Integrations

Enables searching for and retrieving metadata about bioRxiv papers using their DOI identifiers

bioRxiv MCP 服务器

🔍 使 AI 助手能够通过简单的 MCP 界面搜索和访问 bioRxiv 论文。

bioRxiv MCP 服务器通过模型上下文协议 (MCP) 在 AI 助手和 bioRxiv 预印本库之间架起了一座桥梁。它允许 AI 模型以编程方式搜索生物学预印本并访问其元数据。

🤝 贡献 • 📝 报告错误

✨ 核心功能

🔎 论文搜索：使用关键字或高级搜索查询 bioRxiv 论文✅
🚀 高效检索：快速访问纸质元数据✅
📊 元数据访问：检索特定论文的详细元数据✅
📊 研究支持：促进生物科学研究和分析✅
📄 论文访问：下载并阅读论文内容📝
📋 论文列表：查看所有已下载的论文📝
🗃️ 本地存储：论文保存在本地以便更快地访问📝
📝 研究提示：一组用于论文分析的专门提示 📝

🚀 快速入门

先决条件

Python 3.10+
FastMCP 库

安装

克隆存储库：
git clone https://github.com/JackKuo666/bioRxiv-MCP-Server.git cd bioRxiv-MCP-Server
安装所需的依赖项：
pip install -r requirements.txt

通过 Smithery 安装

要通过Smithery自动为 Claude Desktop 安装 bioRxiv 服务器：

克劳德

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client claude --config "{}"

光标

将以下内容粘贴到设置 → 光标设置 → MCP → 添加新服务器：

Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cursor --config "{}" 

风帆冲浪

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client windsurf --config "{}"

克莱恩

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/biorxiv-mcp-server --client cline --config "{}"

与 Claude Desktop 一起使用

将此配置添加到您的claude_desktop_config.json ：

（Mac 操作系统）

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "biorxiv-mcp-server"]
      }
  }
}

（Windows 版本）：

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "biorxiv-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

与 Cline 一起使用

{
  "mcpServers": {
    "biorxiv": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",
        "source /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/.venv/bin/activate && python /home/YOUR/PATH/mcp-server-bioRxiv/biorxiv_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

📊 使用方法

启动 MCP 服务器：

python biorxiv_server.py

🛠 MCP 工具

bioRxiv MCP 服务器提供以下工具：

search_biorxiv_key_words ：使用关键词搜索 bioRxiv 上的文章。
search_biorxiv_advanced ：使用多个参数对 bioRxiv 上的文章执行高级搜索。
get_biorxiv_metadata ：使用 DOI 获取 bioRxiv 文章的元数据。

搜索论文

您可以要求 AI 助手使用以下查询来搜索论文：

Can you search bioRxiv for recent papers about genomics?

获取论文详细信息

获得 DOI 后，您可以询问更多详细信息：

Can you show me the metadata for the paper with DOI 10.1101/123456?

📁 项目结构

biorxiv_server.py ：使用 FastMCP 的主要 MCP 服务器实现
biorxiv_web_search.py ：包含用于搜索 bioRxiv 的网络抓取逻辑

🔧 依赖项

Python 3.10+
FastMCP
异步
日志记录

🤝 贡献

欢迎贡献代码！欢迎提交 Pull 请求。

📄 许可证

该项目已获得 MIT 许可。

⚠️ 免责声明

此工具仅供研究之用。请遵守 bioRxiv 的服务条款并负责任地使用此工具。

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