Europe PMC Literature Search MCP Server

# 📁 项目结构说明 ## 🗂️ 目录结构 ``` article-mcp/ ├── src/article_mcp/ # 核心源代码 │ ├── __init__.py # 包初始化 │ ├── cli.py # CLI入口点和MCP服务器创建 │ ├── __main__.py # Python模块执行支持 │ ├── services/ # 服务层 │ │ ├── europe_pmc.py # Europe PMC API集成 │ │ ├── pubmed_search.py # PubMed搜索服务 │ │ ├── crossref_service.py # CrossRef API服务 │ │ ├── openalex_service.py # OpenAlex API服务 │ │ ├── reference_service.py # 参考文献服务 │ │ ├── literature_relation_service.py # 文献关系服务 │ │ ├── merged_results.py # 结果合并和去重 │ │ └── [其他服务模块...] │ └── tools/ # MCP工具实现 │ ├── core/ # 核心工具注册 │ │ ├── search_tools.py # 文献搜索工具 │ │ ├── article_tools.py # 文章详情工具 │ │ ├── reference_tools.py # 参考文献工具 │ │ ├── relation_tools.py # 文献关系分析工具 │ │ ├── quality_tools.py # 期刊质量工具 │ │ └── batch_tools.py # 批量处理工具 │ └── [其他工具模块...] ├── scripts/ # 测试和实用脚本 │ ├── quick_test.py # 快速功能测试 │ ├── test_working_functions.py # 核心功能测试 │ ├── run_all_tests.py # 完整测试套件 │ ├── test_performance.py # 性能测试 │ ├── test_pytest_suite.py # pytest测试套件 │ ├── test_complete_literature_analysis.py # 完整文献分析测试 │ └── test_fixed_api_integration.py # API集成修复测试 ├── tests/ # 正式测试套件 │ ├── unit/ # 单元测试 │ │ ├── test_services.py # 服务单元测试 │ │ ├── test_openalex_service.py # OpenAlex服务测试 │ │ ├── test_crossref_service.py # CrossRef服务测试 │ │ ├── test_cli.py # CLI测试 │ │ ├── test_merged_results.py # 结果合并测试 │ │ ├── test_tool_core.py # 工具核心测试 │ │ └── test_six_tools.py # 六个工具测试 │ ├── integration/ # 集成测试 │ │ ├── test_real_api.py # 真实API测试 │ │ ├── test_mcp_integration.py # MCP集成测试 │ │ └── test_six_tools_integration.py # 工具集成测试 │ ├── utils/ # 测试工具 │ │ └── test_helpers.py # 测试辅助函数 │ ├── test_cherry_studio_simulation.py # Cherry Studio兼容性测试 │ ├── test_complete_http_client.py # HTTP客户端测试 │ └── test_relation_tools.py # 关系工具测试 ├── src/resource/ # 资源文件 │ └── journal_info.json # 期刊信息数据 ├── docs/ # 文档目录 │ └── [文档文件...] └── [项目配置文件...] ``` ## 📋 核心文件说明 ### 🚀 核心代码文件 - **`src/article_mcp/cli.py`**: 主要的MCP服务器创建和配置 - **`src/article_mcp/__main__.py`**: 支持Python模块执行 - **`src/article_mcp/services/`**: 所有API服务实现 - **`src/article_mcp/tools/core/`**: MCP工具注册和实现 ### 🧪 测试文件分类 #### Scripts目录（开发和调试测试） - **快速测试**: `quick_test.py` - **功能测试**: `test_working_functions.py` - **完整测试**: `run_all_tests.py` - **专项测试**: - `test_complete_literature_analysis.py` - 文献分析完整测试 - `test_fixed_api_integration.py` - API集成修复验证 #### Tests目录（正式测试套件） - **单元测试**: `tests/unit/` - 各个组件的独立测试 - **集成测试**: `tests/integration/` - 端到端功能测试 - **兼容性测试**: - `test_cherry_studio_simulation.py` - Cherry Studio兼容性 - `test_complete_http_client.py` - HTTP协议测试 - `test_relation_tools.py` - 关系分析功能测试 ### 📖 文档文件 - **`README.md`**: 项目主要说明文档 - **`CLAUDE.md`**: Claude Code开发指导 - **`CHANGELOG.md`**: 版本变更记录 - **`API_Integration_Fix_Report.md`**: API修复技术报告 - **`PROJECT_STRUCTURE.md`**: 本文档，项目结构说明 ### ⚙️ 配置文件 - **`pyproject.toml`**: 项目配置和依赖管理 - **`setup.py`**: 包安装配置 - **`uv.lock`**: 依赖锁定文件（如使用uv） ## 🎯 文件组织原则 ### 📂 位置选择标准 **根目录文件**: - 只保留核心配置和重要文档 - 避免在根目录放置测试或示例文件 **Scripts目录**: - 开发和调试用的测试脚本 - 完整的功能验证测试 - API集成测试 **Tests目录**: - 正式的单元测试和集成测试 - 特定客户端兼容性测试 - 性能和协议测试 ### 🔄 文件命名规范 **测试文件**: - 开发测试: `test_功能描述.py` - 单元测试: `test_模块名.py` - 集成测试: `test_功能名_integration.py` - 兼容性测试: `test_客户端名_simulation.py` **服务文件**: - API服务: `服务名_service.py` - 工具模块: `功能名_tools.py` ## 🚀 使用指南 ### 日常开发测试 ```bash # 快速功能验证 uv run python scripts/quick_test.py # 核心功能测试 uv run python scripts/test_working_functions.py # API集成测试 uv run python scripts/test_fixed_api_integration.py ``` ### 完整测试验证 ```bash # 运行所有测试 uv run python scripts/run_all_tests.py # 运行正式测试套件 uv run pytest tests/ # 性能测试 uv run python scripts/test_performance.py ``` ### 兼容性测试 ```bash # Cherry Studio兼容性 uv run python tests/test_cherry_studio_simulation.py # HTTP协议测试 uv run python tests/test_complete_http_client.py ``` ## 📊 统计信息 - **源代码模块**: 20+ 个 - **测试文件**: 8 个（scripts: 5个, tests: 3个） - **服务集成**: 6个主要API服务 - **文档文件**: 4个核心文档 - **工具功能**: 6个主要MCP工具 --- **最后更新**: 2025-10-27 **维护者**: Claude Code **项目版本**: v0.1.5+