literature", "arguments": { "keyword": "machine learning cancer detection", "max_results": 10 } } // 2. 获取文献详情 { "tool": "get_article_details", "arguments": { "identifier": "10.1000/xyz123", "id_type": "doi" } } // 3. 分析文献关系 { "tool": "get_literature_relations", "arguments": { "identifier": "10.1000/xyz123", "id_type": "doi", "relation_types": ["references", "similar", "citing"] } } ``` ## 📖 详细功能说明 ### 1. 文献搜索 (`search_literature`) #### 功能概述 统一搜索多个学术数据库，提供全面的文献检索功能。 #### 主要参数 - `keyword` (必需): 搜索关键词 - `sources` (可选): 数据源列表 - `"europe_pmc"` - Europe PMC数据库 - `"pubmed"` - PubMed数据库 - `"arxiv"` - arXiv预印本 - `"crossref"` - CrossRef数据库 - `"openalex"` - OpenAlex数据库 - `max_results` (可选): 最大结果数，默认10 #### 使用示例 ##### 基本搜索 ```json { "keyword": "artificial intelligence in healthcare", "max_results": 20 } ``` ##### 指定数据源搜索 ```json { "keyword": "COVID-19 vaccine", "sources": ["europe_pmc", "pubmed"], "max_results": 15 } ``` ##### 日期范围搜索 ```json { "keyword": "machine learning", "start_date": "2020-01-01", "end_date": "2024-12-31", "max_results": 25 } ``` #### 返回数据格式 ```json { "success": true, "keyword": "machine learning", "total_count": 15, "articles": [ { "pmid": "12345678", "title": "Machine Learning in Healthcare: Applications and Challenges", "authors": ["Author A", "Author B"], "journal_name": "Journal Name", "publication_date": "2023-05-15", "abstract": "Article abstract...", "doi": "10.1000/journal.2023.12345", "pmid_link": "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/", "source": "europe_pmc" } ], "sources_used": ["europe_pmc", "pubmed"], "processing_time": 2.34 } ``` ### 2. 文章详情获取 (`get_article_details`) #### 功能概述 根据文献标识符获取详细的文献信息，支持多种标识符类型。 #### 主要参数 - `identifier` (必需): 文献标识符 - `id_type` (可选): 标识符类型 - `"pmid"` (默认): PubMed ID - `"doi"`: Digital Object Identifier - `"pmcid"`: PubMed Central ID - `"auto"`: 自动识别类型 - `mode` (可选): 获取模式 - `"sync"` (默认): 同步模式 - `"async"`: 异步模式，性能更优 #### 使用示例 ##### 使用DOI获取详情 ```json { "identifier": "10.1038/nature12373", "id_type": "doi" } ``` ##### 使用PMID获取详情 ```json { "identifier": "23903748", "id_type": "pmid" } ``` ##### 自动识别标识符类型 ```json { "identifier": "PMC7138149", "id_type": "auto" } ``` ##### 异步模式获取详情 ```json { "identifier": "12345678", "id_type": "pmid", "mode": "async" } ``` #### 返回数据格式 ```json { "success": true, "article": { "pmid": "12345678", "title": "Article Title", "authors": ["Author A", "Author B", "Author C"], "journal_name": "Journal Name", "publication_date": "2023-05-15", "volume": "15", "issue": "3", "pages": "123-145", "abstract": "Detailed abstract text...", "doi": "10.1000/journal.2023.12345", "pmcid": "PMC1234567", "pmid_link": "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12345678/", "full_text_link": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1234567/", "keywords": ["keyword1", "keyword2", "keyword3"], "source": "europe_pmc", "processing_time": 1.23 } } ``` ### 3. 参考文献获取 (`get_references`) #### 功能概述 获取指定文献的参考文献列表，支持多个数据源获取完整信息。 #### 主要参数 - `identifier` (必需): 文献标识符 - `id_type` (可选): 标识符类型，默认"auto" - `max_results` (可选): 最大参考文献数量，默认20 #### 使用示例 ##### 获取参考文献 ```json { "identifier": "10.1038/nature12373", "id_type": "doi", "max_results": 15 } ``` #### 返回数据格式 ```json { "success": true, "identifier": "10.1038/nature12373", "references": [ { "title": "Reference Article 1", "authors": ["Ref Author 1", "Ref Author 2"], "journal": "Reference Journal", "year": "2020", "doi": "10.1000/ref.journal.2020.111", "pmid": "98765432", "url": "https://doi.org/10.1000/ref.journal.2020.111" } ], "total_count": 15, "sources_used": ["crossref", "europe_pmc"], "processing_time": 2.56 } ``` ### 4. 文献关系分析 (`get_literature_relations`) #### 功能概述 获取文献的所有关联信息，包括参考文献、相似文献和引用文献。 #### 主要参数 - `identifier` (必需): 文献标识符 - `id_type` (可选): 标识符类型，默认"auto" - `relation_types` (可选): 关系类型列表 - `"references"` - 参考文献 - `"similar"` - 相似文献 - `"citing"` - 引用文献 - `max_results` (可选): 每种关系的最大结果数，默认20 - `sources` (可选): 数据源列表 - `analysis_type` (可选): 分析类型 - `"basic"` (默认) - 基本分析 - `"comprehensive"` - 综合分析 - `"network"` - 网络分析 #### 使用示例 ##### 获取所有关联信息 ```json { "identifier": "10.1038/nature12373", "id_type": "doi", "relation_types": ["references", "similar", "citing"], "max_results": 10 } ``` ##### 只获取参考文献 ```json { "identifier": "10.1038/nature12373", "id_type": "doi", "relation_types": ["references"] } ``` ##### 网络分析 ```json { "identifiers": ["10.1038/nature12373", "10.1000/journal.45678"], "analysis_type": "network", "max_depth": 2, "max_results": 20 } ``` #### 返回数据格式 ```json { "success": true, "identifier": "10.1038/nature12373", "relations": { "references": [ { "title": "Reference Article", "authors": ["Author A"], "doi": "10.1000/ref.journal.2020.111", "year": "2020", "journal": "Reference Journal" } ], "similar": [ { "title": "Similar Article", "authors": ["Author B"], "pmid": "87654321", "similarity_score": 0.85 } ], "citing": [ { "title": "Citing Article", "authors": ["Author C"], "doi": "10.1000/cite.journal.2024.222", "year": "2024" } ] }, "statistics": { "references_count": 10, "similar_count": 8, "citing_count": 15 }, "processing_time": 5.67 } ``` ### 5. 期刊质量评估 (`get_journal_quality`) #### 功能概述 获取期刊的质量评估信息，包括影响因子、分区信息等。 #### 主要参数 - `journal_name` (必需): 期刊名称 - `secret_key` (可选): EasyScholar API密钥 - `include_metrics` (可选): 包含的指标类型 #### 使用示例 ##### 基本质量评估 ```json { "journal_name": "Nature", "secret_key": "your_easyscholar_api_key" } ``` ##### 指定评估指标 ```json { "journal_name": "Nature", "secret_key": "your_easyscholar_api_key", "include_metrics": ["impact_factor", "quartile", "jci"] } ``` #### 返回数据格式 ```json { "success": true, "journal_name": "Nature", "quality_metrics": { "impact_factor": 69.504, "quartile": "Q1", "jci": 25.8, "分区": "中科院一区", "issn": "0028-0836", "publisher": "Nature Publishing Group" }, "data_source": "easyscholar", "processing_time": 1.23 } ``` ### 6. 批量处理 (`batch_search_literature`) #### 功能概述 批量处理多个文献搜索或DOI补全任务。 #### 主要参数 - `identifiers` (必需): 标识符列表 - `operations` (可选): 操作类型列表 - `parallel` (可选): 是否并行处理，默认true - `max_concurrent` (可选): 最大并发数，默认10 #### 使用示例 ##### 批量DOI补全 ```json { "identifiers": [ "10.1038/nature12373", "10.1126/science.1258070", "10.1056/NEJMoa2030113" ], "operations": ["details", "quality"], "parallel": true } ``` #### 返回数据格式 ```json { "success": true, "total_identifiers": 3, "successful_operations": 3, "results": { "10.1038/nature12373": { "details": { /* 文章详情 */ }, "quality": { /* 期刊质量 */ } }, "10.1126/science.1258070": { "details": { /* 文章详情 */ }, "quality": { /* 期刊质量 */ } } }, "processing_time": 8.45 } ``` ## 🔧 高级功能 ### 标识符转换 项目支持多种标识符类型的自动转换： - **PMID → DOI**: 使用Europe PMC、CrossRef、NCBI API - **PMCID → DOI**: 使用Europe PMC JSON/XML API、NCBI OA API - **DOI → PMID/PMCID**: 通过相关数据库查找 ### 缓存机制 - **24小时智能缓存**: 避免重复API调用 - **缓存统计**: 返回缓存命中信息 - **性能提升**: 30-50%的性能改进 ### 并发处理 - **异步执行**: 使用async/await模式 - **并发控制**: 信号量控制并发数量 - **超时管理**: 智能超时和重试机制 ## 📊 性能特性 - **批量处理**: 支持最多20个DOI同时处理 - **智能缓存**: 24小时缓存，减少重复请求 - **自动重试**: 网络异常自动重试 - **性能监控**: 内置性能统计和监控 ## ⚠️ 注意事项 ### API限制 - **Europe PMC**: 1 request/second (保守策略) - **CrossRef**: 50 requests/second (需要邮箱) - **arXiv**: 3 seconds/request (官方限制) ### 速率控制 - 项目内置智能速率控制 - 自动调整请求间隔 - 优雅的降级处理 ### 错误处理 - 完善的错误处理机制 - 详细的错误信息返回 - 部分失败时的优雅降级 ## 🔗 相关文档 - **[Deployment Guide](./Deployment_Guide.md)** - 详细的部署配置说明 - **[Cherry Studio Configuration Guide](./Cherry_Studio_Configuration_Guide.md)** - 客户端特定配置 - **[MCP Configuration Integration](./MCP_Configuration_Integration.md)** - 配置文件集成说明 --- **最后更新**: 2025-10-27 **维护者**: Claude Code **功能数量**: 6个核心工具